أشعلت سياسات القمع والإبادة الجماعية مقاومة للنازية عبر الرايخ الثالث وأنحاء أوروبا المحتلة. رغم أنهم كانوا الضحايا الرئيسيين للنازية, قاوم اليهود القمع بأشكال متعددة: جماعة وفرادى.

وكانت المقاومة المسلحة المنظمة من أقوى أشكال المعارضة اليهودية للنازيين في أوروبا المحتلة. وفر المدنيون اليهود مقاومة مسلحة في أكثر من 100 حي يهودي في بولندا المحتلة والاتحاد السفيتي. فقام اليهود في الحي اليهودي بوارصوفيا بإنتفاضة مسلحة في نيسان/أبريل-أيار/مايو 1943, والتي أشعل فتيلها الإشاعة التي مفادها أن النازيين سيقومون بترحيل قاطني الأحياء اليهودية الباقين إلى محتشد الإبادة بتريبلينكا. وعند دخول القوات الألمانية الحي اليهودي، رشق أعضاء منظمة المحاربة اليهودية (ZOB) وفرق يهودية أخرى الدبابات الألمانية بقنابل المولوتوف والقنابل اليدوية والأسلحة. رغم أن الألمان, الذين كانوا مصتدمين من شدة المقاومة اليهودية, تمكنوا من إنهاء المعركة خلال أيام, فقد تطلبت عمليات القوات الألمانية شهورا لتوقيف المقاومة واجتثاث آخر بقايا السكان. وبعد نهاية الثورة استمر يهود المقاومة بالاختباء في خراب الحي اليهودي الذي كان تحت مراقبة قوات الأمن الخاصة ووحدات الشرطة لمنع الهجوم ضد الجيش الألماني.

وفي نفس السنة وقعت الانتفاضات أيضاً في فيلنا وبيالستوك وفي عدد من الأحياء اليهودية الأخرى. وكان العديد من محاربي الأحياء اليهودية على يقين بأن معظم سكان الحي قد تم نفيهم إلى مراكز القتل وأن المقاومة المسلحة بواسطة القليل لن تقي الجماعات اليهودية الغفيرة من التدمير. ومع ذلك فلقد حاربوا من أجل الشرف اليهودي وللانتقام من ذبح النازيين لآلاف اليهود.

قاوم عدد من المحاربين بالهروب من الأحياء اليهودية إلى الغابات وانضمامهم إلى المناصرين السوفيت أو تكوين فرق أخرى للمقاومة لإرهاق الألمان. ورغم أن بعض رؤساء المجلس اليهودي (Judenrat) قد تعاونوا على كره مع الألمان حتى تم نفيهم هم أيضا, فكان هنالك البعض مثل رئيس المجلس اليهودي موشي يافي بمينسك الذي ورفض تسليم اليهود المطلوبين للنفي في يوليو 1942.

حدثت الانتفاضات ضد الحراس الألمان في ثلاثة محتشدات من محتشدات الإبادة. في سوبيبور (أكتوبر 1943) وتريبلينكا (أغسطس 1943) هاجم الأسرى المزودين بأسلحة مسروقة أفراد قوات الأمن الخاصة (SS) والحراس الأوكرانيين الإضافيين. قتل الألمان والمساعدين معظم الثوار إما خلال الثورة أو بعد تفتيش هؤلاء الذين كانوا قد فروا, مع ذلك فقد تمكن العديد من السجناء من الهرب والبقاء على قيد الحياة. وفي أكتوبر 1944 في محتدشد أزشفيتز بيرنيناو تمرد أعضاء الفرقة اليهودية الخاصة (Sonderkommando) ضد حراس قوات الأمن الخاصة حيث قُتل حولي 250 شخص خلال المعركة وقتلت قوات الأمن الخاصة 200 بعد توقيف المحاربين. وبعد ذلك بأيام, اطلعت قوات الأمن الخاصة على خمس نساء من ضمنهن أربع نساء يهوديات, اللواتي زوّدن المحاربين بالقنابل لانفجار أفران الحرق. تم قتلهن جميعا.

تشكلت المقاومة اليهودية في الكثير من الدول المحتلة من قبل ألمانيا أو المتحالفة معها في المساعدة والإنقاذ. وبعثت القوات اليهودية بفلسطين سرى جنود المظلة مثل هانا سينيس إلى المجر وسلوفاكيا سنة 1944 بمساعدة اليهود المختبئين. وفي فرنسا اندمجت العديد من فرق المقاومة اليهودية لتشكيل فرقا للمقاومة مثل (Armée Juive) الجيش اليهودي الموجود في جنوب فرنسا. وكافح العديد من اليهود في حركات المقاومة القومية في بلجيكا وفرنسا وإيطاليا وبولندا ويوغوسلافيا واليونان وسلوفاكيا.

كما رد أيضًا اليهود الموجودون في الأحياء اليهودية والمحتشدات على قهر النازيين بأشكال من المقاومة الروحية وحاولوا الحفاظ على تاريخ والحياة الخاصة بالشعب اليهودي على الرغم من محاولات النازيين في محو اليهود من الذاكرة الإنسانية. كما شكل اليهود من إنشاء المؤسسات الثقافية اليهودية واستمرار الممارسات الدينية وتوفير التعليم ونشر الصحف السرية وإخفاء الوثائق, على سبيل المثال أرشيف أوتيغ بوارصوفيا الذي يحتوي على قصص اليهود في الحي اليهودي بوارصوفيا على الرغم من تدميره سنة 1943.