Η γερμανική κατοχή στην Πολωνία ήταν εξαιρετικά απάνθρωπη.

Οι Ναζί θεωρούσαν ότι οι Πολωνοί ήταν φυλετικά κατώτεροι. Μετά τη στρατιωτική ήττα της Πολωνίας από τη Γερμανία τον Σεπτέμβριο του 1939, οι Γερμανοί ξεκίνησαν μια εκστρατεία τρόμου που αποσκοπούσε στην καταστροφή του πολωνικού έθνους και πολιτισμού και στον υποβιβασμό των Πολωνών σε έναν ακέφαλο πληθυσμό αγροτών και εργατών που μοχθούσαν για τους Γερμανούς αφέντες τους.

Τις βδομάδες που ακολούθησαν τη γερμανική επίθεση στην Πολωνία, τα γερμανικά SS, αστυνομικές και στρατιωτικές μονάδες εκτέλεσαν χιλιάδες Πολωνούς πολίτες, συμπεριλαμβανομένων πολλών μελών της πολωνικής αριστοκρατίας, του κλήρου και της διανόησης. Την άνοιξη του 1940, οι γερμανικές αρχές κατοχής προχώρησαν στην εφαρμογή του σχεδίου AB-Aktion για την συστηματική εξόντωση των Πολωνών που θεωρούνταν μέλη της "ηγετικής τάξης". Στόχος τους ήταν να απομακρύνουν όσους Πολωνούς έκριναν ικανούς να οργανώσουν αντίσταση εναντίον της γερμανικής κυριαρχίας και με τρομοκρατικές τακτικές να εξαναγκάσουν τον πολωνικό πληθυσμό σε υποταγή. Οι Γερμανοί εξόντωσαν χιλιάδες δασκάλους, ιερείς και άλλους διανοούμενους σε μαζικές εκτελέσεις. Ναζί αξιωματούχοι εκτόπισαν χιλιάδες ακόμα στο νεόκτιστο στρατόπεδο συγκέντρωσης του Άουσβιτς, στο Stutthof και σε άλλα στρατόπεδα συγκέντρωσης στη Γερμανία, όπου οι μη Εβραίοι Πολωνοί αποτελούσαν την πλειοψηφία των κρατουμένων μέχρι τον Μάρτιο του 1942.

Ο Χίτλερ σκόπευε να «εκγερμανίσει» την Πολωνία αντικαθιστώντας τον πολωνικό πληθυσμό με Γερμανούς αποίκους. Στη χώρα θα παρέμεναν μόνο όσοι Πολωνοί χρειάζονταν ως εργατικό δυναμικό, οι υπόλοιποι θα απελαύνονταν ή θα θανατώνονταν. Ως πρώτο βήμα, οι Ναζί κυβερνήτες στα προσαρτημένα εδάφη (όπως ο Arthur Greiser στο Warthegau και ο Albert Forster στη Danzig-West Prussia) απέλασαν βίαια εκατοντάδες χιλιάδες Πολωνούς στο Γενικό Κυβερνείο. Στη συνέχεια στις περιοχές αυτές εγκαταστάθηκαν περισσότερα από 500.000 άτομα γερμανικής καταγωγής. Το 1942-43, τα SS και αστυνομικές μονάδες προέβησαν σε πράξεις εκγερμανισμού στην περιοχή Zamosc του Γενικού Κυβερνείου αποσπώντας βίαια περίπου 100.000 Πολωνούς πολίτες, συμπεριλαμβανομένων 30.000 παιδιών. Οικογένειες διαλύθηκαν, πολλά θύματα στάλθηκαν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης ή σε καταναγκαστική εργασία και περισσότερα από 4.000 παιδιά μεταφέρθηκαν στο Ράιχ ως κατάλληλα για εκγερμανισμό. Συνολικά, τουλάχιστον 20.000 παιδιά πολωνικής καταγωγής απήχθησαν από τις οικογένειές τους, μεταφέρθηκαν στο Ράιχ και υπἐστησαν υποχρεωτικό "εκγερμανισμό".

Όσο ο πόλεμος διαρκούσε, ωστόσο, η Γερμανία χρειαζόταν πολωνικά εργατικά χέρια. Οι Ναζί αξιωματούχοι επέβαλαν καταναγκαστική εργασία στους σωματικά ικανούς Πολωνούς συμπεριλαμβανομένων παιδιών άνω των 12 ετών. Οι γερμανικές αρχές υπαγόρευαν πού και πώς οι Πολωνοί θα εργάζονταν και μπορούσαν να στρατολογήσουν με τη βία Πολωνούς για να εργαστούν στο Ράιχ. Οι αστυνομικές αρχές άρπαζαν Πολωνούς από δρόμους και τρένα, από αγορές και εκκλησίες, σε επιδρομές σε χωριά και γειτονιές για να καλύψουν τις ποσοστώσεις εργασίας. Γερμανοί αξιωματούχοι εκτόπιζαν Πολωνούς οι οποίοι επιχειρούσαν να αποφύγουν την εργασιακή στρατολόγηση σε στρατόπεδα συγκέντρωσης και τιμωρούσαν τις οικογένειές τους. Μεταξύ 1939 και 1945, τουλάχιστον 1,5 εκατομμύριο Πολωνοί πολίτες εκτοπίστηκαν στο γερμανικό έδαφος για καταναγκαστική εργασία. Εκατοντάδες χιλιάδες φυλακίστηκαν επίσης σε ναζιστικά στρατόπεδα συγκέντρωσης.

Ήμασταν, βέβαια, εμείς οι επιζώντες μιας περιόδου κατά την οποία κάθε ικανός σώμα άνθρωπος, ηλικίας 14 ετών και άνω, έπρεπε να εργάζεται 10 ώρες την ημέρα, 6 ημέρες την εβδομάδα. Διαφορετικά, θα μεταφερόμασταν στη Γερμανία για να εργαστούμε ή σε στρατόπεδα καταναγκαστικής εργασίας ή σε εργοστάσια της γερμανικής πολεμικής μηχανής.  -Wallace Witkowski που περιγράφει τις σκληρές συνθήκες διαβίωσης για τους μη Εβραίους στην Πολωνία

Οι Ναζί αξιωματούχοι πήραν αδιακρίτως μέτρα αντιποίνων σε απάντηση σε αντιστασιακές δράσεις. Απάντησαν στις επιθέσεις εναντίον των Γερμανών με μαζικές συλλήψεις και εκτελέσεις αμάχων και τακτικά κρατούσαν αμάχους ως ομήρους για να εκτελεστούν σε αντίποινα για επιχειρήσεις αντίστασης. Οι επιχειρήσεις "ειρήνευσης" της Γερμανίας σε περιοχές αντιστασιακής δράσης περιελάμβαναν  μαζικές απελάσεις πολιτών, όπου πολλοί στάλθηκαν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης.

Μια πολωνική εξόριστη κυβέρνηση, υπό την ηγεσία του Wladyslaw Sikorski, διορίστηκε στη Γαλλία και μεταφέρθηκε στο Λονδίνο μετά την πτώση της Γαλλίας. Εκπροσωπήθηκε στο πολωνικό έδαφος από την  μυστική οργάνωση "Delegatura", η οποία είχε ως μία από τις λειτουργίες της τον συντονισμό των δραστηριοτήτων του τοπικού πολωνικού στρατού (Armia Krajowa). Η πολωνική αντίσταση οργάνωσε μια βίαιη μαζική εξέγερση εναντίον των Γερμανών στη Βαρσοβία τον Αύγουστο του 1944. Η εξέγερση διήρκεσε δύο μήνες, αλλά τελικά συνετρίβη από τους Γερμανούς. Περισσότεροι από 200.000 Πολωνοί σκοτώθηκαν στην εξέγερση.

Ο υπολογισμός του αριθμού των ατόμων που σκοτώθηκαν ως αποτέλεσμα της ναζιστικής πολιτικής είναι ένα δύσκολο έργο. Εκτιμάται ότι οι Γερμανοί σκότωσαν μεταξύ 1,8 και 1,9 εκατομμυρίων μη Εβραίων Πολωνών πολιτών κατά τη διάρκεια του Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου. Επιπλέον, οι Γερμανοί δολοφόνησαν τουλάχιστον 3 εκατομμύρια Εβραίους πολίτες της Πολωνίας.