Después de la derrota alemana de 1942-1943 en Estalingrado en el frente oriental, una batalla en la que las unidades húngaras sufrieron tremendas pérdidas, el almirante Miklós Horthy y el primer ministro Miklós Kallay reconocieron que era probable que Alemania perdiera la guerra. Con la aprobación tácita de Horthy, Kallay intentó negociar un armisticio distinto para Hungría con los aliados occidentales. Con el fin de impedir esta iniciativa, las fuerzas alemanas ocuparon Hungría el 19 de marzo de 1944. Se permitió que Horthy siguiera como Regente, pero Kallay fue destituido, y los alemanes pusieron en su lugar como primer ministro al general Dome Sztojay, quien antes había sido ministro húngaro ante Berlín y apoyaba con fanatismo a los alemanes. Sztojay hizo que Hungría continuara con la guerra y colaborara con los alemanes en sus esfuerzos por deportar a los judíos húngaros.

En abril de 1944, las autoridades húngaras ordenaron que los judíos que vivían fuera de Budapest (aproximadamente 500.000) se concentraran en ciertas ciudades, generalmente sedes regionales del gobierno. Los gendarmes húngaros fueron enviados a las regiones rurales para arrestar a los judíos y llevarlos a las ciudades. Las zonas urbanas en que obligaron a los judíos a concentrarse estaban cerradas y eran conocidas como ghettos. A veces, los ghettos abarcaban el área de algún antiguo vecindario judío y, en otros casos, eran simplemente un solo edificio, como una fábrica.

En algunas ciudades húngaras, obligaban a los judíos a vivir al aire libre, sin techo ni baño. Las provisiones de alimentos y agua eran peligrosas e inadecuadas. Prácticamente no contaban con atención médica. Las autoridades húngaras prohibieron que los judíos salieran de los ghettos y la policía vigilaba los perímetros de los recintos. Los gendarmes a menudo torturaban a los judíos y les quitaban sus objetos personales de valor. Ninguno de esos ghettos existió durante más de unas pocas semanas y muchos fueron eliminados en cuestión de días.

A mediados de mayo de 1944, las autoridades húngaras, en coordinación con la Policía de Seguridad Alemana, comenzaron a deportar sistemáticamente a los judíos húngaros. El coronel Adolf Eichmann de las SS era el jefe del equipo de “expertos en deportación” que trabajaban con las autoridades húngaras. La policía de este país realizaba los arrestos y obligaba a los judíos a subir a los trenes de deportación. En menos de dos meses, deportaron a cerca de 440.000 judíos desde Hungría en más de 145 trenes. A la mayoría los deportaron a Auschwitz, pero también enviaron a miles a la frontera con Austria para que los hicieran cavar trincheras para las fortificaciones. A fines de julio de 1944, la única comunidad judía que quedaba en Hungría era la de Budapest, la ciudad capital.

Al ver que la situación militar empeoraba y que recibía amenazas (de los líderes aliados) de juicios por crímenes de guerra, Horthy ordenó que se detuvieran las deportaciones el 7 de julio de 1944. En agosto, destituyó al gobierno de Sztojay y reanudó los esfuerzos por llegar a un armisticio, esta vez con la Unión Soviética, cuyo ejército estaba en las fronteras de Hungría. Horthy había iniciado las negociaciones finales con los comandantes del ejército soviético a mediados de octubre, cuando los alemanes auspiciaron un golpe de estado. Arrestaron a Horthy e instalaron un nuevo gobierno húngaro bajo el mano de Ferenc Szalasi, el líder del partido fascista y radicalmente antisemita Cruz Flechada.

Durante el régimen de Szalasi, grupos de la Cruz Flechada instauraron un reino de terror arbitrario contra los judíos de Budapest. Cientos de hombres y mujeres judíos fueron violentamente asesinados. Muchos otros murieron a causa de las brutales condiciones de trabajos forzados a los que los sometía la Cruz Flechada.

En noviembre de 1944, el régimen de la Cruz Flechada ordenó que los judíos que quedaban en Budapest fueran a un ghetto que, con una superficie de 25 hectáreas, se convirtió en la residencia temporal de aproximadamente 70.000 personas. Varios miles de judíos de Budapest también debieron marchar a pie bajo guardia húngara hacia la frontera con Austria durante noviembre y diciembre de 1944. Muchos de ellos que eran demasiado débiles para seguir marchando con tanto frío fueron fusilados en el camino.

En enero de 1945, con las fuerzas soviéticas ya instaladas en la sección Pest de Budapest, Hungría firmó un armisticio. Las fuerzas soviéticas liberaron la sección Buda de la ciudad el 13 de febrero de 1945. Las tropas soviéticas expulsaron a las últimas unidades alemanas y sus colaboradores de la Cruz Flechada de Hungría occidental a principios de abril de 1945.

De los aproximadamente 825.000 judíos que vivían en Hungría en 1941, unos 63.000 murieron o los mataron antes de la ocupación alemana de marzo de 1944. Bajo ocupación alemana, poco más de 500.000 murieron por causa del maltrato o fueron asesinados. Unos 255.000 judíos, menos de la tercera parte de los que habían vivido dentro de la ampliada Hungría en marzo de 1944, sobrevivieron al Holocausto. Cerca de 190.000 de ellos eran residentes de Hungría con sus fronteras de 1920.