Después de la invasión alemana de los Países Bajos en mayo de 1940, se instaló una administración civil bajo los auspicios de las SS. Arthur Seyss-Inquart fue nombrado comisario político del Reich. Presidió una administración alemana que incluía a muchos nazis austriacos. Ellos, por su parte, debían supervisar la función pública holandesa. Este acuerdo sería funesto para los judíos de los Países Bajos.

Durante 1940, las autoridades de la ocupación alemana prohibieron que los judíos participaran en la función pública y les exigieron que declararan los bienes de sus empresas. En enero de 1941, las autoridades alemanas exigieron que todos los judíos se registraran como tales. Se registraron un total de 159.806 personas, incluidas 19.561 personas nacidas de matrimonios mixtos. El total incluía a unos 25.000 refugiados judíos del Reich alemán. En febrero de 1941 se estableció un consejo judío.

El arresto de varios cientos de judíos jóvenes (enviados a los campos de concentración de Buchenwald y Mauthausen) desencadenó una huelga general de los trabajadores holandeses el 25 de febrero de 1941 y un endurecimiento de la policía nazi. Las autoridades alemanas y sus colaboradores holandeses segregaron a los judíos de la población general holandesa y encarcelaron a 15.000 judíos en los campos de trabajos forzados administrados por los alemanes. Luego ordenaron la concentración de judíos en Ámsterdam y enviaron a los judíos extranjeros y sin patria al campo de tránsito de Westerbork en la parte nordeste del país. Algunos de los judíos de las provincias que quedaban fueron enviados al campo de Vught. A partir del 29 de abril de 1942, se exigió a los judíos que usaran una estrella de David amarilla en su ropa.

Las deportaciones de judíos de los Países Bajos comenzaron en el verano de 1942. El último tren salió desde Westerbork hacia Auschwitz el 3 de septiembre de 1944. Durante estos dos años, los alemanes y sus colaboradores holandeses deportaron a 107.000 judíos, la mayoría a Auschwitz y Sobibor, donde los asesinaron. Solo 5.200 sobrevivieron. Además, entre 25.000 y 30.000 judíos se ocultaron, con la ayuda de los movimientos clandestinos holandeses. Las dos terceras partes de los judíos holandeses que se ocultaron lograron sobrevivir.

La geografía de los Países Bajos hacía que resultara difícil escapar. La despiadada eficiencia de la administración alemana y la colaboración voluntaria de los administradores y los policías holandeses condenaron a los judíos de los Países Bajos. Menos del 25 por ciento de los judíos holandeses sobrevivieron al Holocausto.