مقاومت سازمان‌یافته‌ی مسلحانه، نیرومندترین شکل مقابله‌ی یهودیان با سیاست‌های نازی‌ها در اروپای تحت اشغال آلمان بود. یهودیان غیرنظامی، در بیش از صد گتو در لهستان اشغالی و در اتحاد جماهیر شوروی، دست به مقاومت مسلحانه زدند.

مقاومت مسلحانه يهوديان در محله های يهودی نشين و اردوگاه ها، 1944-1941

در ماه‌های آوریل و مه ۱۹۴۳، یهودیان گتوی ورشو، اسلحه به دست گرفته و علیه نازی‌ها به‌پاخاستند. شایعه شده بود که مقامات تصمیم گرفته‌اند، ساکنان گتو را به اردوگاه مرگ «تربلینکا» بفرستند. زمانی‌که نیروهای «اس‌اس» و پلیس وارد گتو شدند، اعضای «سازمان مبارزان یهودی» (Zydowska Organizacja Bojowa) و گروه‌های دیگر، با کوکتل‌مولوتوف و نارنجک‌های دست‌ساز و چند قبضه سلاحی که یافته بودند، به تانک‌های نازی‌ها حمله کردند. آلمانی‌ها گرچه از مقاومت شدید یهودیان شگفت‌زده شده بودند، موفق شدند در ظرف چند روز به این مبارزه پایان دهند. با این حال، حدود یک ماه طول کشید تا سرانجام نیروهای نظامی آلمان که به مراتب از قدرت بیشتری برخوردار بودند، موفق شدند کنترل کامل گتو را به‌دست بگیرند، جریان مقاومت را خلع سلاح کنند و تمام ساکنان گتو را به اردوگاه‌های مرگ و کار اجباری تبعید کنند. ماه‌ها پس از پایان قیام ورشو، تعدادی از بازماندگان جریان مقاومت، همچنان در خرابه‌های گتو مخفی ماندند به‌طوری که نیروهای «اس‌اس‌» و پلیس مجبور بودند مدام در این محلات گشت‌زنی کنند تا جلوی حمله به نیروهای خود را بگیرند.    

در همان سال، ساکنان چند گتوی دیگر از جمله در «ویلنا» («ویلنیوس») و در «بیاویستوک» علیه نیروهای نازی قیام کردند. بسیاری از مبارزان گتو با علم به این‌که اکثریت ساکنان گتو قبلاً به اردوگاه‌های مرگ تبعید شده‌اند، اسلحه به دست گرفتند. آنها همچنین می‌دانستند که نمی‌توانند جانِ یهودیانِ باقی‌مانده در گتو را که توانِ مبارزه نداشتند نجات دهند. با این حال، برای پاسداری از شرافت یهودی و گرفتن انتقام قتل‌عام بسیاری از یهودیان با آنها جنگیدند.

هزاران جوان یهودی از گتوها گریختند و به جنگل‌های اطراف پناه بردند و از آنجا مقاومت علیه آلمان نازی را آغاز کردند. آنها یا به یگان‌های پارتیزانی شوروی پیوستند، یا یگان‌های پارتیزانی جداگانه‌ای را تشکیل دادند و به مبارزه با اشغال‌گران آلمانی مشغول شدند. 

اگرچه بسیاری از اعضای «شورای یهودیان» (Judenrat) مجبور به همکاری با آلمانی‌ها شدند تا این‌که خود نیز به اردوگاه‌های مرگ تبعید شدند، در آن میان عده‌ای هم بودند که مقاومت کردند و از فرامین آلمانی‌ها تبعیت نکردند؛ از آن جمله «موشه یافه»، رییس «شورای یهودیان مینسک» که در ژوئیه ۱۹۴۲ حاضر نشد یهودیان را برای تبعید به اردوگاه‌های مرگ تحویل مقامات بدهد. 

زندانیان یهودی علیه نگهبانان خود در سه اردوگاه مرگ قیام کردند؛ در «تربلینکا» در اوت ۱۹۴۳، و در «سوبیبور» در اکتبر ۱۹۴۳، زندانیانی که موفق شده بودند، چند قبضه سلاح‌ را بدزدند، به نیروهای «اس‌اس» و نگهبانان آموزش‌دیده‌ی «تراونیکی» (افراد بومی داوطلب) حمله نمودند. آلمانی‌ها و هم‌دستانشان بیشتر شورشیان و آنهایی را که در جریان درگیری فرار کرده بودند، یافتند و به قتل رساندند. با این حال، چند ده زندانی موفق شدند از چنگِ دشمنان خود بگریزند و جان سالم به‌در برند. در اکتبر ۱۹۴۴ در «آشویتس-بیرکناو»، «زوندرکماندوها» (Sonderkommando) یا همان «واحدهای نظامی ویژه یهودی» علیه نیروهای «اس‌اس» شورش کردند. نزدیک به ۲۵۰ تن در جریان این درگیری‌ها کشته شدند. پس از سرکوب شورش، مقامات «اس‌اس» ۲۰۰ تن دیگر را نیز تیرباران کردند. چند روز بعد، «اس‌اس»‌ پنج زن را که چهار نفر آنها یهودی بودند، شناسایی کردند؛ آنها در تهیه و رساندن مواد منفجره به «زوندرکماندوها» که به تخریب یکی از کوره‌های آدم‌سوزی انجامید، نقش داشتند. هر پنج تن اعدام شدند.

چترباز یهودی، هانا شنز به همراه برادرش، قبل از اعزام به مأموریت نجات.

در بسیاری از کشورهای تحت اشغال یا متحد آلمان، جریان مقاومتِ یهودیان، غالباً در عملیات کمک‌رسانی و نجات قربانیان فعال بود. در سال ۱۹۴۴، مقامات یهودی در فلسطین به‌طور مخفیانه‌ چتربازانی مثل «هانا سِنش» را به مجارستان و اسلواکی فرستادند تا عملیات پنهان کردن و نجات یهودیان را ساماندهی کنند. در فرانسه، چندین گروه‌ از تشکیلات مخفی یهودی، به ایجاد جریان‌های متفاوت مقاومت، از جمله «ارتش یهودی» که در جنوب فرانسه فعالیت می‌کرد، کمک کردند. بسیاری از یهودیان، عضوِ جنبش‌های مقاومت ملی در بلژیک، فرانسه، ایتالیا، لهستان، یوگسلاوی، یونان و اسلواکی بودند و علیه نازی‌ها می‌جنگیدند.

واکنش یهودیان به ظلم نازی‌ها، در گتوها و اردوگاه‌ها به اشکال‌ مختلف، از جمله مقاومت معنوی، صورت می‌گرفت. در حالی که نازی‌ها می‌کوشیدند خاطره‌ی یهودیان را از حافظه‌‌ی جهانی پاک کنند، یهودیانِ زندانی آگاهانه در تلاش بودند که تاریخ و سنتِ زندگی مشترک‌شان را حفظ کنند. این تلاش‌ها عبارت بودند از: ایجاد موسسات فرهنگی یهودی، ادامه‌ی برگزاری اعیاد و مناسک مذهبی، تدریس و آموزش به‌ صورت مخفیانه، انتشار روزنامه‌های زیرزمینی، و جمع‌آوری و حفظ اسناد؛ از جمله آرشیو «رینگل‌بلوم» در ورشو که با اسم رمز «اُونگ شَبِت» تهیه شده و زندگی روزمره یهودیان را در گتوی ورشو تا زمان نابودی آن در سال ۱۹۴۳ روایت می‌کرد.