L'Estonie est le plus petit et le plus septentrional des Etats baltes. Elle fut une république indépendante entre la fin de la Première Guerre mondiale et 1940. En 1939, la communauté juive d'Estonie comptait environ 4 500 personnes, soit un pourcentage infime de la population. Près de la moitié des Juifs estoniens vivaient à Tallinn, la capitale, les autres vivaient dans d'autres villes, telles que Tartu, Valga, Parnu, Narva, Viljandi, Rakvere, Voru et Nomme.

L'Union soviétique occupa l'Estonie en juin 1940 et annexa le pays en août de la même année. Les autorités soviétiques ordonnèrent la dissolution des organisations juives. Au moins la moitié de la communauté juive d'Estonie quitta le pays pendant cette période. A l'été 1941, suite à l'invasion allemande de l'Union Soviétique, les nazis occupèrent progressivement l'Estonie.

Pendant l'occupation allemande, l'Estonie fut intégrée dans le commissariat du Reich d'Ostland (Reichskommissariat Ostland), une zone administrative civile qui comprenait les Etats baltes et la Biélorussie occidentale. Très tôt, les Allemands imposèrent des mesures sévères aux Juifs estoniens, dont la confiscation de leurs biens et l'obligation de porter l'étoile jaune afin d'être identifiés. Ces mesures n'étaient que temporaires, car les nazis préparaient le massacre de tous les Juifs estoniens. Des unités de la SS et de la police allemandes, aidées d'auxiliaires estoniens, massacrèrent les Juifs à la fin de l'année 1941. Aucun ghetto ne fut créé en Estonie pendant l'occupation allemande. Le pays fut le premier à être déclaré “Judenrein”, c'est-à-dire “vide de Juifs”.

A partir de 1942, des dizaines de milliers de Juifs d'autres pays d'Europe furent envoyés dans les camps de travail forcé créés en Estonie. Le camp principal fut celui de Vaivara. Ils étaient forcés de construire des ouvrages de défense pour l'armée allemande et d'extraire des schistes bitumineux. Des milliers de Juifs étrangers furent aussi assassinés dans le camp de Kalevi Liiva. En raison de l'avance de l'armée soviétique à l'automne 1944, les nazis évacuèrent les camps d'Estonie. Certains Juifs furent transférés par voie maritime au camp de concentration de Stutthof, près de Dantzig. Plusieurs milliers d'entre eux furent enrôlés de force dans des marches de la mort, le long de la côte de la mer Baltique.