La Lituanie est le plus méridional des pays baltes. Les Juifs de Lituanie possédaient une culture riche, qui leur était propre, et parlaient un dialecte particulier du yiddish. La communauté juive lituanienne joua un rôle important dans de nombreux mouvements idéologiques juifs, y compris dans le mouvement ouvrier juif, le sionisme et la pensée religieuse rationnelle. Avant la Seconde Guerre mondiale, les Juifs de Lituanie étaient 160 000 et représentaient 7% environ de la population du pays.

La Lituanie fut un pays indépendant entre la fin de la Première Guerre mondiale et 1940. Le 16 janvier 1939, elle signa avec l'Allemagne un pacte de non-agression mais en mars, cette dernière annexa le territoire lituanien de Memel-Klaipeda, une région peuplée majoritairement d'Allemands. L'Union soviétique occupa la Lituanie en juin 1940 et l'annexa en août. En 1941, la population juive comptait 250 000 personnes, soit 10% de la population. Cette augmentation était due à l'afflux de réfugiés provenant de Pologne occupée.

En juin et en juillet 1941, les Allemands occupèrent la Lituanie à la suite de l'invasion de l'Union soviétique. Pendant l'occupation allemande, la Lituanie fut intégrée dans le Commissariat du Reich pour les régions de l'Est (Reichskommissariat Ostland), une administration civile allemande comprenant les pays baltes et la Biélorussie occidentale.

Les Lituaniens menèrent de violentes émeutes anti-juives avant et immédiatement après l'arrivée des troupes allemandes. En juin et juillet 1941, des unités d'Einsatzgruppen (des groupes mobiles d'extermination), avec la collaboration d'auxiliaires lituaniens, commencèrent à massacrer les Juifs de Lituanie. Fin août 1941, la plupart des Juifs des zones rurales avaient été fusillés. Dans les mois qui suivirent, jusqu'en novembre 1941, les Allemands massacrèrent aussi la plupart des Juifs qui avaient été concentrés dans les ghettos des grandes villes. Les 40 000 Juifs survivants se trouvaient alors dans les ghettos de Vilna (Vilno; Vilnius), de Kaunas (Kovno), de Siauliai et de Svencionys ainsi que dans différents camps de travail situés en Lituanie. Les conditions de vie y étaient effroyables du fait des pénuries alimentaires, des épidémies et du surpeuplement.

En 1943, les Allemands détruisirent les ghettos de Vilna et de Svencionys et transformèrent ceux de Kaunas et de Siauliai en camps de concentration. Quelque 15 000 Juifs lituaniens furent déportés dans des camps de travail en Lettonie et en Estonie. Environ 5 000 Juifs furent déportés dans des camps de mise à mort en Pologne, où ils furent assassinés. Peu de temps avant de se retirer de Lituanie, à l'automne 1944, les Allemands déportèrent environ 10 000 Juifs de Kaunas et Siauliai vers des camps de concentration allemands.

Les troupes soviétiques réoccupèrent la Lituanie à l'été 1944. Au cours des trois années précédentes, les Allemands avaient massacré environ 90% de la communauté juive lituanienne, un taux d'extermination parmi les plus élevés d'Europe.