L'occupation allemande en Pologne fut d'une brutalité exceptionnelle. Les Nazis considéraient les Polonais comme étant de race inférieure et, après la défaite militaire en septembre 1939, ils lancèrent une campagne de terreur visant à détruire la nation et la culture polonaises et à réduire le pays à une population sans chef constituée de paysans et d'ouvriers au service des maîtres allemands.

Au cours des semaines après l'offensive allemande, la SS, la police et l'armée fusillèrent des milliers de civils polonais, dont de nombreux membres de la noblesse, du clergé et de l'intelligentsia. Au printemps 1940, les autorités d'occupation lancèrent l'« action AB » (AB-Aktion), un plan d'élimination systématique de la « classe dirigeante ». L'objectif consistait à les exterminer dès que possible afin d'éviter toute forme de résistance et de soumettre la population par la terreur. Des milliers de professeurs, de prêtres et autres intellectuels furent ainsi fusillés en masse. Des milliers d'autres furent envoyés dans le camp de concentration d'Auschwitz, tout juste construit, ainsi qu'à Stutthof et d'autres camps de concentration en Allemagne, où jusqu'en mars 1942 la majorité des détenus était des Polonais non-juifs.

L'objectif d'Hitler était de « germaniser » la Pologne en remplaçant sa population par des colons allemands, soit ne garder que suffisamment de Polonais pour les travaux de base et tuer le reste ou les renvoyer hors du pays. La première étape consista en l'annexion de territoires par des gouverneurs nazis (comme Arthur Greiser dans le Warthegau et Albert Forster à Dantzig-Prusse occidentale) et la déportation forcée de centaines de milliers de Polonais vers le Generalgouvernement. Puis ce furent plus de 500 000 Allemands ethniques qui peuplèrent les lieux. En 1942 et 1943, cette politique de germanisation se poursuivit avec des actions dans la région de Zamosc, également dans le Generalgouvernement, et l'expulsion forcée de 100 000 civils polonais dont 30 000 enfants. On séparait des familles, de nombreuses victimes étaient envoyées dans des camps de concentration ou de travail forcé, et plus de 4000 jeunes furent emmenés dans le Reich pour y être « germanisés ». En tout, au moins 20 000 d'entre eux furent arrachés à leurs familles et transférés.

Cependant, tout au long de la guerre, il fallait une main-d'œuvre polonaise. Les fonctionnaires nazis imposèrent une obligation de travailler pour les personnes physiquement capables, et pour ce faire ne tardèrent pas à y inclure des enfants dès l'âge de 12 ans. Les autorités dictaient où et comment ces personnes étaient utilisées, et pouvaient les envoyer n'importe où dans le Reich. La police enlevait des Polonais dans la rue, dans des trains, des marchés ou des églises, et procédait à des rafles dans les villes et les villages pour remplir les quotas de travailleurs. Ceux qui cherchaient à éviter la conscription étaient envoyés en camp de concentration et leurs familles sanctionnées. Entre 1939 et 1945, au moins 1,5 million de citoyens furent déportés dans des territoires allemands pour y travailler. Des centaines de milliers furent emprisonnés dans des camps de concentration nazis.

Nous étions, bien sûr, les survivants d'une période où chaque personne valide de 14 ans et plus devait travailler 10 heures par jour, 6 jours par semaine. Sinon, on était envoyé en Allemagne dans des camps de travail forcé ou dans les usines de la machine de guerre allemande.
– Wallace Witkowski décrit les conditions de vie pénibles pour les non-juifs de Pologne

Les Nazis continuèrent leur politique de représailles aveugles contre toute tentative de résistance. Aux attaques contre des Allemands, ils répondaient par des arrestations de masse, des exécutions et des prises d'otage de civils. Des opérations de « pacification » menée où des activités de partisans se déroulaient pouvaient se terminer par des expulsions, dont beaucoup vers des camps de concentration.

Un gouvernement polonais en exil, dirigé par Wladyslaw Sikorski, fut établi en France, puis à Londres quand la France tomba. Sur le sol polonais, il était représenté par le réseau clandestin « Delegatura », dont l'une des fonctions était de coordonner les activités de l’Armée intérieure (Armia Krajowa). En août 1944, la résistance polonaise organisa un violent soulèvement contre les Allemands à Varsovie, une rébellion qui dura deux mois, puis fut écrasée par les Allemands. Plus de 200 000 Polonais furent tués lors de l’insurrection.

Calculer le nombre d'individus tués dans le cadre des politiques nazies est une tâche difficile. On estime que les Allemands ont assassiné entre 1,8 et 1,9 million de civils polonais non-juifs au cours de la Seconde Guerre mondiale ainsi qu'au moins 3 millions de citoyens juifs-polonais.