Le soir du 6 avril 1994, un missile sol-air abattit l'avion transportant le président du Rwanda, Juvenal Habyarimana, un hutu, alors qu'il arrivait à la capitale Kigali. On ne sait toujours pas qui est l'auteur du tir, mais les chefs extrémistes de la majorité hutu prirent l'assassinat comme un signal pour lancer une campagne soigneusement planifiée visant à anéantir la population tutsie ainsi que les chefs hutus modérés qui pourraient s'opposer à ce programme génocidaire. Les hommes politiques et autres leaders en vue qui auraient pu prendre la situation en main furent aussitôt assassinés à leur tour.

Usant de la guerre comme prétexte, les extrémistes hutus mirent en œuvre leur plan de détruire la population civile tutsie dans son entier. La violence se propagea dans la capitale puis dans le reste du pays, et se prolongea pendant trois mois. Jusqu'à un million de personnes, des Tutsis pour la plupart, furent massacrées en 100 jours. Soutenues, entraînées et équipées par les forces gouvernementales rwandaises, les milices hutues étaient responsables de la majorité des meurtres.

Alors que le niveau de violence apparut clairement, des groupes de Tutsis (ainsi que des Hutus qui craignaient d'être pris pour cible) fuirent vers des lieux qui, lors d'autres périodes de troubles, avaient offert protection : des églises, des écoles et des bâtiments gouvernementaux. Cependant, nombre de ces sites devinrent le théâtre de massacres à grande échelle. En plus des meurtres de masse, des milliers de Tutsis, ou soupçonnés de l'être, furent assassinés chez eux ou dans la rue, notamment à des barrages routiers que les milices plaçaient à travers tout le pays pour empêcher la population de partir. Des familles entières furent décimées, et les femmes systématiquement et brutalement violées. Il arrivait également que des Tutsis soient tués ou attaqués par leurs voisins.

Le génocide se termina quand le mouvement rebelle dominé par les Tutsis, le Front patriotique rwandais (FPR), captura Kigali, renversant le gouvernement hutu et s'emparant du pouvoir