Bár első számú célpontjaik a zsidók voltak, a nácik és kollaboránsaik faji vagy ideológiai alapon más csoportokat is üldöztek. A náci diszkrimináció legkorábbi németországi áldozatai a rendszer politikai ellenfelei voltak: főként a kommunisták, a szocialisták, a szociáldemokraták és a szakszervezeti vezetők. 1933-ban az SS létrehozta az első koncentrációs tábort Dachauban, ahol több ezer német politikai foglyot tartottak fogva. Ezenkívül olyan írókat vagy művészeket is üldöztek, akiknek a műveit felforgatónak tartották, illetve akik zsidó származásúak voltak. Az ilyen személyeket letartóztatták, gazdaságilag korlátozták és egyéb módon diszkriminálták.

Eugenetikai poszter, amelynek címe „A vér és a német becsület védelméről szóló nürnbergi törvény”.  Az illusztráció egy stilizált térkép

A romák (cigányok) faji alapon tartoztak az üldözött csoportok közé. Az 1935-ös nürnbergi törvényeket, amelyek a zsidókat rasszista elméletek alapján, vér szerint határozták meg, később a romákra is kiterjesztették. A nácik „munkakerülőnek” és „a társadalmi beilleszkedésre képtelennek” bélyegezték a romákat, ami a náci szemlélet szerint azt jelentette, hogy haszontalanok és társadalmilag zavaró tényezők. A lódzi gettóba deportált romák az elsők között voltak, akiket a lengyel chelmnoi kivégzőtáborban átalakított teherautókban működő mozgó gázkamrákban végeztek ki, de Auschwitz-Birkenauba is több mint 20 000 romát szállítottak, ahol többségüket gázkamrákban ölték meg.

A nácik alsóbbrendűként tekintettek a lengyelekre és más szláv népekre, ezért a céljuk az volt, hogy őket is megfosszák jogaiktól, kényszermunkára vigyék, majd megsemmisítsék őket. Azok a lengyelek, akik ideológiai szempontból is veszélyesek voltak számukra (köztük több ezer értelmiségi és katolikus pap), az AB-Aktion néven ismert kivégzőművelet célpontjaivá váltak. 1939 és 1945 között legalább 1,5 millió lengyel állampolgárt deportáltak német területre kényszermunkára, és sok százezret zártak náci koncentrációs táborokba. Becslések szerint a németek legalább 1,9 millió nem zsidó lengyel civilt öltek meg a II. világháború során.

A németek által megszállt Szovjetunióban a Fegyveres Erők Főparancsnoksága kiadta a német hadseregnek az úgynevezett komisszárparancsot, amely a Vörös Hadsereg politikai tisztjeinek a kivégzését írta elő. 1941-42 telén a német katonai hatóságok a német biztonsági rendőrséggel együttműködve rasszista alapon, tömegesen gyilkolták meg a szovjet hadifoglyokat: kiválogatták és agyonlőtték a zsidókat, az „ázsiai vonásokkal” rendelkezőket, valamint a magas rangú politikai és katonai vezetőket. Mintegy hárommillió további foglyot megfelelő szálláslehetőség, élelem és gyógyszerek nélküli hevenyészett táborokban tartottak, kifejezetten azzal a céllal, hogy a rabok meghaljanak.

A nácizmusnak ellenálló keresztény vezetőket, valamint a Jehova tanúi felekezetének több ezer tagját börtönözték be, akik nem voltak hajlandóak tisztelegni Adolf Hitlernek vagy megtagadták a német hadseregben való katonai szolgálatot. Az úgynevezett „eutanáziaprogramban” megölt értelmi vagy testi fogyatékkal élők száma a becslések szerint elérte a 200 000-et, de a homoszexuális férfiakat is üldözték, akiknek viselkedése a nácik szerint akadályozta a német nép fennmaradását. Az általuk „krónikusnak” titulált homoszexuális személyeket koncentrációs táborokba vitték, több ezer olyan emberrel együtt, akiket „aszociális” vagy bűnözői magatartással vádoltak.

A náci ideológia csoportok sokaságát tekintette ellenségnek, ami több millió ember, köztük zsidók és nem zsidók szisztematikus üldözéséhez és meggyilkolásához vezetett.