Varsó, a mai Lengyelország fővárosa, a II. világháború előtt a zsidó élet és kultúra egyik fő központja volt. A háború előtt Varsóban több mint 350 000 zsidó lakott, ami a város teljes népességének mintegy 30 százalékát tette ki. Varsóban lakott a legnagyobb zsidó hitközösség Európában és a második legnagyobb a világon a new york-i után. Lengyelország 1939. szeptember 1-jei lerohanását követően súlyos csapás érte a várost. A német csapatok szeptember 29-én, nem sokkal az után, hogy a varsóiak megadták magukat, elfoglalták a várost. 1939. november 23-án a megszálló német civil hatóságok előírták a varsói zsidók számára, hogy kék Dávid-csillagos fehér karszalag viselésével azonosítsák magukat. Bezáratták a zsidó iskolákat, elkobozták a zsidók tulajdonát, és munkatáborokba küldték a zsidó férfiakat.

1940. október 12-én a németek gettó felállítását rendelték el Varsóban: 1940 novemberében minden zsidó lakosnak be kellett költöznie a város többi részétől elzárt negyedbe. A gettót 3,5 m magas, a tetején szögesdróttal ellátott fallal vették körül, és szigorúan őrizték. A környező városokból érkezők miatt az itt összezárt lakosság létszáma a 400 000-et is meghaladta, és a mindössze 3,4 km2-nyi területen 7,2 embernek jutott egy szoba. A gettón belül működő zsidó szociális szervezetek megpróbálták a túlélésért küzdő lakók szükségleteit kielégíteni, mivel a németek által kiosztott élelmiszeradagok nem voltak elegendőek az életben maradáshoz. 1940 és 1942 közepe között 83 000 zsidó halt meg éhség vagy betegség miatt a gettóban.

1942. július 22. és szeptember 12. között a német SS- és rendőri egységek segédcsapatok támogatásával tömegesen deportálták a varsói gettó lakóit a treblinkai haláltáborba. Ez idő alatt a németek mintegy 265 000 zsidót szállítottak el, és közel 35 000-et öltek meg a gettó területén. 1943 januárjában az SS- és rendőri egységek újra visszatértek, hogy az ott maradt zsidókat is kényszermunkatáborokba deportálják, ezúttal azonban sokan ellenálltak az erőszaknak, néhányan csempészett fegyvereket is használtak. SS- és rendőri egységek mintegy 5000 embert fogtak el, majd ezt követően leállították a műveletet, és visszavonultak. A folytatásra 1943. április 19-én került sor, amikor újabb SS- és rendőri erők jelentek meg a falakon kívül. A gettó lakói hevesen ellenálltak a deportálási kísérletnek, még áldozatokat is szedtek a felfegyverzett németek soraiból. Négy hétig kitartottak, míg végül május 16-án felülkerekedtek a németek. A harcok alatt közel 42 000 zsidót fogtak el, és hurcoltak el a munkatáborokba, valamint a majdaneki koncentrációs táborba. A gettólázadásban legalább 7000 zsidó vesztette életét, további 7000-et pedig a treblinkai haláltáborba küldtek az SS- és rendőri egységek.

A szovjet csapatok közeledtén felbátorodott nemzeti partizán haderő, a Lengyel Honi Hadsereg, 1944. augusztus 1-én felkelt a német megszállók ellen, hogy felszabadítsa Varsót. A szovjetek nem avatkoztak közbe, így 1944 októberében a németek leverték a felkelést, és a földig rombolták a városközpontot. Bár a németek a fogságba esett Honi Hadsereg katonáit hadifoglyokként kezelték, foglyul ejtett lengyel civilek ezreit szállították koncentrációs táborokba. 166 000 ember vesztette életét a felkelésben, köztük nem kevesebb, mint 17 000 lengyel zsidóval. Amikor a szovjetek 1945. január 17-én folytatták az offenzívájukat, már csak a lerombolt várost tudták felszabadítani, ahol mindössze 174 000 ember, a háború előtti lakosságnak kevesebb, mint hat százaléka maradt meg. A túlélők között hozzávetőlegesen 11 500 zsidó lehetett.