При нацистском режиме свидетели Иеговы подвергались широкомасштабным преследованиям. Причиной этого было нежелание свидетелей Иеговы признавать власть государства, их международные связи, решительное осуждение войны, инициированной светским правительством, и позиции властей в вопросах совести.

Не прошло и нескольких месяцев после нацистского переворота, как правительства немецких земель прежде всего Баварии и Пруссии начали агрессивную борьбу со свидетелями Иеговы, врываясь на их собрания, грабя и захватывая местные отделения общины. Глава объединенного имперского и прусского Министерства внутренних дел дал указание ответственным местным служащим к 1 апреля 1935 года обеспечить роспуск Общества Сторожевой башни.

Многие действия свидетелей Иеговы шли вразрез с идеологией и целями нацистских властей. Хотя свидетели Иеговы утверждали, что они вне политики и не выступают против нацистов, их нежелание поднимать руку в нацистском приветствии, отказ вступать в партийные организации или разрешать детям вступление в Гитлерюгенд, участвовать в так называемых выборах или плебисцитах, нежелание вешать на стены домов нацистские флаги ставило их под подозрение. Специальным подразделением гестапо (тайной полиции) был составлен реестр всех граждан, считавшихся свидетелями Иеговы. Агенты гестапо скрытно проникали на собрания, посвященные изучению Библии. Хотя формально свидетели Иеговы не находились под запретом, многие направления деятельности, лежавшие в основе их религиозного служения, подвергались все более активным нападкам. В первую очередь власти пытались наложить запрет на распространение печатных материалов, которые выпускались на местах или ввозились контрабандой из-за границы большими тиражами. Нацисты считали эти брошюры подрывной литературой.

Когда в марте 1935 года в Германии вновь была введена обязательная военная служба, конфликт со свидетелями Иеговы приобрел новую остроту. За отказ прибыть на призывной пункт или выполнять работу для военных нужд, равно как и за незаконные собрания, свидетелей Иеговы все чаще арестовывали, отдавали под суд, бросали в тюрьмы и концентрационные лагеря.

К 1939 году приблизительно 6000 свидетелей Иеговы (в том числе жителей Австрии и Чехословакии) находились в тюрьмах или лагерях. Другие бежали из Германии, проводили религиозные обряды секретно или вообще переставали их соблюдать. Некоторых свидетелей Иеговы подвергали пыткам, пытаясь заставить их подписать декларации об отказе от своей веры, но лишь немногие сдавались, не выдержав такого давления.

В концентрационных лагерях все заключенные носили знаки отличия разных форм и цветов, по которым надзиратели и офицеры могли определить их категорию. Знаком отличия свидетелей Иеговы были фиолетовые нашивки треугольной формы. Даже в лагерях они продолжали проводить собрания, молиться и искать новых приверженцев. В концентрационном лагере Бухенвальд они наладили подпольный печатный станок и распространяли религиозные брошюры.

Условия в нацистских лагерях были тяжелыми для всех заключенных. Многие умирали от голода и холода, болезней, истощения и жестокого обращения. Свидетели Иеговы, находившиеся в заключении, поддерживали друг друга и верили в то, что их невзгоды — это часть служения Богу. Надзиратели бывали ошарашены их отказом подчиняться полувоенной дисциплине, например участвовать в перекличках или сворачивать бинты для солдат, воевавших на фронте. Наряду с этим лагерное начальство считало, что свидетелям Иеговы можно доверять, поскольку они не совершали побегов и не оказывали физического сопротивления надзирателям. По этой причине офицеры и надзиратели в нацистских лагерях часто использовали свидетелей Иеговы в качестве домашней прислуги.

Из 25 000-30 000 немцев, принадлежавших к свидетелям Иеговы в 1933 году, активными последователями этой веры на протяжении всего нацистского периода оставались около 20 000 человек. Остальные бежали из Германии, отказывались от своих религиозных убеждений или тайно проводили обряды в кругу семьи. Из тех, кто продолжал активно проповедовать свою веру, в этот период времени около половины были признаны виновными и осуждены на сроки от одного месяца до четырех лет (в среднем около 18 месяцев). Примерно 2000-2500 признанных виновными или осужденных были отправлены в концентрационные лагеря. Та же участь постигла от 700 до 800 свидетелей Иеговы, которые не были гражданами Германии (примерно 200-250 голландцев, 200 австрийцев, 100 поляков и от 10 до 50 бельгийцев, французов, чехов и венгров).

Количество свидетелей Иеговы, погибших в концентрационных лагерях и тюрьмах в нацистскую эпоху, по оценкам составляет 1000 немцев и 400 граждан других стран, в том числе около 90 австрийцев и 120 голландцев. (В сравнении с их немецкими единоверцами, процент погибших свидетелей Иеговы, которые не были гражданами Германии, значительно выше). Кроме этого, около 250 немецких свидетелей Иеговы были казнены (главным образом на основании приговоров военных трибуналов) за отказ служить в немецкой армии.