Lituania es el estado báltico más meridional. Los judíos de este país tenían una cultura propia bien definida y desarrollada, que incluía un dialecto especial del idioma yiddish. El judaísmo de Lituania desempeñó un papel importante en muchas ideologías judías, entre ellas el movimiento de trabajadores judíos, el sionismo y el pensamiento religioso racional. Antes de la Segunda Guerra Mundial, Lituania tenía aproximadamente 160.000 habitantes judíos, lo cual representaba alrededor del 7 por ciento de la población total.

Fue un país independiente desde el final de la Primera Guerra Mundial hasta 1940. El 16 de enero de 1939, Lituania y Alemania firmaron un pacto de no agresión. No obstante, en marzo de ese año Alemania anexó el territorio lituano de Memel-Klaipeda, una región con mayoría étnica alemana. La Unión Soviética ocupó Lituania en junio de 1940 y anexó el país en agosto del mismo año. En 1941, la población judía de Lituania creció por una afluencia de refugiados de la Polonia bajo ocupación alemana, y llegó a 250.000 habitantes, o el 10 por ciento de la población total.

En junio y julio de 1941, los alemanes ocuparon Lituania después de que Alemania invadió la Unión Soviética. Durante la ocupación alemana, se incluyó a Lituania en el Comisariato del Reich para el Ostland (Reichskommissariat Ostland), una administración civil alemana que abarcaba a los estados bálticos y Bielorrusia occidental.

Los lituanos causaron violentos disturbios contra los judíos poco antes e inmediatamente después de la llegada de las fuerzas alemanas. En junio y julio de 1941, destacamentos de los Einsatzgruppen (equipos móviles de matanza) alemanes, junto con auxiliares de Lituania, comenzaron a asesinar a los judíos de Lituania. A fines de agosto de 1941, habían fusilado a la mayoría de los judíos de la zona rural del país. En noviembre de 1941, los alemanes también masacraron a la mayoría de los judíos que se habían concentrado en ghettos en las ciudades más grandes. Los 40.000 judíos que habían sobrevivido se concentraron en los ghettos de Vilna, Kovno, Siauliai y Svencionys, y en varios campos de trabajo. Las condiciones de vida eran miserables, había gran escasez de alimentos, brotes de enfermedades y superpoblación.

En 1943, los alemanes destruyeron los ghettos de Vilna y Svencionys, y convirtieron los ghettos de Kovno y Siauliai en campos de concentración. Unos 15.000 judíos de Lituania fueron deportados a campos de trabajo en Letonia y Estonia, y unos 5.000 fueron deportados a centros de exterminio en Polonia, donde los asesinaron. Poco antes de retirarse de Lituania en el otoño de 1944, los alemanes deportaron a cerca de 10.000 judíos de Kovno y Siauliai a campos de concentración de Alemania.

Las tropas soviéticas volvieron a ocupar Lituania en el verano de 1944. En los tres años anteriores, los alemanes habían asesinado a alrededor del 90 por ciento de los judíos de Lituania, una de las tasas más altas de víctimas en Europa.