Por debajo de los esfuerzos por sobrellevar una vida con las más difíciles condiciones acechaba la cruel realidad de Theresienstadt: su función como campo de concentración y como campo de tránsito de camino a los centros de exterminio del este.

En su capacidad pico, en septiembre de 1942, Theresienstadt retuvo a aproximadamente 60.000 prisioneros metidos en una zona con calles de poco más de 640 metros de largo. Las provisiones de comida y medicamentos apenas alcanzaban para sobrevivir prolongados períodos, especialmente para los ancianos y las personas de salud delicada.

Las SS y la policía comenzaron a deportar judíos checos desde Theresienstadt el 9 de enero de 1942. Durante los diez meses siguientes, 32 transportes llevaron a 42.005 personas, la mayoría de ellos judíos del Protectorado, desde Theresienstadt a lugares de la zona este. Los destinos fueron: Riga, Letonia (12 de enero, 19 de enero y 20 de agosto de 1942); Minsk y Baranoviche (actualmente, Baranavichy), Bielorrusia (17 y 31 de julio, 4 y 25 de agosto, 8 y 22 de septiembre); Raasiku, Estonia (5 de septiembre de 1942); los campos-ghettos de Izbica y Piaski en el distrito de Lublin del Generalgouvernement (11 y 17 de marzo, 1 y 23 de abril); otros lugares en el distrito de Lublin (Rejowiec, 18 de abril de 1942; Zamosc, 28 y 30 de abril de 1942; Siedliszcze, 9 de mayo de 1942; Lublin, 17 de mayo de 1942 y Ujasdow, 25 de mayo de 1942); el ghetto de Varsovia (25 de abril de 1942) y directamente al centro de exterminio de Treblinka (18, 21, 23, 26 y 29 de septiembre y 5, 8, 15, 19 y 22 de octubre de 1942).

Salvo una pequeña minoría de algunos de los transportes seleccionados para realizar trabajos forzados, los alemanes fusilaron a los judíos deportados a Letonia, Estonia y Bielorrusia en los centros de exterminio y trasladaron a los que llegaron al Generalgouvernement a los centros de exterminio de Belzec, Sobibor y Treblinka. De los 2.003 judíos checos que llegaron a Riga en enero, solo 128 sobrevivieron a la guerra; las SS y la policía fusilaron a la mayoría de los demás poco después de su llegada. Asimismo, la gran mayoría de los 12.003 judíos checos deportados al Generalgouvernement entre marzo y mayo de 1943 murieron en las cámaras de gas de los centros de exterminio de la Operación Reinhard o en los centros de trabajo del campo de concentración de Lublin/Majdanek y otros campos de trabajos forzados para judíos en el distrito de Lublin.

Incluso después de la llegada de los primeros judíos alemanes, dos transportes de judíos checos, cada uno con 1.000 personas, salieron de Theresienstadt hacia el Generalgouvernement los días 12 y 13 de junio de 1942. Si bien no hay pruebas que documenten el destino de la mayoría de ellos (se sabe que 85 hombres seleccionados del transporte del 13 de junio murieron en Lublin/Majdanek), es probable que el destino de estos dos transportes haya sido Sobibor. Se desconoce si alguna de las personas de esos dos transportes sobrevivió.

De los 18 transportes que fueron hacia los estados bálticos, Bielorrusia y Treblinka entre el 14 de julio de 1942 y el 22 de octubre de 1942, llevando a 25.004 personas, entre ellas por primera vez judíos de Alemania y Austria, se sabe solo de 55 personas que sobrevivieron (45 de ellas sobrevivieron a los fusilamientos de Raasiku). De los 42.005 judíos deportados desde Theresienstadt hacia el este entre el 9 de enero y el 22 de octubre de 1942, hasta donde se conoce, sobrevivieron solo 224 personas (aproximadamente el 0,5 por ciento), y más de la mitad de ellos estaban entre los deportados a Riga en enero.

A fines del verano de 1942, las SS y la policía ya habían completado la deportación de la mayoría de los judíos checos y habían establecido la creciente importancia del complejo de campos de concentración de Auschwitz, incluido Auschwitz II (Auschwitz-Birkenau), para la aniquilación de los judíos europeos y la explotación de la capacidad laboral de una minoría a la que escogían para sobrevivir temporalmente. A partir de ese momento, las SS deportaron a los judíos alemanes, austriacos y checos sobrevivientes a Auschwitz, donde las posibilidades de sobrevivir, si bien eran mínimas, seguían siendo un poco mejor que en los estados bálticos, Bielorrusia y el Generalgouvernement.

El 26 de octubre de 1942, menos de 48 horas después de la llegada del último transporte procedente de Theresienstadt con rumbo a Treblinka, las SS enviaron el primer transporte a Auschwitz, con 1.866 personas. Cuando llegó el transporte, las autoridades de las SS seleccionaron a 247 personas, en su mayoría hombres, para registrarlos como prisioneros, y mataron a las otras 1.619 personas en las cámaras de gas.

Entre el 26 de octubre de 1942 y el 28 de octubre de 1944, los alemanes deportaron a 46.750 judíos desde Theresienstadt a Auschwitz en 27 transportes. Los primeros doce transportes, que llevaron entre 20.168 y 20.204 pasajeros, llegaron a Auschwitz entre el 26 de octubre de 1942 y el 20 de marzo de 1944. En un esfuerzo por “limpiar” a Theresienstadt para recibir a los visitantes de la Cruz Roja esperados en junio de 1944, las SS deportaron a 7.503 habitantes del ghetto a Auschwitz en tres transportes (15, 16 y 18 de mayo de 1944). La visita de la Cruz Roja en junio trajo un período de calma en las deportaciones desde mediados de mayo hasta fines de septiembre de 1944: las SS enviaron 10 judíos a Auschwitz el 2 de julio de 1944. Las autoridades del campo los registraron a todos como prisioneros.

El período de calma terminó el 28 de septiembre. Entre el 28 de septiembre y el 28 de octubre de 1944, las SS transportaron a 18.402 judíos desde Theresienstadt a Auschwitz en 11 transportes. Solo 1.574 sobrevivieron a la guerra. A fines de octubre, quedaban 11.077 “residentes” en Theresienstadt. Durante los siguientes seis meses, hasta el 15 de abril de 1945, 3.432 judíos alemanes y austriacos fueron deportados a Theresienstadt.

A pesar de todos los esfuerzos del Consejo de Ancianos Judíos y los habitantes del campo-ghetto para pasar de la mejor manera posible por una situación atroz, las condiciones de vida en el ghetto con respecto a provisiones de alimentos, medicamentos, mantenimiento de las estructuras residenciales, provisión de servicios básicos y superpoblación en un espacio reducido provocaron una tasa de mortalidad en el campo-ghetto comparable a la de campos de concentración del Reich como Dachau y Buchenwald. En 1942, la tasa de mortalidad dentro del ghetto se aceleró tan drásticamente que los alemanes construyeron, en la parte sur, un crematorio con capacidad para recibir casi 200 cuerpos por día.

Entre el 24 de noviembre de 1941 y el 20 de abril de 1945, 141.184 personas vivieron en el campo-ghetto en algún momento. De los aproximadamente 88.323 judíos a los que deportaron los alemanes, unos 3.500 sobrevivieron a la guerra. Otros 33.521 ”residentes” de Theresienstadt murieron en el ghetto a causa de enfermedades, hambre, exposición al frío o mientras realizaban trabajos forzados sin ropa, alimento ni equipos adecuados. Al saldo de muertos deben agregarse 430 personas que murieron después de que la Cruz Roja Internacional se hiciera cargo de proporcionar alimentos a los prisioneros a principios de mayo de 1945, y otras 1.137, que murieron durante el mes posterior a la liberación.

La cantidad total de muertos en Theresienstadt fue de 35.088 personas. A pesar de que la cantidad de ancianos que pasaron por Theresienstadt aumentó el porcentaje de prisioneros vulnerables a las condiciones impuestas por las SS, esta cantidad de muertes, particularmente en consideración de la tasa de supervivencia de las deportaciones, refleja la realidad de la vida cotidiana que expuso la ficción creada por las SS como la falsedad brutal y cínica que realmente era.