A diferencia de los campos del sistema de campos de concentración, el “campo-ghetto” de Theresienstadt estaba subordinado a las autoridades de las SS que hacían funcionar la sucursal de Praga de la Oficina Central de Emigración Judía. Esto reflejó el estado especial de Theresienstadt como estación de tránsito. El primer teniente coronel de las SS, Siegfried Seidl, que estaba a cargo de establecer y comandar el campo-ghetto, denunció directamente al jefe de esa oficina, el capitán de las SS Rolf Günther. Günther, por su parte, denunció a Adolf Eichmann en la Oficina Principal de Seguridad del Reich (RSHA) IV B 4 en Berlín.

Como instalación administrada por las SS y la policía, Theresienstadt también estaba bajo el mando del líder de las SS y la policía en Praga, el teniente general de las SS Karl Hermann Frank. Seidl fue comandante desde el 24 de noviembre de 1941 hasta el 3 de julio de 1943. El primer teniente coronel de las SS Anton Burger reemplazó a Seidl y se desempeñó como comandante de Theresienstadt hasta enero de 1944. El primer teniente coronel de las SS Karl Rahm reemplazó a Burger, y siguió siendo comandante hasta que las SS abandonaron el campo el 5 de mayo de 1945.

En los cuarteles del comandante se empleó a 28 miembros y/o candidatos a miembros de las SS. Las autoridades y los oficiales no comisionados eran empleados de la RSHA. Los hombres reclutados, entre ellos asistentes administrativos y choferes, eran principalmente de etnia alemana procedentes de Eslovaquia. Además, los cuarteles del comandante emplearon a 18 civiles, en general residentes locales, de etnia alemana y checa, en una variedad de puestos (cocineros, electricistas, choferes, etc.).

Un Departamento Checo Especial de Gendarmería (Gendarmerie-Sonderabteilung) reclutado por el Destacamento Provincial de Gendarmería de Bohemia que contaba con 150 a 170 hombres, proporcionó los guardas del perímetro para el campo-ghetto de Theresienstadt. El capitán de gendarmería Theodor Janecek comandó el Destacamento Especial desde noviembre de 1941 hasta fines de agosto de 1943; el teniente coronel de gendarmería Miroslaus Hasenkopf lo reemplazó el 1 de septiembre de 1943. Con el fin de evitar el desarrollo de contactos entre los prisioneros judíos y los guardas checos, las SS ordenaron al Destacamento Provincial de Bohemia que rotara con frecuencia el personal del departamento especial.

El departamento alemán de policía política (Geheime Staatspolizei-Gestapo) estableció un cuartel de interrogación-inteligencia en el Pequeño Fuerte, ubicado frente al río Ohre desde el campo-ghetto. Este cuartel estaba especialmente dirigido a lo que se consideraba el “peligro para el Reich” representado por los habitantes del campo-ghetto. Además de identificar y eliminar cualquier posibilidad de resistencia, el Pequeño Fuerte funcionó como una prisión de la Gestapo y como cuartel para evaluar la inteligencia sobre lo que estaba sucediendo en el campo-ghetto y sus alrededores.

Si bien la mayoría de los encarcelados y torturados en el Pequeño Fuerte eran prisioneros políticos no judíos, los oficiales de la Gestapo también arrestaron, encarcelaron y mataron judíos allí, principalmente desde Litomerice y otras ciudades de los Sudetes y Bohemia. Diecisiete de los prisioneros judíos que sobrevivieron a su experiencia en el Pequeño Fuerte fueron enviados por el río a Theresienstadt (once en 1942, cinco en 1943 y uno en 1944).