Jerman menduduki Belanda pada 10 Mei 1940, dan mendirikan pemerintahan sipil yang didominasi oleh SS (pengawal elite negara Nazi). Amsterdam, kota terbesar di Belanda, memiliki populasi Yahudi sekitar 75.000, yang meningkat menjadi 79.000 lebih pada tahun 1941. Jumlah kaum Yahudi kurang dari 10 persen dari total populasi di kota ini. 10.000 lebih dari jumlah orang Yahudi ini adalah orang asing yang berlindung di Amsterdam pada tahun 1930an.

Pada 22 Februari 1941, Jerman menangkap ratusan orang Yahudi dan awalnya mendeportasi mereka dari Amsterdam ke kamp konsentrasi Buchenwald, lalu ke kamp konsentrasi Mauthausen. Hampir semuanya dibunuh di Mauthausen. Penangkapan dan perlakukan brutal ini mengejutkan masyarakat Amsterdam. Untuk menanggapinya, para aktivis Komunis mengorganisasi aksi mogok umum pada 25 Februari, dan banyak diikuti oleh organisasi pekerja lainnya. Pabrik-pabrik besar, sistem transportasi, dan sebagian besar layanan publik terhenti. Jerman secara brutal menindas aksi mogok tersebut setelah tiga hari, sehingga melumpuhkan organisasi perlawanan Belanda dalam prosesnya.

Pada bulan Januari 1942, Jerman mulai merelokasi orang Yahudi yang ada di provinsi ke Amsterdam. Di Amsterdam, orang Yahudi dibatasi hanya di bagian-bagian tertentu dari kota. Orang Yahudi asing dan tanpa kewarganegaraan dikirim langsung ke kamp persinggahan Westerbork. Pada bulan Juli 1942, Jerman memulai deportasi massal orang Yahudi ke pusat-pusat pembantaian di wilayah Polandia yang diduduki, terutama ke Auschwitz, tetapi juga ke Sobibor. Pemerintah kota, polisi kota Belanda, dan pekerja kereta api Belanda semuanya bekerja sama dalam proses deportasi ini, seperti halnya partai Nazi Belanda (NSB). Pemerintah Jerman dan Nazi Belanda menangkap orang Yahudi di berbagai jalan di Amsterdam dan membawa mereka ke titik pengumpulan untuk dideportasi, yaitu gedung teater kota. Saat ratusan orang dikumpulkan di gedung tersebut dan di halaman belakangnya, mereka dipindahkan ke Westerbork. Pada bulan Oktober 1942, Jerman mengirim semua orang Yahudi di kamp kerja paksa dan keluarganya ke Westerbork. Semuanya dideportasi ke Auschwitz-Birkenau dalam waktu beberapa minggu.

Pada bulan Mei 1943, pemerintah Jerman memerintahkan 7.000 orang Yahudi, termasuk karyawan dewan Yahudi di Amsterdam, untuk berkumpul di alun-alun kota Amsterdam untuk pendeportasian. Hanya 500 orang yang mematuhi. Jerman menanggapinya dengan menyegel kawasan permukiman Yahudi dan mengumpulkan orang-orang Yahudi. Dari bulan Mei hingga September 1943, Jerman melakukan razia untuk menangkap orang-orang Yahudi di kota ini.

Jerman merampas harta yang ditinggalkan oleh orang-orang Yahudi yang dideportasi. Pada tahun 1942 saja, isi dari hampir 10.000 apartemen di Amsterdam diambil alih oleh Jerman dan dikirim ke Jerman. Sekitar 25.000 orang Yahudi, termasuk sedikitnya 4.500 anak-anak, bersembunyi agar tidak dideportasi. Sekitar satu pertiganya dari yang bersembunyi ditemukan, ditangkap, dan dideportasi. Secara keseluruhan, setidaknya 80 persen dari komunitas Yahudi Belanda praperang tewas.

Pada musim semi tahun 1945, pasukan Kanada membebaskan Amsterdam dan seluruh Belanda.