С самого начала войны методы обращения гитлеровцев с советскими военнопленными определялись нацистской идеологией. Германское политическое и военное руководство расценивало советских военнопленных не только как представителей низшей расы, но и как потенциальную угрозу, препятствие на пути завоевания Германией нового "жизненного пространства". Нацисты объявили, что они не обязаны проявлять гуманное отношение к пленным красмоармейцам, так как Советский Союз не ратифицировал Женевскую конвенцию 1929 года о военнопленных, а также не брал на себя обязательств Гаагской конвенции 1907 года о законах и обычаях войны. Поэтому формально обе нации связаны только общим международным законом войны в том виде, в котором он проявился на данный период времени. Но даже согласно этому закону военнопленные должны были быть защищены.

Советские военнопленные стали первыми жертвами нацистской политики, обрекавшей жителей восточных земель на голодную смерть. В августе 1941 года германская армия установила размер пайка для работающих советских военнопленных из расчета всего 2 200 калорий в день. Даже этого было недостаточно, чтобы поддерживать жизнь, однако на практике военнопленные получали гораздо меньше официального размера пайка. Многие советские заключенные получали в день только 700 калорий. Через несколько недель потребления такого "минимального прожиточного рациона" (так он назывался в германской армии) наступала смерть от истощения. Пленным, например, часто выдавали специальный "русский" хлеб, сделанный из соломенной муки и кожуры сахарной свеклы. В многочисленных отчетах, относящихся к концу лета — осени 1941 года, сообщалось, что во многих лагерях страдающие от недоедания и доведенные до отчаяния военнопленные пытались утолить голод, поедая траву и листья.

Также немцы мало беспокоились о том, чтобы обеспечить кровом советских заключенных. В конце концов германские власти организовали временные лагеря, но отсутствие нормальной пищи, одежды и крова приводило к высокой смертности. Часто узникам приходилось выкапывать себе норы в земле, чтобы хоть как-то защититься от непогоды. К концу 1941 года главной причиной смертности стали эпидемии (главным образом брюшного тифа и дизентерии). Только в октябре 1941 года каждый день умирало почти 5 000 советских военнопленных. Наступление зимы еще больше увеличило смертность среди военнопленных, поскольку большинству было практически нечем защититься от холода.

Даже в лагерях для военнопленных, расположенных в самой Германии, советским заключенным приходилось месяцами ютиться в траншеях, землянках и хижинах из дерна. На оккупированных восточных территориях условия были еще хуже. В Белоруссии советским военнопленным были предоставлены только навесы, то есть крытые сооружения без стен. К зиме 1941 года массовая гибель заключенных от голода и болезней достигла невообразимых масштабов.

Многие советские солдаты, среди которых были раненые, умирали на пути к сборным пунктам заключенных и пересылочным лагерям; другие погибали по дороге в концлагеря, расположенные в оккупированной Польше и Германии. Многим из захваченных в 1941 году пленников пришлось пройти сотни километров в германский тыл; тех же, кто был слишком измучен, чтобы двигаться дальше, расстреливали на месте. Когда советских военнопленных отправляли на поездах, Верховное командование германских вооруженных сил разрешало использовать только открытые товарные вагоны. Случалось, что за весь день пленные так и не получали пайка. Все это привело к огромному количеству смертей в течение зимних месяцев. Согласно армейским отчетам, по дороге из оккупированной Прибалтики в Германию умирало от 25 до 70 процентов заключенных.

Число погибших было так велико не только из-за условий содержания заключенных, но и из-за массовых расстрелов. Гитлеровцы убивали тяжелораненых советских солдат, чтобы освободить германскую армию от необходимости заботиться о них. Германские власти постоянно призывали военных предпринимать "энергичные и безжалостные меры" и "без колебаний применять оружие", чтобы "пресекать любые признаки сопротивления" со стороны советских военнопленных. В тех, кто пытался бежать, стреляли без предупреждения. Более того, изданный 8 сентября 1941 года приказ, гласивший, что использование оружия против советских военнопленных "как правило, рассматривается как правомочное", по сути дела разрешал германским военным безнаказанно убивать пленных советских солдат.

В середине июля 1941 года генерал Герман Райнеке, отвечающий в Верховном командовании германских вооруженных сил за дела военнопленных, позволил сотрудникам Главного управления имперской безопасности производить проверку советских заключенных в лагерях для военнопленных с целью выявления "политически и расово недопустимых элементов". Такие заключенные передавались под юрисдикцию СС и убивались. Это привело к резкому увеличению числа жертв, поскольку "недопустимыми элементами" считались не только "все высокопоставленные государственные и партийные работники", но также и "все интеллигенты, все фанатичные коммунисты и все евреи".

Казни не проводились в лагерях для военнопленных или поблизости от них. Вместо этого узников переводили в закрытые зоны и там расстреливали. Концентрационные лагеря оказались идеальным местом для проведения казней. Например, в концлагере Гросс-Розен эсесовцы убили более 65 000 советских военнопленных, в течение шести месяцев не давая им ничего, кроме похлебки из травы, воды и соли. Во Флоссенбюрге советских пленных сжигали заживо. В Майданеке — расстреливали во рвах. В австрийском Маутхаузене было расстреляно столько военнопленных, что местное население жаловалось на загрязнение всех окрестных источников воды. Реки и ручьи возле лагеря стали красными от крови. По разным оценкам, в результате этой акции погибло от 140 000 до 500 000 человек.

Лагеря смерти Освенцим и Майданек были изначально построены для советских военнопленных по личному требованию Генриха Гиммлера. Военнопленные должны были работать на крупных промышленных комплексах, которые СС планировало основать совместно с коммерческим фирмами, такими как "I.G. Farben". Однако, к январю 1942 года из 10 000 советских военнопленных, изначально привезенных в Освенцим, в живых осталось только несколько сотен человек, и нового пополнения не ожидалось. Поэтому всего через неделю после Ванзейской конференции Гиммлер решил заполнить лагеря 150 тысячами евреев. Таким образом, лагеря СС для военнопленных стали частью комплекса, предназначенного для истребления евреев.

Это случилось, когда комендант Освенцима Рудольф Гёсс и его помощники стали ставить эксперименты на советских военнопленных с целью опробования нового средства убийства, впоследствии ставшего символом нацистского геноцида, — газ Циклон Б. В начале сентября 1941 года для казни было отобрано 600 советских военнопленных. Гёсс решил отравить их Циклоном Б (также известным как цианистый водород или синильная кислота) в газовой камере лагеря Освенцим I. Для испытания газа было отобрано еще 250 заключенных, признанных негодными к работе. Еще раньше, в октябре 1939 года, нацисты проводили эксперименты, используя газ для убийства людей, которых они считали умственно или физически неполноценными. Таким образом был найден эффективный метод для массового уничтожения людей. Результаты тех экспериментов и были применены для расправы с советскими военнопленными, а позднее и евреями. К февралю 1942 года 2 000 000 из 3 300 000 советских солдат, попавших в германский плен, умерли от голода, холода и болезней или были расстреляны.