Sigue siendo incierto el momento en el que los líderes nazis decidieron implementar la "Solución final": el plan de aniquilar a los judíos de Europa. El genocidio de los judíos fue la culminación de una década de política alemana bajo el régimen nazi y la realización de un objetivo central del dictador nazi, Adolf Hitler.

En los años del régimen nazi que precedieron a la Segunda Guerra Mundial, las políticas de persecución y segregación dirigidas a los judíos alemanes se centraron en el objetivo de la expulsión. Una vez que el partido nazi tomó el poder en 1933, el racismo auspiciado por el estado generó la legislación antisemita, boicots, "arianización" y violencia callejera masiva, como en los progroms de la Kristallnacht, comúnmente conocida como la "Noche de los vidrios rotos". Con todas estas medidas, los líderes nazis buscaban expulsar a los judíos de Alemania aislándolos sistemáticamente de la sociedad y eliminándolos de la economía alemana, quitándoles cualquier oportunidad de ganarse la vida en ese país.

Los alemanes iniciaron la Segunda Guerra Mundial con la invasión de Polonia en septiembre de 1939. Los líderes nazis entonces cambiaron las prioridades en la política antisemita de expulsión del territorio controlado por Alemania a la concentración de poblaciones de judíos europeos en lugares adecuados para su futura eliminación definitiva. Lo que no está claro es si los líderes nazis ya estaban pensando en el asesinato en masa como su "solución" al llamado problema judío.

Como medida provisional, mientras los altos mandos consideraban las opciones a largo plazo, las autoridades alemanas establecieron ghettos en el Generalgouvernement (la parte de Polonia bajo ocupación alemana que no estaba directamente anexada a Alemania, ni a Prusia oriental alemana, ni había sido incorporada a la Unión Soviética bajo ocupación alemana) y en el distrito de Wartheland, comúnmente llamado Warthegau (un área del este de Polonia directamente anexada al Reich alemán). Desde fines de 1939, las autoridades alemanas de las SS y la policía deportaron judíos polacos, alemanes, austríacos y checos a estos ghettos.

Los alemanes invadieron la Unión Soviética en 1941. Los líderes de las SS, la policía y las fuerzas armadas alemanas habían concluido acuerdos previos a la invasión. Según estos acuerdos, las unidades de las SS y de la policía -- incluyendo los Einsatzgruppen (equipos móviles de matanza) de la Policía de Seguridad Alemana, el SD y los batallones de la policía alemana -- seguirían a las tropas alemanas al territorio soviético recientemente ocupado. Funcionando como equipos móviles de matanza, llevaron adelante operaciones de fusilamiento con el fin de aniquilar a comunidades judías enteras. En el otoño de 1941, las SS y la policía introdujeron los camiones móviles de gas. Estos camiones cerrados con paneles, en los que los tubos de escape habían sido modificados para que bombearan monóxido de carbono (gas letal) en los espacios herméticamente cerrados y éste matara a quienes estaban encerrados, complementaron las operaciones de fusilamiento que ya estaban en marcha.

Las autoridades de ocupación alemanas llevaron adelante operaciones de fusilamiento de judíos y de otros a quienes consideraban enemigos potenciales del dominio alemán permanente en el Este. Estas operaciones duraron hasta que los alemanes evacuaron la Unión Soviética en la primera mitad de 1944. Dado que las SS y la policía solían no tener suficiente mano de obra para llevar adelante estas operaciones, cuando era necesario, recibían el apoyo de auxiliares locales reclutados y de unidades de las fuerzas armadas alemanas. Los alemanes y sus colaboradores asesinaron entre un millón y un millón y medio de judíos en las operaciones de fusilamiento o en los camiones de gas en la Unión Soviética ocupada.

Cuatro semanas después de la invasión a la Unión Soviética, el 17 de julio de 1941, Hitler le encomendó al jefe de las SS, Heinrich Himmler, la responsabilidad de todos los asuntos de seguridad de la Unión Soviética ocupada. Hitler le otorgó a Himmler amplia autoridad para eliminar físicamente cualquier presunta amenaza para el dominio permanente de Alemania. Dos semanas más tarde, el 31 de julio, el mariscal del Reich Hermann Göring, en calidad de segundo al mando después de Hitler, autorizó a Reinhard Heydrich, jefe de la Oficina Principal de Seguridad del Reich (Reichssicherheitshauptamt; RSHA) y subordinado directo de Himmler, a que hiciera los preparativos para la implementación de una "solución completa del problema judío". En adelante, las SS en general y la RSHA en particular gozaron de la potestad de Hitler para la toma de decisiones a fin de coordinar la implementación de la "solución final". Cabe destacar que la RSHA consistía en la Policía de Seguridad (la Gestapo y la Policía Criminal) y el Servicio de Seguridad (Sicherheitsdienst-SD).

En octubre de 1941, Himmler autorizó al General de las SS, Odilo Globocnik -- líder de las SS y la policía del distrito de Lublin y el Generalgouvernement -- a implementar un plan destinado a asesinar sistemáticamente a todos los judíos que residían en el Generalgouvernement. En 1942, este proyecto recibió el nombre en código de "Operación Reinhard" (Einsatz Reinhard), en referencia a Heydrich (quien había sido autorizado a coordinar la implementación de la "solución final" y fue asesinado por agentes checos en mayo de 1942 en Praga). Para llevar a cabo el asesinato en masa de unos dos millones de judíos, Globocnik creó un departamento con su personal para la Operación Reinhard. Uno de sus asistentes, el Mayor de las SS Hermann Höfle, coordinaría la deportación de los judíos con civiles locales y autoridades de las SS y la policía. El capitán de la Policía Criminal Christian Wirth, un veterano del programa de "Eutanasia", estableció, bajo la supervisión de Globocnik, tres centros de exterminio en la Polonia ocupada por Alemania: Belzec, Sobibor y Treblinka II. Globocnik y su personal organizaron el asesinato en masa de 1.700.000 judíos en los centros de exterminio de la Operación Reinhard y en los fusilamientos en todo el Generalgouvernement. La gran mayoría de las víctimas eran judíos polacos, aunque también hubo judíos alemanes, austríacos, checos, holandeses, franceses, yugoslavos y griegos que murieron en los centros de exterminio de Reinhard.

Un objetivo secundario de la Operación Reinhard era explotar a una pequeña minoría de judíos que residían en el Generalgouvernement en los trabajos forzados antes de asesinarlos. A medida que los ghettos de Polonia eran eliminados sistemáticamente, aquellos que habían sido seleccionados para vivir temporalmente fueron deportados a los campos de trabajos forzados de la Operación Reinhard y al campo de concentración de Lublin/Majdanek. Este campo se estableció en 1941 bajo la autoridad de la Inspección de Campos de Concentración de Berlín. Si bien fue concebido y en la práctica funcionó principalmente como campo de concentración, donde se albergaba a prisioneros políticos y judíos que realizaban trabajos forzados, Majdanek funcionó en ocasiones como centro de exterminio para los judíos que residían en el Generalgouvernement. Tenía cámaras de gas, en las cuales las SS asesinaron a decenas de miles de judíos, principalmente a aquellos que realizaban trabajos forzados que estaban demasiado débiles como para trabajar.

Para implementar la "solución final" en el distrito de Wartheland, las autoridades regionales alemanas construyeron el centro de exterminio de Chelmno, a unas treinta millas (48 km) al noroeste de Lodz. Las SS y la policía mataron al menos a 152.000 personas, principalmente judíos, pero también algunos miles de romaníes (gitanos) en camiones de gas.

Para asesinar a los judíos de la "Gran Alemania", así como los judíos que residían en áreas bajo ocupación o influencia alemana del oeste, sur, sudeste y norte de Europa, en la primavera de 1942, Himmler designó como centro de exterminio a Auschwitz II (Auschwitz-Birkenau). Auschwitz-Birkenau, junto con el campo principal de Auschwitz, estaba subordinado a la Inspección de Campos de Concentración de Berlín. Auschwitz-Birkenau, originalmente concebido como un enorme campo de trabajos forzados para prisioneros de guerra soviéticos, y más tarde, para judíos que realizaban trabajos forzados, comenzó a funcionar como centro de exterminio en la primavera de 1942. Allí, las autoridades de las SS asesinaron a aproximadamente un millón de judíos de varios países europeos, incluyendo judíos de Alemania, Austria, Checoslovaquia, Noruega, Francia, los Países Bajos, Bélgica, Luxemburgo, la región oeste y sudeste de Polonia bajo ocupación alemana, Yugoslavia, Grecia, Italia y Hungría.

En la Serbia ocupada por Alemania, un territorio parte de Yugoslavia en la preguerra, los alemanes mataron a los judíos en camiones de gas y en operaciones de fusilamiento, con procedimientos muy parecidos a los usados en la parte de la Unión Soviética ocupada.

Durante la implementación de la "solución final", las autoridades alemanas y sus colaboradores mataron a seis millones de judíos -- dos tercios de los judíos que vivían en Europa en 1939 -- mediante gas asfixiante, fusilamientos y otros medios.