Estonia es el estado báltico más pequeño y más septentrional. Desde el final de la Primera Guerra Mundial hasta 1940, fue una república independiente. En 1939, los habitantes judíos de Estonia eran aproximadamente 4.500, un porcentaje muy pequeño de la población del país. Casi la mitad de ellos vivían en Tallin, la ciudad capital. El resto vivía en otras ciudades, como Tartu, Valga, Parnu, Narva, Viljandi, Rakvere, Voru y Nomme.

La Unión Soviética ocupó Estonia en junio de 1940 y anexó el país en agosto del mismo año. Las autoridades soviéticas obligaron a las instituciones judías a disolverse. Durante ese período, al menos la mitad de los judíos abandonaron el país. En el verano de 1941, los nazis gradualmente lo ocuparon después de que Alemania invadió la Unión Soviética.

Durante la ocupación alemana, se incluyó a Estonia en el Comisariato del Reich para el Ostland, una administración civil alemana que incluía a los estados bálticos y Bielorrusia occidental. Desde el principio, los alemanes sometieron a los judíos a severas medidas, como confiscarles las propiedades y obligarlos a usar distintivos amarillos para identificarlos como judíos. Estas medidas fueron solo temporales, mientras los nazis se preparaban para asesinar a todos los judíos de Estonia. Las SS y la policía alemana, junto con los auxiliares de Estonia, masacraron a los judíos de ese país a fines de 1941. Durante la ocupación alemana, allí no se crearon ghettos.

A partir de 1942, enviaron a decenas de miles de judíos de otros países europeos a campos de trabajos forzados dentro de Estonia. El campo principal era Vaivara. Los judíos que realizaban trabajos forzados construyeron defensas militares para el ejército alemán y extrajeron petróleo de esquisto. Miles de judíos extranjeros fueron también asesinados en Kalevi Liiva. Con el avance del ejército soviético en el otoño de 1944, los nazis evacuaron los campos de Estonia y de otros campos de los países bálticos. A algunos judíos los transfirieron por vía marítima al campo de concentración de Stutthof, cerca de Danzig. A varios miles los obligaron a realizar marchas de la muerte a lo largo de la costa báltica.

En septiembre de 1944, la Unión Soviética anexó nuevamente a Estonia como una de sus repúblicas. Si bien los judíos que habían huido de allí a una relativa seguridad dentro de la Unión Soviética regresaron después de la guerra, de los judíos de Estonia que quedaban en el país en el momento de la ocupación alemana prácticamente no sobrevivió ninguno.