Los Einsatzgruppen (equipos móviles de matanza) eran equipos alemanes con una tarea especial que estaban principalmente integrados por personal de las SS y de la policía. Los comandantes y los oficiales también integraban la Policía de Seguridad y el Servicio de Seguridad. Las unidades estaban directamente subordinadas a la Oficina Central de Seguridad del Estado (Reichssicherheitshauptamt o RSHA) en Berlín y operaban regionalmente en coordinación con los superiores de las SS y de la policía. Con la orden de seguir al ejército alemán en su incursión en la Unión Soviética, los Einsatzgruppen dependían del ejército para obtener suministros y apoyo logístico.

De acuerdo con el intento alemán de llevar a cabo una guerra ideológica de aniquilación en la Unión Soviética, el dirigente de la RSHA, Reinhard Heydrich, ordenó a los comandantes de los Einsatzgruppe que mataran de forma sistemática a los civiles que estuvieran tras el frente y que se consideraran "enemigos" de la Alemania nazi. Los grupos objetivo de estos asesinatos sistemáticos incluían a los civiles judíos, los romaníes (gitanos), los oficiales del Partido Comunista Soviético y del aparato estatal, y cualquier otra persona que se considerara políticamente o "racialmente" peligrosa.

A medida que el ejército alemán se adentraba en territorio soviético, los Einsatzgruppen seguían a las tropas y llevaban a cabo operaciones de masacre. En un principio, el personal de los Einsatzgruppe, asistido por auxiliares de policía reclutados localmente y otras unidades de las SS y de la policía alemana, disparaba principalmente a los hombres judíos. A finales de julio de 1941, tras el despliegue de unidades con más personal de las SS y de la policía en la Unión Soviética ocupada, estas unidades, incluidos los Einsatzgruppen, comenzaron a aniquilar a comunidades judías completas, incluyendo tanto a hombres como mujeres y niños.

Cuatro Einsatzgruppe del tamaño de un batallón y varios batallones de policía fueron desplegados por la Unión Soviética. El Einsatzgruppe A avanzó desde Prusia oriental a través de Lituania, Letonia y Estonia hacia Leningrado. Sus integrantes masacraron a los judíos en Kovno, Riga y Vilna. El Einsatzgruppe B partió desde Varsovia en la Polonia ocupada y se movió hacia Smolensk, en el este, a través de Bielorrusia. Sus integrantes asesinaron a los judíos en Grodno, Minsk, Brest-Litovsk, Slonim, Gomel y Mogilev, entre otros lugares. El Einsatzgruppe C comenzó sus operaciones en el área de Cracovia y se dirigió a través de Ucrania hacia Kiev y Donetsk, masacrando judíos y otros en Lvov, Tarnopol, Zolochev, Kremenets, Kharkov y Kiev. El Einsatzgruppe D operaba al sur de Ucrania, extendiendo las matanzas a las ciudades de Nikolayev, Kherson, Simferopol, Sevastopol y Feodosiya.

En la primavera de 1943, los Einsatzgruppe y otras unidades de las SS y de la policía habían asesinado a más de un millón de judíos y decenas de miles de oficiales políticos soviéticos, romaníes y personas discapacitadas.

Entre las mayores masacres perpetradas por los integrantes de los Einsatzgruppe, junto con el personal de las SS y de la policía, se encuentra el asesinato sistemático de 34.000 judíos en Babi Yar, un barranco situado al noroeste de Kiev, entre el 29 y el 30 de septiembre de 1941. Otra operación masiva fue el asesinato de más de 25.000 judíos letones del ghetto de Riga en dos períodos breves, el 29 y el 30 de noviembre de 1941 y el 8 y el 9 de diciembre de 1941.

En 1943, cuando los alemanes comenzaron a retirarse, las unidades especiales de las SS y de la policía, incluido el subcomando (Teilkommando) 1005, bajo las órdenes del oficial de las SS Paul Blobel, intentaron eliminar del territorio soviético cualquier rastro de los fusilamientos masivos y los asesinatos en los furgones de gas. El personal de las SS y de la policía obligó a pequeños grupos de judíos a exhumar los cuerpos de las fosas comunes y a cremarlos. Una vez que los trabajadores judíos finalizaban con estas espeluznantes tareas, los alemanes les disparaban en pequeños grupos, obligando así al grupo siguiente a cremar los restos del grupo que había sido asesinado antes que ellos. Los alemanes continuaron con este intento de eliminar las pruebas de las masacres a medida que el ejército soviético proseguía con la liberación de Ucrania y Bielorrusia entre 1943 y 1944.