Alemania atacó Polonia el 1 de septiembre de 1939. Al cabo de algunas semanas, el ejército polaco fue derrotado. Desde Prusia Oriental y Alemania en el norte y Silesia en el sur, las unidades alemanas, con más de 2.000 tanques y 1.000 aviones, atacaron las defensas polacas a lo largo de la frontera y avanzaron hasta Varsovia en un embate de encierro masivo. Después de un intenso bombardeo, Varsovia se rindió a los alemanes el 28 de septiembre de 1939. Gran Bretaña y Francia, que habían acordado defender a Polonia en caso de un ataque alemán, declararon la guerra a Alemania el 3 de septiembre de 1939. La Unión Soviética ocupó Polonia oriental el 17 de septiembre de 1939, de conformidad con el pacto alemán-soviético de agosto de 1939.

En octubre de 1939, Alemania anexó la mayor parte de Polonia occidental. El anterior corredor polaco y la Ciudad Libre de Danzig fueron incorporados a la nueva provincia alemana de Danzig-Prusia Occidental. El distrito de Ciechanow (Zichenau), directamente al sur de Allenstein (Olsztyn), Prusia Oriental, fue anexado a la provincia alemana de Prusia Oriental. La anterior provincia polaca de Poznan y parte de Lodz se combinaron en una nueva provincia llamada Warthegau. Finalmente, la parte polaca de Alta Silesia, una pequeña área del sudoeste de Polonia que incluía a las ciudades de Katowice y Oswiecim (Auschwitz), fue incorporada la provincia alemana de Silesia.

El resto de la dividida Polonia que quedó para Alemania según las disposiciones secretas de los acuerdos alemanes-soviéticos de agosto y septiembre de 1939 se organizó en el “Generalgouvernement” (Gobierno General) de Polonia el 26 de octubre de 1939. Los alemanes pusieron al Generalgouvernement bajo autoridad civil con sede en Cracovia. El líder administrativo fue el Gobernador General Hans Frank, abogado y seguidor de Adolf Hitler durante muchos años. La zona se dividió en cuatro distritos administrativos con sede en Cracovia, Varsovia, Radom y Lublin.

Cuando Alemania invadió la Unión Soviética en junio de 1941, también conquistó Polonia oriental, que los soviéticos habían anexado según los acuerdos alemanes-soviéticos de agosto y septiembre de 1939. La región de los alrededores de la ciudad de Bialystok se anexó en forma administrativa a la provincia alemana de Prusia Oriental, aunque no se anexó formalmente a Alemania. En el sudeste de Polonia, la región circundante a Lvov (también conocida como Galicia) fue anexada como quinto distrito al Generalgouvernement. Con la adición de Galicia, la población del Generalgouvernement superó los 12 millones de habitantes. La parte central del este de Polonia pasó a ser parte de la recientemente establecida administración alemana de Ucrania, mientras que la parte nordeste de Polonia pasó a ser parte de la nueva región administrativa del Comisariato del Reich para el Ostland.

Prácticamente toda Polonia siguió bajo ocupación alemana hasta la ofensiva soviética en Polonia oriental en el verano de 1944.