L'Allemagne attaqua la Pologne le 1er septembre 1939. L'armée polonaise fut vaincue en quelques semaines. Equipées de plus de 2 000 chars et de 1 000 avions, des unités allemandes arrivèrent de Prusse orientale et d'Allemagne par le nord, de Silésie par le sud et franchirent les défenses frontalières polonaises. Elles avancèrent sur Varsovie qu'elles encerclèrent massivement. Après de lourds bombardements, la ville se rendit aux Allemands le 28 septembre 1939. La Grande-Bretagne et la France, qui s'étaient entendues pour défendre la Pologne en cas d'attaque allemande, déclarèrent la guerre à l'Allemagne le 3 septembre 1939. L'Union soviétique occupa l'est de la Pologne le 17 septembre 1939, en conformité avec le pacte germano-soviétique d'août 1939.

En octobre 1939, l'Allemagne avait annexé la majorité de la Pologne occidentale. L'ancien couloir polonais et la ville libre de Dantzig furent intégrés à la nouvelle province allemande de Dantzig-Prusse-Occidentale. Le district de Ciechanow (Zichenau), au sud d'Allenstein (Olsztyn), fut rattaché à la province de Prusse orientale. L'ancienne province polonaise de Poznan et une partie de celle de Lodz furent réunies en une nouvelle province appelée le Warthegau. Enfin, la partie polonaise de la Haute-Silésie, une petite région au sud-ouest de la Pologne comprenant les villes de Katowice et Oswiecim (Auschwitz), fut intégrée à la province allemande de Silésie.

La partie du territoire polonais qui revint à l'Allemagne, en vertu des dispositions secrètes des accords germano-soviétiques d'août et de septembre 1939, fut organisée en "Generalgouvernement" (Gouvernement général) de Pologne le 26 octobre 1939. Le Gouvernement général fut placé sous une autorité civile basée à Cracovie. L'administrateur principal fut le gouverneur général Hans Frank, un avocat et un partisan de longue date d'Adolf Hitler. Le territoire fut divisé en 4 districts administratifs avec des sièges à Cracovie, Varsovie, Radom et Lublin.

Lors de l'invasion de l'Union soviétique en juin 1941, l'Allemagne conquit aussi la Pologne orientale, que les Soviétiques avaient annexée dans le cadre des accords germano-soviétiques d'août 1939. La région autour de la ville de Bialystok fut administrativement reliée à la province allemande de Prusse-Orientale, sans être formellement annexée à l'Allemagne. Dans le sud-est de la Pologne, la région autour de Lvov (connue également sous le nom de Galicie) fut rattachée au Gouvernement général en tant que cinquième district. En ajoutant la population de Galicie, le Gouvernement général dépassait les 12 millions d'habitants. Le centre-est de la Pologne fut rattaché à la nouvelle administration allemande d'Ukraine, tandis que le nord-est de la Pologne rejoignait la nouvelle région administrative du commissariat du Reich de l'Ostland.

Pratiquement toute la Pologne resta sous occupation allemande jusqu'à l'offensive soviétique à l'est de la Pologne à l'été 1944.