Theresienstadt: últimas semanas, liberación y pruebas de la posguerra
Las SS y la policía usaron el levantamiento eslovaco como oportunidad para arrestar a los últimos judíos eslovacos. A fines de 1944, poco después del colapso de la sublevación, las SS y la policía trasladaron a 416 judíos eslovacos del campo de tránsito de Sered a Theresienstadt, ya que las tropas soviéticas habían cortado las líneas ferroviarias y las rutas que iban hacia Auschwitz. Otros 1.031 judíos eslovacos llegaron a principios de abril de 1945, después de la evacuación de Sered. El 8 de marzo de 1945, llegaron a Theresienstadt entre 1.070 y 1.150 judíos húngaros que habían sido deportados a la frontera austriaca el otoño anterior. Además 37 eslovacos y 35 húngaros murieron antes del 15 de abril de 1945.
En diciembre de 1944, las SS reconstituyeron el Consejo de Ancianos Judíos en Theresienstadt. Jacob Edelstein, representante de los judíos del Protectorado, había sido deportado a Auschwitz en el transporte del 15 de diciembre de 1943; las SS lo fusilaron allí el 20 de junio de 1944. Las SS fusilaron a Paul Eppstein, representante de los judíos alemanes, en Theresienstadt el 27 de septiembre de 1944, en vísperas de la última ola de deportaciones a Auschwitz. De esta manera, Benjamin Murmelstein, representante de los judíos austriacos, asumió el liderazgo del Consejo solo, con Leo Baeck como segundo mandatario.
En 1945, con la esperanza de usar los prisioneros sobrevivientes de Theresienstadt para regatear en las negociaciones abiertas con las potencias occidentales, el Reichsführer de las SS Heinrich Himmler, el Jefe de la Policía de Seguridad Ernst Kaltenbrunner y otros líderes de las SS aceptaron, como símbolo de buena fe, la liberación de 1.200 prisioneros de Theresienstadt a cambio de cinco millones de francos suizos aportados por organizaciones judías en una cuenta de depósito en garantía en Suiza. Los 1.200 judíos (523 alemanes, 433 holandeses, 153 austriacos y 91 del Protectorado) llegaron a Suiza el 5 de febrero de 1945. La noche del 14 al 15 de abril de 1945, las SS permitieron que el personal de la Cruz Roja sueca se llevara a los 423 judíos daneses sobrevivientes de Theresienstadt en camiones con destino a Dinamarca.
Entre el 20 de abril y el 2 de mayo de 1945, Theresienstadt perdió su singularidad con la masiva llegada al campo-ghetto de entre 13.500 y 15.000 prisioneros de otros campos y subcampos de concentración (principalmente Buchenwald y Gross-Rosen). La mayoría eran judíos, pero no todos. Más de 9.000 tenían ciudadanía polaca o húngara antes de la Segunda Guerra Mundial. La cantidad total de prisioneros en Theresienstadt aumentó durante los 42 meses de su existencia a más de 154.000 personas. En mayo de 1945, la cantidad total de prisioneros en el campo superó los 30.000, de los cuales cerca de 17.000 habían estado allí antes del 20 de abril.
Después de visitar nuevamente el campo el 6 y el 21 de abril de 1945, la Cruz Roja Internacional se hizo cargo de su administración el 2 de mayo de 1945. Rahm, el comandante de las SS y el resto de los integrantes de la organización huyeron los días 5 y 6 de mayo. El disperso ejército alemán y las unidades de las SS siguieron combatiendo contra las fuerzas soviéticas en los alrededores del campo-ghetto, que pasó a ser parte del frente de batalla el 8 de mayo. Las tropas soviéticas ingresaron al campo el 9 de mayo y al día siguiente se hicieron cargo de sus prisioneros. A fines de agosto de 1945, la mayor parte de los anteriores prisioneros se había ido del campo, para ser reemplazados por las personas de etnia alemana arrestadas por las autoridades checas y soviéticas.
Después de la guerra, las autoridades checas enjuiciaron a varios miembros del personal de las SS, entre ellos los comandantes Seidl y Rahm, quienes fueron condenados, sentenciados a muerte y ejecutados en Litomerice. El comandante Burger huyó a Alemania occidental y, si bien fue condenado a muerte por las autoridades checas en ausencia, se estableció en Essen, donde vivió con un nombre falso hasta su muerte en diciembre de 1991. De los comandantes de la gendarmería checa, Theodor Janecek murió en prisión esperando su juicio en 1946, mientras que un tribunal checo en Litomerice halló culpable de traición a Miroslaus Hasenkopf y lo sentenció a 15 años de reclusión. Hasenkopf murió en la prisión en 1951.