В период с 1933 по 1945 год многие тысячи людей противостояли нацистскому режиму — как с оружием в руках, так и ненасильственными методами. Одними из первых противников фашизма в Германии стали коммунисты, социалисты и руководители профсоюзов. Хотя большинство церковнослужителей поддерживали нацистов либо молча соглашались с их политикой, все же некоторые немецкие богословы, как, например, Дитрих Бонхоффер, противостояли режиму. Бонхоффер был казнен в 1945 году. Среди консервативно настроенной германской элиты и генералитета также существовали небольшие группы оппозиции фашистскому режиму. В июле 1944 года эти группировки предприняли безуспешное покушение на Адольфа Гитлера.

На территориях, оккупированных Германией, также действовало Сопротивление. Во Франции генерал Шарль де Голль отстаивал необходимость открытого противодействия коллаборационистскому режиму Виши. После того как в апреле 1940 года Германия оккупировала Данию, там начало действовать движение Сопротивления. Подпольщики убивали информаторов, совершали налеты на германские военные объекты и устраивали диверсии на железных дорогах. В феврале 1941 года в Дании прошла общая забастовка протеста против арестов и жестокого обращения с евреями. Во всех европейских странах подполье снабжало тех, кому угрожала опасность, поддельными документами, находило надежные места укрытия или пути побега.

В Советском Союзе, Чехословакии, Югославии, Греции и Польше партизанские отряды оказывали вооруженное сопротивление нацистам и совершали различные диверсии. В мае 1942 года чешские подпольщики убили Райнхарда Гейдриха, нацистского протектора Богемии и Моравии. В ответ нацисты расстреляли всех мужчин в чешской деревне Лидице. В августе 1944 года польская Армия Крайова предприняла попытку переворота (ставшую известной под именем Варшавского восстания). Чтобы подавить это восстание, фашистам потребовалось целых два месяца. В том же месяце словацкие партизаны предприняли вооруженное выступление (Словацкое народное восстание) против прогерманского правительства партии Глинки.

Наряду с евреями, другие преследуемые группы оказывали нацистам сопротивление. В мае 1944 года эсесовцы приказали узникам цыганского семейного лагеря в Освенциме покинуть свои бараки (вероятно, чтобы отправить их на смерть в газовые камеры). Вооруженные ножами и топорами, цыгане отказались подчиниться. Солдаты СС отступили. Многие Свидетели Иеговы в Германии и других странах оказывали "духовное сопротивление" путем неповиновения нацистам. Некоторые из них отказывались служить в германской армии, и будучи заключенными в концлагеря, создавали подпольные религиозные школы.

Другими формами ненасильственного сопротивления были укрывание евреев (порой с риском для собственной жизни), прослушивание передач запрещенных радиостанций Союзников, подпольный выпуск антифашистских газет. В условиях репрессий и насилия акции сопротивления временами серьезно мешали осуществлению гитлеровских планов и операций, спасали жизни или просто укрепляли дух людей, подвергавшихся преследованиям.