Entre 1920 y 1939, Kovno (Kaunas), situada en Lituania central, era la capital del país y la ciudad más grande. Tenía una población judía de entre 35.000 y 40.000 personas, cerca de un cuarto de la población total de la ciudad. Los judíos se concentraban en el sector comercial, artesano y profesional de la ciudad.

Kovno era también un centro de estudios judíos. El yeshiva de Slobodka, un distrito empobrecido de la ciudad, era una de las instituciones de estudios judíos superiores más prestigiosas de Europa. Kovno poseía una rica y variada cultura judía. La ciudad tenía casi 100 organizaciones judías, 40 sinagogas, muchas escuelas de estudio en yídish, 4 escuelas secundarias de estudio en hebreo, un hospital judío y gran cantidad de negocios judíos. También era un importante centro sionista.

La vida judía de Kovno se vio interrumpida cuando la Unión Soviética ocupó Lituania en junio de 1940. La ocupación llegó acompañada de detenciones, confiscaciones y la eliminación de todas las instituciones libres. Las organizaciones colectivas judías desaparecieron de la noche a la mañana. Las autoridades soviéticas confiscaron las propiedades de muchos judíos. Mientras tanto, el frente lituano activista, fundado por emigrantes lituanos nacionalistas en Berlín, difundió clandestinamente literatura antisemita en Lituania. Entre otros temas, la literatura culpaba a los judíos de la ocupación soviética. Cientos de judíos fueron exiliados a Siberia.

Después de la invasión alemana de la Unión Soviética el 22 de junio de 1941, las fuerzas soviéticas huyeron de Kovno. Justo antes, y tras la ocupación alemana de la ciudad el 24 de junio, las mafias lituanas anti-comunistas y pro-alemanas habían comenzado a atacar a los judíos (a quienes culpaban injustamente de la represión soviética), especialmente a lo largo de las calles de Jurbarko y Krisciukaicio. Estos vigilantes de derecha asesinaron a centenares de judíos y llevaron a docenas de judíos al garaje Lietukis, en el centro de ciudad, y les asesinaron allí.

A principios de julio de 1941, los destacamentos de Einsatzgruppe alemanes (equipos móviles de matanza) y sus auxiliares lituanos comenzaron masacres sistemáticas de judíos en varios de los fuertes que rodeaban Kovno. Dichos fuertes habían sido construidos por los zares rusos en el siglo diecinueve para defender la ciudad. Los destacamentos de Einsatzgruppe y los auxiliares lituanos fusilaron a miles de hombres, mujeres y niños judíos; principalmente en el noveno fuerte, pero también en el cuarto y en el séptimo fuerte. A los seis meses de la ocupación alemana de la ciudad, los alemanes y sus colaboradores lituanos habían asesinado la mitad de todos los judíos de Kovno.

Los nazis crearon una administración civil bajo el mando del Mayor General Hans Kramer. Entre julio y el 15 de agosto de 1941, los alemanes concentraron al resto de los judíos, unas 29.000 personas, en un ghetto creado en Slobodka. Era un área de pequeñas casas rudimentarias y sin agua corriente. El ghetto constaba de dos partes, denominadas el ghetto "pequeño" y el "grande", que estaban separadas por la calle Paneriu. Cada ghetto estaba cercado por vallas de alambre de púas y estaba estrechamente vigilado. Ambos estaban atestados, cada persona disponía de menos de 3 metros (10 pies) cuadrados de espacio para vivir. Los alemanes reducían el tamaño del ghetto de forma constante, forzando a los judíos a trasladarse varias veces. Los alemanes destruyeron el ghetto pequeño el 4 de octubre de 1941 y mataron a casi todos sus habitantes en el noveno fuerte. Más adelante ese mismo mes, el 29 de octubre de 1941, los alemanes llevaron a cabo lo que se conoció como la "Gran acción." En un solo día, fusilaron a 9.200 judíos en el cuarto fuerte.

El ghetto de Kovno proporcionó a los militares alemanes mano de obra para trabajos forzados. Los judíos se utilizaban principalmente para trabajos forzados en varios lugares fuera del ghetto, especialmente en la construcción de una base aérea militar en Aleksotas. El Consejo Judío (Aeltestenrat, o consejo de ancianos), dirigido por el Dr. Elchanan Elkes, también creó talleres dentro del ghetto para aquellas mujeres, niños y ancianos que no podían participar en las brigadas de trabajo. Con el tiempo, en estos talleres trabajaron casi 6.500 personas. El consejo esperaba que los alemanes no mataran a los judíos que estaban trabajando para el ejército.

En el otoño de 1943, la SS asumió el control del ghetto y lo convirtió en el campo de concentración de Kauen. El papel del Consejo Judío se restringió drásticamente. Los nazis dispersaron a más de 3.500 judíos a los subcampos en los que una estricta disciplina gobernaba todos los aspectos de la vida diaria. El 26 de octubre de 1943, la SS deportó a más de 2.700 personas del campo principal. La SS envió a aquellos considerados como aptos para trabajar a campos de trabajo en Estonia y deportó a los niños y ancianos a Auschwitz. Pocos sobrevivieron.

El 8 de julio de 1944, los alemanes evacuaron el campo, deportando a la mayoría de los judíos que quedaban al campo de concentración de Dachau, en Alemania, o al campo de Stutthof, cerca de Danzig, en la costa báltica. Tres semanas antes de que el ejército soviético llegara a Kovno, los alemanes arrasaron el ghetto con granadas y dinamita. 2.000 personas murieron quemadas o fusiladas mientras trataban de escapar.

A lo largo de años de dificultades y horror, la comunidad judía de Kovno documentó su historia en archivos secretos, diarios, dibujos y fotografías. Muchos de estos elementos estaban enterrados en el suelo cuando se destruyó el ghetto. Descubiertos tras la guerra, estos pocos restos escritos de una comunidad que una vez fue próspera proporcionan la evidencia del desafío, la opresión, la resistencia y la muerte de la comunidad judía. Por ejemplo, George Kadish (Hirsh Kadushin), mediante una cámara oculta, fotografió en secreto las adversidades de la vida cotidiana dentro del ghetto a través del ojal de su abrigo.

El ghetto de Kovno contaba con varios grupos judíos de resistencia. La resistencia adquirió armas, desarrolló áreas de entrenamiento secretas dentro del ghetto y estableció contacto con los guerrilleros soviéticos de los bosques que rodeaban Kovno. En 1943, se creó la Organización Judía de Combate General (Yidishe Algemeyne Kamfs Organizatsye), compuesta por los principales grupos de resistencia del ghetto. Bajo la dirección de esta organización, unos 300 combatientes del ghetto se escaparon del ghetto de Kovno para unirse a los grupos partisanos. Cerca de 70 murieron en acción. El Consejo Judío de Kovno apoyó de forma activa las actividades clandestinas del ghetto. Es más, varios policías judíos del ghetto participaron en actividades de la resistencia. Los alemanes ejecutaron a 34 miembros de la policía judía por realizar tales actividades.

El ejército soviético liberó Kovno el 1 de agosto de 1944. De los pocos sobrevivientes judíos de Kovno, 500 habían sobrevivido en bosques o búnkers; los alemanes habían trasladado a otros 2.500 a campos de concentración en Alemania.