Cuando Alemania ocupó Dinamarca el 9 de abril de 1940, la población judía era de aproximadamente 7.500. Alrededor de 6.000 de estos judíos eran ciudadanos daneses y aproximadamente 1.500 eran refugiados. La mayoría de los judíos vivía en la capital del país, Copenhague.

Hasta 1943, la ocupación alemana de Dinamarca fue relativamente benigna. Los alemanes tenían interés en cultivar buenas relaciones con una población a la que consideraban "hermanos arios". Se le permitió al gobierno danés seguir gobernando el país, pero Alemania dominaba la política exterior danesa. En vista de la relativamente pequeña población judía y del rotundo apoyo que los daneses le daban a sus conciudadanos judíos, en un principio Alemania decidió no insistir demasiado en el "problema judío" en Dinamarca. De hecho, el representante del Ministerio de Asuntos Exteriores alemán en la Conferencia de Wannsee recomendó la exclusión de los países escandinavos de la "Solución Final" con la convicción de que el "problema judío" se resolvería allí una vez que se lograra la victoria general.

La situación cambió a principios de 1943. Las victorias de los Aliados convencieron a muchos daneses de que se podía derrotar a Alemania. Aunque había existido una mínima resistencia a los alemanes durante los primeros años de la ocupación, las huelgas laborales y los actos de sabotaje tensaron las relaciones con Alemania. El gobierno danés dimitió a fines de agosto de 1943 en lugar de rendirse a las nuevas exigencias alemanas. En la noche del 29 de agosto, el comandante militar alemán anunció un estado de emergencia. Fue en este momento en que los alemanes decidieron iniciar la deportación de los judíos de Dinamarca. Varias fuentes alemanas filtraron la idea del plan y los daneses no judíos alertaron a la comunidad judía.

La policía alemana comenzó los arrestos en la noche del 1 de octubre de 1943, pero encontró pocos judíos. La policía danesa se rehusó a cooperar. Las protestas populares rápidamente se hicieron notar desde diversos rincones como las iglesias, la familia real danesa y diversas organizaciones sociales y económicas. La resistencia danesa, con la ayuda de muchos ciudadanos daneses comunes, organizaron una operación de rescate parcialmente coordinada y parcialmente espontánea. En un principió ayudó a los judíos a trasladarse a escondites por todo el país y desde allí hacia la costa; los pescadores luego los transportaban en embarcaciones a un lugar neutral, Suecia. La operación de rescate se expandió hasta incluir la participación de la policía y el gobierno danés. Durante un período aproximado de un mes, unos 7.200 judíos y 700 de sus parientes no judíos viajaron hacia la seguridad de Suecia, que aceptaba a los refugiados daneses.

Los alemanes capturaron alrededor de 500 judíos en Dinamarca y los deportaron al ghetto de Theresienstadt. Los daneses exigían información sobre el paradero de sus ciudadanos y los funcionarios del gobierno danés los visitaron en el verano de 1944. También se les permitió a los prisioneros daneses recibir cartas y algunos paquetes. Los judíos daneses permanecieron en Theresienstadt hasta 1945. Cuando la guerra terminó, los alemanes los entregaron a la Cruz Roja de Suecia. El vigor de las protestas danesas probablemente haya impedido su deportación a los campos de exterminio en la Polonia ocupada por los alemanes. En total, murieron unos 100 judíos daneses durante el Holocausto, ya sea en campos nazis o durante su huida de Dinamarca. Esta cantidad relativamente pequeña representa uno de los índices de supervivencia judía más altos de cualquier país europeo.