El Holocausto nazi que devastó al pueblo judío europeo y prácticamente aniquiló su cultura milenaria también destruyó los grandes focos de población europea de judíos sefardíes (o judíos españoles) y llevó a sus tradiciones y dialectos únicos casi a su extinción. Las comunidades judías sefardíes de Francia y los Países Bajos en el noroeste hasta Yugoslavia y Grecia en el sureste casi desaparecieron.

En vísperas de la Segunda Guerra Mundial, la comunidad sefardí europea se concentraba en los países balcánicos de Grecia, Yugoslavia y Bulgaria. Sus principales centros eran Salónica, Sarajevo, Belgrado y Sofía. La experiencia de las comunidades judías balcánicas durante la guerra varió enormemente y dependió del tipo de régimen en que cayeron.

Las comunidades judías de Serbia y del norte de Grecia, entre ellos los 50.000 judíos de Salónica, cayeron bajo la ocupación alemana directa en abril de 1941 y soportaron todo el peso y la intensidad de las medidas represivas nazis desde la confiscación, la humillación y el trabajo forzado hasta la toma de rehenes, y finalmente la deportación a Auschwitz-Birkenau y el exterminio entre marzo y agosto de 1943.

La población judía del sur de Grecia cayó bajo la jurisdicción de los italianos que se abstuvieron de promulgar leyes contra los judíos y resistieron siempre que pudieron los esfuerzos alemanes por trasladarlos a Polonia, hasta que la rendición de Italia el 8 de septiembre de 1943 llevó a los judíos bajo el control alemán.

Los judíos sefardíes en Bosnia y Croacia fueron gobernados por un estado satélite católico fascista creado por los alemanes desde abril de 1941, que los sometió a acciones similares a los pogroms antes de arrearlos como ganado a campos locales donde fueron asesinados junto a serbios y romaníes (gitanos).

Los judíos de Macedonia y Tracia estaban controlados por fuerzas de ocupación búlgaras que después de dejarlos sin patria, los rodearon y entregaron a los alemanes para su deportación.

Por último, los judíos de Bulgaria propiamente dicha estaban bajo el dominio de un aliado nazi que los sometió a destructivas leyes antisemitas, pero que en última instancia sucumbió a la presión de los parlamentarios, clérigos e intelectuales de no deportarlos. Así se salvaron más de 50.000 judíos búlgaros.