Los años de 1939 a 1942 fueron testigos de una marcada expansión en el sistema de campos de concentración. En 1938, las autoridades de las SS habían comenzado a explotar el trabajo de los prisioneros de los campos de concentración para su beneficio económico. En septiembre de 1939, la guerra proporcionó una excusa conveniente para prohibir la liberación de los campos y para proporcionar a las SS una mano de obra fácilmente disponible.

Las autoridades de las SS crearon nuevos campos en las cercanías de las fábricas (por ejemplo, las fábricas de ladrillo de Neuengamme en 1940) o en yacimientos de extracción de materias primas (como la cantera de Mauthausen en 1938). Los materiales fabricados o extraídos por la mano de obra prisionera se vendían al Reich alemán a través de las empresas que pertenecían a las SS, como la Deutsche Erd- und Steinwerke.

A medida que Alemania iba avanzando en la conquista de Europa entre los años 1939 y 1941, las SS crearon varios campos de concentración nuevos en los que encerraba al creciente número de prisioneros políticos, grupos de resistencia y grupos considerados como razas inferiores, como los judíos y los romaníes (gitanos). Entre estos nuevos campos se encontraban: Gusen (1939), Neuengamme (1940), Gross-Rosen (1940), Auschwitz (1940), Natzweiler (1940), Stutthof (1942) y Majdanek (febrero de 1943). Entre 1939 y 1942, Stutthof sirvió como campo de formación para trabajos forzados de la Gestapo.

Tras el comienzo de la guerra, los campos de concentración también se convirtieron en lugares donde se llevaba a cabo la matanza de pequeños grupos que las autoridades nazis consideraban peligrosos por motivos políticos o raciales. Por ejemplo, varios cientos de judíos holandeses fueron detenidos en represalia por una huelga de tránsito que tuvo lugar en el invierno de 1941 en la que se protestaba contra la persecución de los judíos que los nazis llevaban a cabo en Holanda. En febrero de 1941 fueron enviados a Mauthausen, donde el personal de las SS los exterminó por completo dentro de unos pocos días. En el otoño de 1942 se puso en libertad a miles de "sospechosos de atentar contra la seguridad" que se encontraban en las cárceles alemanas, quienes fueron enviados a campos de concentración y, literalmente, trabajaron hasta morir a través de un programa denominado "Exterminio mediante el trabajo" (Vernichtung durch Arbeit). Finalmente, los miembros de los movimientos de resistencia nacional capturados eran enviados a los campos de concentración, donde los asesinaban tan pronto como llegaban.

Durante este período, en varios de los campos de concentración las autoridades alemanas construyeron cámaras de gas para matar a los prisioneros. Se construyeron cámaras de gas en Mauthausen, Sachsenhausen, Auschwitz I y otros campos. Posteriormente se construyó otra cámara de gas en Dachau, pero jamás se utilizó.