Tras la derrota del ejército alemán en diciembre de 1941 durante su intento de tomar Moscú y tras la entrada de los Estados Unidos en la Segunda Guerra Mundial el 11 de diciembre, las autoridades alemanas comprendieron que Alemania se enfrentaría a una larga guerra. En respuesta a la creciente escasez de mano de obra y a la necesidad de producir armamento, maquinaria, aviones y barcos que reemplazaran las pérdidas alemanas, se crearon más empresas de propiedad de las SS. Las SS también firmaron contratos con empresas públicas y privadas para producir mercancías y proporcionar mano de obra para la industria armamentística alemana y otras industrias relacionadas.

Un famoso ejemplo de cooperación entre las SS y la industria privada fue la creación, en 1942, de una planta de caucho sintético por parte de la empresa I.G. Farben en Auschwitz III (Monowitz). Cada vez se encerraba a más personas en los campos de concentración con el fin de garantizar la existencia de la cantidad necesaria de mano de obra, puesto que la brutalidad del régimen dentro de los campos hacía mermar el número de trabajadores disponibles. Las SS utilizaban las cámaras de gas y otros medios para "deshacerse" de los prisioneros que ya no podían trabajar.

Entre 1942 y 1944, se crearon cientos de subcampos para cada campo de concentración. Los subcampos se encontraban dentro de las fábricas y de los lugares de extracción de materia prima o en las cercanías. Por ejemplo, Wiener Neudorf, un subcampo de Mauthausen creado en 1943, se encontraba cerca de una fábrica de aviones al este de Viena (Austria); Sosnowitz se creó en las cercanías de una mina de carbón como subcampo de Auschwitz III/Monowitz; los prisioneros de Dora-Mittelbau trabajaban bajo condiciones brutales en fábricas subterráneas para la fabricación de cohetes. Las autoridades centrales de las SS intentaron que los comandantes de los campos centraran sus esfuerzos en mantener vivos a los prisioneros, aunque más no fuera para fines del esfuerzo de guerra alemán. Sin embargo, pocos comandantes se tomaron en serio estas instrucciones y ninguno se preocupó por cambiar la cultura de muerte de los campos.

Durante el último año de la guerra, a medida que los alemanes se retiraron hacia el Reich, los prisioneros de los campos de concentración (judíos y no judíos) sufrieron pérdidas catastróficas debido al hambre, el clima, las enfermedades y los malos tratos. Las SS evacuaban además a los prisioneros de los campos de concentración a medida que el frente se acercaba porque los nazis no querían que los presos fueran puestos en libertad. Bajo la vigilancia de las SS, los prisioneros debían marchar a pie bajo el muy duro invierno, sin alimentos, protección o ropa adecuada. Los guardas de las SS tenían orden de disparar a aquellos que no pudieran mantener el paso. Otros prisioneros eran evacuados, en pleno invierno, en vagones de carga descubiertos.

Durante este período, los campos de concentración también eran lugares donde los prisioneros, en contra de su voluntad, eran objeto de horrendos y pervertidos experimentos médicos que a menudo tenían resultados letales. En Dachau, por ejemplo, los científicos alemanes experimentaron con prisioneros para determinar el tiempo que el personal de las Fueras Aéreas alemanas podría sobrevivir con una presión de aire reducida o en agua congelada. En Sachsenhausen, se llevaron a cabo varios experimentos con prisioneros para encontrar vacunas contra enfermedades contagiosas mortales. En Auschwitz III, Josef Mengele, doctor de las SS, realizó experimentos con gemelos para buscar formas de aumentar la población alemana criando familias que tendrían gemelos. Estos experimentos eran criminales y letales; en su mayor parte, también se basaban en una ciencia falsa y en fantasías racistas.

Entre 1944 y 1945, los ejércitos de los Aliados liberaron los campos de concentración. Trágicamente, las muertes en los campos continuaron durante varias semanas tras la liberación. Algunos prisioneros ya estaban demasiado débiles como para sobrevivir.

Según los informes de las SS, en enero de 1945 quedaban más de 700.000 prisioneros en los campos. Se estima que aproximadamente la mitad de las muertes que ocurrieron en los campos de concentración entre 1933 y 1945 tuvieron lugar durante el último año de la guerra.