Les Einsatzgruppen (unités mobiles d'extermination) étaient des escadrons allemands, en service spécial, composés principalement de SS et de policiers. Les commandants et les officiers étaient également membres de la police de sûreté et des services de sécurité. Ces unités étaient directement subordonnées à l'Office central de la sécurité du Reich (Reichssicherheitshauptamt ou RSHA) à Berlin et devaient opérer à l'échelle régionale, en coordination avec les hauts dirigeants de la police et de la SS. Ayant reçu l'ordre de suivre l'armée allemande en Union soviétique, les Einsatzgruppen dépendaient de l'armée en matière d'approvisionnement et de soutien logistique.

Conformément au projet allemand de mener une guerre idéologique d'anéantissement en Union soviétique, le chef du RSHA, Reinhard Heydrich, ordonna aux commandants des Einsatzgruppen de liquider systématiquement les civils de l'arrière perçus comme “ennemis” de l'Allemagne nazie. Les Juifs, les Tsiganes (Roms), les commissaires politiques soviétiques, les fonctionnaires du parti communiste soviétique et de l'appareil d'État, ainsi que tous ceux qui étaient considérés comme “racialement” dangereux faisaient partie des groupes voués à l'exécution systématique.

Au fur et à mesure que l'armée allemande avançait en territoire soviétique, les Einsatzgruppen suivaient les troupes et perpétraient leurs assassinats en masse. Epaulés par des auxiliaires de police recrutés localement, ainsi que par d'autres unités de la SS et de la police allemandes, les membres des Einsatzgruppen exécutèrent au début principalement des hommes juifs. A la fin du mois de juillet 1941, après le déploiement d'unités plus importantes de SS et de policiers dans l'Union soviétique occupée, les Einsatzgruppen, commencèrent à exterminer des communautés juives entières, hommes, femmes et enfants confondus.

Quatre Einsatzgruppen, chacun de la taille d'un bataillon, et plusieurs bataillons de police furent déployés dans l'Union soviétique occupée. L'Einsatzgruppe A sévit de la Prusse-Orientale à Leningrad en passant par la Lituanie, la Lettonie et l'Estonie. Ses membres massacrèrent des Juifs à Kaunas, Riga et Vilnius. L'Einsatzgruppe B couvrait une zone qui commençait à Varsovie, en Pologne occupée, et traversait la Biélorussie jusqu'à Smolensk. Ses membres assassinèrent des Juifs, entre autres, à Grodno, Minsk, Brest-Litovsk, Slonim, Gomel et Moguilev. L'Einsatzgruppe C mena ses opérations dans une région allant de Cracovie à Kiev et Donetsk, en Ukraine. Il massacra à Lvov, Ternopol, Zolochev, Kremenets, Kharkov et Kiev. L'Einsatzgruppe D sévit dans le sud de l'Ukraine, et perpétra des tueries dans les villes de Nikolaïev, Kherson, Simferopol, Sébastopol et Feodosiya.

Au printemps 1943, les Einsatzgruppen ainsi que les autres unités de la police et de la SS avaient assassiné plus d'un million de Juifs et plusieurs milliers de responsables politiques soviétiques, de Tsiganes et de handicapés.

L'un des plus importants massacres perpétrés par les Einsatzgruppen, avec l'aide de la SS et de la police, fut celui du 29 et 30 septembre 1941 à Babi Yar, au cours duquel 34 000 Juifs furent exterminés dans un ravin situé au nord-ouest de Kiev. Une autre opération de masse fut le massacre de plus de 25 000 Juifs lettons du ghetto de Riga, les 29 et 30 novembre 1941 et les 8 et 9 décembre 1941.

En 1943, alors que les Allemands commençaient à battre en retraite, des unités spéciales de la SS et de la police, dont le sous-détachement 1005 (Teilkommando) placé sous le commandement de l'officier SS Paul Blobel, tentèrent de détruire les traces des fusillades en masse et des meurtres par camions à gaz perpétrés sur le territoire soviétique occupé. Des petits groupes de Juifs furent contraints d'exhumer les corps des fosses communes pour les incinérer. Une fois ces tâches macabres terminées, les groupes étaient abattus par les Allemands. Les autres groupes étaient contraints d'incinérer les corps du groupe abattu précédemment. Les Allemands continuèrent à supprimer les preuves des assassinats en masse, tandis que l'armée soviétique libérait l'Ukraine et la Biélorussie en 1943 et 1944.