Ελλάδα
Στις 28 Οκτωβρίου του 1940, η φασιστική Ιταλία εισέβαλε στην Ελλάδα από τις βάσεις της στην Αλβανία, την οποία η Ιταλία είχε καταλάβει και προσαρτήσει τον Απρίλιο του 1939. Εντός ημερών όμως ο ελληνικός στρατός απώθησε τους Ιταλούς πίσω από τα αλβανικά βουνά, όπου και η διαμάχη έφτασε σε αδιέξοδο. Για να εξασφαλίσει τα Βαλκάνια εν όψει της επίθεσης κατά της Σοβιετικής Ένωσης, που προγραμματίστηκε για τις 22 Ιουνίου 1941, ο Χίτλερ διέταξε την εισβολή στη Γιουγκοσλαβία και την Ελλάδα. Στις 6 Απριλίου 1941, οι Γερμανοί και οι Ιταλοί, με την υποστήριξη βουλγαρικών και ουγγρικών μονάδων, επιτέθηκαν. Η γιουγκοσλαβική κυβέρνηση κατέφυγε στο Λονδίνο και η ηγεσία των ενόπλων δυνάμεων παραδόθηκε στις 17 Απριλίου. Μέχρι τις 28 Απριλίου, τα στρατεύματα του Άξονα κατάφεραν να κατακτήσουν το μεγαλύτερο μέρος της ελληνικής ηπειρωτικής χώρας, αλλά η ελληνική αντίσταση στα νησιά συνεχίστηκε μέχρι τον Ιούνιο.
Μετά την παράδοση της Ελλάδας, η Γερμανία, η Ιταλία και η Βουλγαρία διαίρεσαν τη χώρα σε ζώνες κατοχής. Η Γερμανία κατέλαβε τη δυτική Μακεδονία (συμπεριλαμβανομένης της Θεσσαλονίκης), την ανατολική Θράκη κατά μήκος των ελληνοτουρκικών συνόρων, τα περίχωρα της Αθήνας, τη δυτική Κρήτη και τα ελληνικά νησιά στο Βόρειο Αιγαίο κοντά στην Τουρκία. Η Βουλγαρία κατέλαβε τη δυτική Θράκη. Η Ιταλία πήρε το υπόλοιπο της ηπειρωτικής Ελλάδας, την ανατολική Κρήτη και τα ελληνικά νησιά στο νότιο Αιγαίο, την ανατολική Μεσόγειο, το Ιόνιο και την Αδριατική θάλασσα. Η Γερμανία και η Ιταλία κατέλαβαν από κοινού την Αθήνα, την ελληνική πρωτεύουσα.
Την εποχή της κατοχής του Άξονα το 1941, περίπου 72.000 Εβραίοι ζούσαν στην Ελλάδα. Οι διαφορετικές προτεραιότητες της Γερμανίας, της Ιταλίας και της Βουλγαρίας σε σχέση με τους Εβραίους καθόρισαν τη μοίρα τους.
Τα ελληνικά εδάφη στην ιταλική ζώνη κατοχής
Παρά τη συμμαχία της Ιταλίας με τη Γερμανία, οι Ιταλοί αξιωματικοί της στρατιωτικής κατοχής αγνοούσαν γενικά τις διαταγές της Γερμανίας να εφαρμόσουν το σχέδιο για τη μαζική δολοφονία των Εβραίων και μάλιστα προστάτεψαν τους Εβραίους. Χιλιάδες Εβραίοι που κατοικούσαν στα κατεχόμενα από τη Γερμανία εδάφη κατέφυγαν στη σχετική ασφάλεια της ιταλικής ζώνης κατοχής. Μόνο μετά την παράδοση της Ιταλίας στους Συμμάχους στις 8 Σεπτεμβρίου 1943, οι Γερμανοί πήραν τον έλεγχο στις ιταλικές ζώνες κατοχής στην Ελλάδα και εφάρμοσαν την "Τελική Λύση" σε όλη την Ελλάδα.
Τα ελληνικά εδάφη στη γερμανική ζώνη κατοχής
Η μεγαλύτερη προπολεμική ελληνική εβραϊκή κοινότητα ήταν στη Θεσσαλονίκη, που βρισκόταν στη βόρεια Ελλάδα και αργότερα στη γερμανική ζώνη κατοχής. Όταν η Θεσσαλονίκη περιήλθε στη γερμανική κατοχή, περίπου 43.000 Εβραίοι κατοικούσαν στην πόλη. Τον Ιούλιο του 1942, οι γερμανικές στρατιωτικές αρχές επιστράτεψαν 2.000 άρρενες Εβραίους σε καταναγκαστικά έργα στη Θεσσαλονίκη. Τον Φεβρουάριο του 1943, οι Γερμανοί συγκέντρωσαν τους Εβραίους της Θεσσαλονίκης σε δύο περιφραγμένες όπως στα γκέτο περιοχές της πόλης. Ανάμεσα στις 20 Μαρτίου και τις 19 Αυγούστου, Γερμανοί αξιωματούχοι απέλασαν περισσότερους από 40.000 Εβραίους από τη Θεσσαλονίκη στο κέντρο εξόντωσης Άουσβιτς-Μπίρκεναου. Στο Μπίρκεναου, οι SS δολοφόνησαν ουσιαστικά όλους τους Εβραίους της Θεσσαλονίκης αμέσως μετά την άφιξη τους.
Βαλκανικά εδάφη στη βουλγαρική ζώνη κατοχής
Η Βουλγαρία κατέλαβε τη Δυτική Θράκη το 1941 με την ελπίδα να προσαρτήσει τελικά την περιοχή. Τον Μάρτιο του 1943, σύμφωνα με τις γερμανικές εντολές, οι βουλγαρικές μονάδες του στρατού και της χωροφυλακής εκτόπισαν περίπου 4.200 Εβραίους από τη Θράκη σε σημεία συγκέντρωσης στο Radomir, Dupnitsa και Gorna Dzhumaya. Οι βουλγαρικές αρχές παρέδωσαν μετά τους Εβραίους της Θράκης στους Γερμανούς, οι οποίοι τους απέλασαν στο κέντρο εξόντωσης Τρεμπλίνκα της Πολωνίας όπου το γερμανικό επιτελείο και οι επικουρικοί δεσμοφύλακες τους δολοφόνησαν.
Η γερμανική κατοχή της ηπειρωτικής Ελλάδας
Μετά την παράδοση της Ιταλίας στις Συμμαχικές δυνάμεις στις 8 Σεπτεμβρίου 1943, η Γερμανία κατέλαβε ολόκληρη την Ελλάδα. Κατά τη διάρκεια του 1944, οι γερμανικές μονάδες στρατού και ναυτικού συγκέντρωσαν τους Εβραίους που κατοικούσαν στην πρώην ιταλική ζώνη κατοχής στην Ελλάδα σε σημεία συγκέντρωσης. Στη συνέχεια, οι Γερμανοί αξιωματούχοι τους απέλασαν στο Άουσβιτς-Μπίρκεναου: 800 Εβραίοι από την Αθήνα, σχεδόν 2.000 από την Κέρκυρα και σχεδόν 2.000 από τη Ρόδο. Οι SS δολοφόνησαν τη συντριπτική πλειοψηφία των Εβραίων σε αυτές τις μεταφορές κατά την άφιξη τους.
Η απόφαση της Ρουμανίας να αλλάξει πλευρά και να ενταχθεί στις συμμαχικές δυνάμεις στις 23 Αυγούστου 1944 και η σοβιετική κατοχή της Βουλγαρίας στις αρχές Σεπτεμβρίου κατέστησε ανέφικτη τη γερμανική στρατιωτική θέση στην Ελλάδα. Η ανώτατη διοίκηση του Γερμανικού Στρατού διέταξε την εκκένωση της Ελλάδας μέσω της Γιουγκοσλαβίας. Μέχρι αυτή την περίοδο, σχεδόν 60.000 Έλληνες Εβραίοι είχαν πεθάνει στο Ολοκαύτωμα. Χιλιάδες επιβίωσαν είτε βρίσκοντας καταφύγιο σε σπίτια φίλων είτε προσχωρώντας στην αντίσταση .