Después de que los alemanes conquistaron Bélgica en mayo de 1940, las autoridades gubernamentales belgas huyeron a Gran Bretaña, y en Londres, formaron un gobierno en el exilio. Durante la ocupación alemana, el rey Leopoldo III permaneció en el país bajo arresto domiciliario. La administración militar alemana debió convivir con la administración pública belga.

Inmediatamente después de la ocupación de Bélgica, los alemanes establecieron leyes y ordenanzas antisemitas. Restringieron los derechos civiles de los judíos, confiscaron sus propiedades y empresas, les prohibieron el ejercicio de ciertas profesiones y, en 1942, les exigieron el uso de una estrella de David de color amarillo. También arrestaron a los judíos belgas para que realizaran trabajos forzados. Trabajaban principalmente en la construcción de fortificaciones militares en el norte de Francia, y también en otras obras de construcción, fábricas de ropa y de armas, y canteras de piedra en Bélgica.

La administración alemana fue responsable de la deportación de los judíos en Bélgica. Allí vivieron durante la ocupación alemana entre 65.000 y 70.000 judíos, principalmente en Amberes y Bruselas. La abrumadora mayoría de ellos eran judíos extranjeros y sin patria, y casi todos oriundos de Polonia. Habían hallado refugio en Bélgica después de la Primera Guerra Mundial. En el verano de 1940, algunos judíos y refugiados políticos alemanes fueron deportados desde Bélgica a Gurs y a Saint Cyprien, campos de reclusión del sur de Francia.

En Bélgica, hubo gran apoyo para la resistencia a la ocupación alemana. Más de 25.000 judíos se escondieron de las autoridades alemanas a fin de evitar la deportación. La administración pública belga se negó a colaborar en las deportaciones. Como la mayoría de los judíos de Bélgica eran inmigrantes, por lo general desconfiaban de los llamamientos oficiales y era menos probable que informaran a las autoridades sobre su paradero. A las deportaciones las realizaba la policía militar alemana. Entre 1942 y 1944, los alemanes deportaron cerca de 25.000 judíos desde Bélgica al campo de exterminio de Auschwitz. La mayoría de ellos allí fueron asesinados. Los campos de Breendonk y Mechelen eran centros donde se reunía a los judíos para deportarlos. Menos de 2.000 deportados sobrevivieron al Holocausto.

Las fuerzas aliadas liberaron a Bélgica en septiembre de 1944.