En mai 1940, après la conquête de la Belgique par les Allemands, le gouvernement belge s'enfuit à Londres où il forma un gouvernement en exil. Pendant toute l'occupation allemande, le roi Léopold III resta en résidence surveillée en Belgique. Une administration militaire allemande coexista avec l'administration civile belge.

Dès le début de l'occupation de la Belgique, les Allemands mirent en place une législation anti-juive. Les droits civils des Juifs furent limités, leurs biens et leurs entreprises confisqués, certaines professions leur furent interdites, et en mai 1942, ils durent porter l'étoile jaune. Les Juifs belges furent aussi raflés pour le travail forcé. Ils travaillèrent surtout à l'édification de fortifications militaires dans le nord de la France mais également sur des chantiers de construction, dans des usines d'habillement et d'armement et dans des carrières de pierre en Belgique.

L'administration allemande fut responsable de la déportation des Juifs de Belgique. Sous l'occupation allemande, entre 65 000 et 70 000 Juifs vivaient en Belgique, principalement à Anvers et à Bruxelles. Ils étaient dans leur immense majorité étrangers ou apatrides, venant de Pologne pour la plupart. Ils avaient trouvé refuge en Belgique après la Première Guerre mondiale. A l'été 1940, certains Juifs allemands et réfugiés politiques furent déportés de Belgique à Gurs et à Saint Cyprien, des camps d'internement dans le sud de la France.

En Belgique, la résistance à l'occupation allemande bénéficia d'un soutien considérable. Plus de 25 000 Juifs évitèrent la déportation en se cachant des autorités allemandes. L'administration civile belge refusa de coopérer aux déportations. Les Juifs de Belgique, qui étaient pour la plupart des immigrés, avaient tendance à se méfier des appels officiels et étaient plus réticents à se signaler aux autorités. Les déportations furent conduites par la police militaire allemande. Entre 1942 et 1944, les Allemands déportèrent près de 25 000 Juifs de Belgique vers le camp de mise à mort d'Auschwitz. La plupart y furent assassinés. Les camps de Breendonk et surtout celui de Malines (Mechelen) servirent de centres de regroupement pour les déportations. Moins de 2 000 déportés survécurent à la Shoah.

Les forces alliées libérèrent la Belgique en septembre 1944.