كان أفراد القوات الخاصة (SS), حراس النخبة للنظام النازي, متورطين بشكل أساسي في خطة "الحل النهائي", وهي الخطة التي وضعت للقضاء على يهود أوروبا قتلاً. فقد أسس رئيس القوات الخاصة (SS), هنريش هيملر, وتابعوه, رينهارد هايدريتش وكيرت داليوج وآخرون, دولة البوليس والقوات الخاصة (SS) تحت رئاسة أدولف هتلر وتزعموا جهود تنفيذ البرنامج الأيديولوجي الخاص بالنظام. وباقتراب النهاية، ارتكبت القوات الخاصة (SS) عددًا لا يحصى من عمليات القتل الجماعي. ووجه قادة القوات الخاصة (SS) والبوليس وحدات القتل المتنقلة في عمليات القتل النظامية بلا رحمة للرجال والنساء والأطفال من اليهود رميًا بالرصاص في مسارح القتل بالاتحاد السوفيتي المحتل. وفي بولندا المحتلة, أسست القوات الخاصة (SS) مراكز قتل مجهزة بغرف غاز لتسهيل القتل الجماعي بخطوط التجميع.

لكن لم يكن من الممكن تنفيذ عمليات القتل على ذلك النطاق الهائل بواسطة القوات الخاصة (SS) فحسب. فقد تطلب تنفيذ خطة "الحل النهائي" تعاونًا ومشاركةً من الحكومات العسكرية والهيئات المدنية الألمانية في الأراضي المحتلة. كما تطلبت عمليات الترحيل الجماعي تعاون أدولف إيشمان من المكتب الرئيسي لأمن الرايخ مع ألبرت جانزنميللر من خطوط السكك الحديدية الألمانية ويواخيم فون ريبنتروب من مكتب الخارجية الألمانية. كما زودت القوات المسلحة الألمانية وحدات القتل المتنقلة بالمواصلات والإمدادات, وشاركت أيضًا في القتل الجماعي لليهود والمواطنين السوفيتيين الآخرين خاصة أسرى الحرب السوفيتيين. وقد تم استخدام بنك الرايخ, البنك المركزي الألماني، الذي كان يرؤسه فاتلر فانك، كمكان لإيداع العملات المسروقة والذهب وساعد في تمويل عمليات القتل المنفذة من قِبل القوات الخاصة (SS). وقد نفذ الأطباء الألمان وغيرهم من مسئولي الرعاية الصحية برنامج "القتل الرحيم" المدعم من قِبل النظام النازي من خلال قتل عشرات الآلاف من الأشخاص ذوي الإعاقة العقلية والجسدية. كما قام أطباء آخرون بإجراء تجارب طبية غير أخلاقية ووحشية, وكانوا يقررون من خلال عمليات "الانتقاء" بمراكز القتل أي السجناء سيعيش وأيهم سيموت. وقد استغلت المؤسسات الصناعية الألمانية الخاصة، مثل آي. جي. فاربين وكروب، العمال من المستعبدين. وكان أحد فروع شركة آي. جي. فاربين يقوم بتوفير غاز زيكلون ب المستخدم في القتل بغرف الغاز.