A náci rezsim elit védelmi alakulatát képező SS tagjai kulcsszereplők voltak a „végső megoldás”, azaz az európai zsidók kiirtási tervének kivitelezésében. A szervezet létrehozása - a rendőrállaméval együtt - Heinrich Himmler és alárendeltjei, többek között Reinhard Heydrich és Kurt Daluege nevéhez fűződik, akik Adolf Hitler idején a rendszer ideológiai programjának megvalósítását tűzték ki célul, s az események végkifejletéhez közeledve sorozatban rendelték el a tömeggyilkosságokat. Az elfoglalt szovjet területeken az SS és a rendőrség parancsnokai az Einsatzgruppen elnevezésű mozgó kivégzőegységek segítségével hajtották végre a zsidó férfiak, asszonyok és gyermekek könyörtelen és szisztematikus legyilkolását, míg Lengyelországban gázkamrákkal felszerelt központokat létesítettek az öldöklés automatizálásához.

A gyilkolás ilyen kolosszális mértékét azonban az SS nem tudta volna önmagában megvalósítani: a „végső megoldás” kivitelezéséhez a katonai igazgatás és a német polgári hatóságok együttműködése és részvétele is szükséges volt a megszállt területeken. A tömeges deportálási műveletekben például a Birodalmi Biztonsági Főhivatalt vezető Adolf Eichmann, a Német Birodalmi Vasút igazgatója, Albert Ganzenmueller, és a Német Külügyi Hivatal feje, Joachim von Ribbentrop is közreműködött. Szállítóeszközökkel és egyéb felszereléssel az akkori német hadsereg, a Wehrmacht látta el a mozgó kivégzőosztagokat, sőt ezenfelül tevőlegesen is részt vett a zsidók és más szovjet civilek – különösen a szovjet hadifoglyok – tömeges kivégzésében. A Walther Funk által vezetett, s a német központi bank szerepét betöltő Reichsbank az elrabolt pénzek és aranyak letéti bankjaként az SS gyilkosságainak finanszírozásában segített. Német orvosok és más egészségügyi dolgozók a nácik által irányított „Eutanázia" programot hajtották végre, több tízezer szellemi vagy testi fogyatékos embert küldve a halálba. Míg a haláltáborokban dolgozó kollégáik etikátlan és kegyetlen orvosi kísérleteket végeztek, és a haláltáborokban folyó szelekciók során eldöntötték, melyik fogoly maradhat életben, és melyiknek kell meghalnia. De nem maradtak ki a végrehajtásból a nagyipari magánvállalkozások sem: az I.G. Farben vegyi művek és a Krupp járműgyár például rabokkal dolgoztatott, az előbbi egyik leányvállalata pedig a gázkamrákban alkalmazott ciklon-B gázt állította elő.