De 1918 à 1940, Riga fut la capitale de la Lettonie indépendante. Avant la Seconde Guerre mondiale, environ 43 000 Juifs y vivaient, soit un peu plus de 10% de la population. La communauté, dotée d’un réseau bien organisé d’écoles hébraïques et yiddish, avait développé une intense vie culturelle. Les Juifs de Riga participaient pleinement à la vie quotidienne, et siégeaient même au conseil municipal. En août 1940, l’Union soviétique annexa la Lettonie et Riga devint la capitale de la République socialiste soviétique lettonne. Les forces allemandes l'occupèrent dès le 1er juillet 1941, faisant d'elle la capitale du commissariat du Reich de l’Ostland, administration civile allemande.

Peu après l'entrée de l'armée allemande dans la ville, les Einsatzgruppen (unités mobiles d'extermination) et leurs auxiliaires lettons fusillèrent plusieurs milliers de Juifs. À la mi-août, les Allemands ordonnèrent la création d’un ghetto dans le quartier sud-est de la ville. Muré en octobre 1941, il emprisonnait 30 000 Juifs. Fin novembre et début décembre, les Allemands annoncèrent leur intention d’installer la majorité des habitants du ghetto « plus à l’est ». Le 30 novembre et les 8 et 9 décembre, au moins 26 000 Juifs de Riga furent abattus par les brigades d'extermination dans la forêt de Rumbula, située à huit kilomètres au sud-est de Riga, le long de la voie ferrée Riga-Dvinsk et de la route Riga-Salaspils.

Les 4 à 5 000 Juifs survivants furent incarcérés dans un quartier du ghetto dénommé le « petit » ghetto ou le ghetto « letton ». Les Allemands déportèrent également à Riga 20 000 Juifs d’Allemagne, d’Autriche et du protectorat de Bohême-Moravie. Ce secteur regroupant les Juifs étrangers s'appelait le « grand » ghetto ou ghetto « allemand » et était complètement séparé du précédent. Un convoi d’un millier de Juifs du Reich allemand subit le même sort que les Juifs de Riga assassinés. La plupart des autres Juifs allemands déportés à Riga allaient eux aussi être tués dans la forêt de Rumbula.

Plusieurs centaines de Juifs du ghetto de Riga organisèrent une résistance contre les Allemands. De petits groupes tentèrent de s’évader pour rejoindre les partisans dans les forêts voisines. En octobre 1942, la police allemande découvrit un petit groupe de résistants à l’extérieur du ghetto. En représailles, les Allemands fusillèrent plus de 100 personnes ; ils s'en prirent ensuite aux policiers juifs, suspectés d’avoir participé à des activités de résistance aussi. Presque tous furent exécutés.

Au cours de l’été 1943, les Allemands déportèrent des habitants du ghetto dans le camp de concentration de Kaiserwald, mis en place en mars au nord de la ville. D’autres furent emmenés dans ses sous-camps. En décembre, le ghetto fut détruit et les derniers Juifs qui y vivaient furent déportés à Kaiserwald. Les survivants de Riga, de Liepaja et de Dvinsk y furent emmenés aussi.

En 1944, les Allemands voulurent détruire les preuves des meurtres de masse et forcèrent les prisonniers à rouvrir les fosses communes de Rumbula pour brûler les corps qui s'y trouvaient. Une fois le travail achevé, les prisonniers furent assassinés. Durant l’été 1944, les Allemands exterminèrent des milliers de Juifs alors détenus à Kaiserwald et ses sous-camps. Ceux encore en vie furent par la suite déportés au camp de concentration de Stutthof, en Allemagne.

Le 13 octobre 1944, l’armée soviétique libéra Riga. Presque tous les Juifs de la ville avaient été assassinés par les nazis.