Quand les Allemands occupèrent le centre et le nord de l'Italie au début de septembre 1943, Rome comptait environ 12 000 Juifs. Ceux-ci faisaient désormais partie de la « solution finale ».

Le commandant de la Police de sûreté allemande (Sipo) et des Services de sécurité (SD) à Rome exigea des Juifs qui y vivaient une rançon d'environ 50 kilos d'or en contrepartie de leur sécurité, qu'ils payèrent en septembre 1943. Malgré cela, les Allemands continuèrent à planifier leur déportation. Ils confisquèrent le registre des Juifs de Rome, que la communauté conservait dans la Grande Synagogue de la ville, et les déportations commencèrent le 16 octobre. Où qu'ils se trouvent, les Juifs étaient capturés et emmenés au collège militaire, dans le centre de la ville. Quelques jours plus tard, les SS déportèrent plus de 1 000 Juifs vers le centre de mise à mort d'Auschwitz-Birkenau. D'autres rafles leur permirent d'arrêter et d'y emmener environ 800 Juifs romains. Il n'y eut pratiquement aucun survivant.

Parce que la police italienne ne participait pas aux arrestations et que la plupart des Italiens s'opposaient aux déportations, de nombreux Juifs purent se cacher. Pour chaque Juif pris à Rome par les Allemands, au moins dix autres réussirent à s'échapper, souvent au Vatican. Situé au cœur de la ville, l'État souverain était neutre et gouverné par Pie XII, pape de l'Église catholique romaine. Celui-ci, cependant, ne condamna pas publiquement la politique allemande envers les Juifs. D'autres institutions catholiques à Rome leur vinrent en aide et leur offrirent l'asile.

L'occupation allemande de Rome dura neuf mois. Si 1 800 Juifs en furent déportés, plus de 10 000 survécurent, la plupart cachés. Les forces américaines libérèrent la ville le 4 juin 1944 et les Juifs participèrent à la cérémonie qui se déroula à la Grande Synagogue.