جنگ جهانی دوم، دستاویز و پوششی را برای اجرای برنامه‌های جدید کشتار "عناصر نامطلوب" که باری سنگین بر دوش منابع ملی محسوب می‌شدند- به وجود آورد. نازی‌ها با استفاده از استدلال‌های بعضی از پزشکان و حقوقدانان در دهه‌ی ۱۹۲۰، کشتن افراد را تحت عنوان "قتل ترحمی" (آتانازی) توجیه کردند و از این طریق، به جلب حمایت صدها مدیر تیمارستان، پزشک اطفال، روانپزشک، پزشک خانواده و پرستار پرداختند. بسیاری از کسانی که پیش از این "آتانازی" را به عنوان یک اقدام بهسازی نژادی رد کرده بودند، از کشتار، "برای مصلحت سرزمین پدری" پشتیبانی کردند.

نخستین قربانیان، نوزادان و کودکان آلمانی بودند. وزارت کشور حکومت رایش، به پزشکان و ماماها دستور داد تا نام تمام کودکانی را که با نقص عضو شدید به دنیا می‌آمدند، ثبت کنند. سه پزشک متخصص، این موارد را بررسی می‌کردند و معمولاً بدون دیدن قربانیان احتمالی، افرادی را که باید کشته می‌شدند، انتخاب می کردند. مقامات، با ارائه‌ی دلایل جعلی و نادرست برای مرگ کودکان، خانواده‌های آنان را فریب می‌دادند. از سال ۱۹۳۹ تا ۱۹۴۵، بیش از ۵۰۰۰ دختر و پسر در ۳۰ بخش ویژه‌ی کودکان در کلینیک‌ها و بیمارستان‌های دولتی کشته شدند.

کشتار گروهی با استفاده از گاز: عملیات تی-۴

مراکز

در اکتبر ۱۹۳۹، پس از اینکه هیتلر «کشتن از سر ترحم» را برای بیمارانی که "علاج ناپذیر" بودند مجاز دانست، این برنامه نه تنها کودکان بلکه، کشتار بزرگسالان را نیز در برگرفت. هدف از عملیات تی-۴ (T-4)، که نام آن از نشانی ستاد این برنامه‌ی مخفی در برلن، خیابان تیرگارتن اشتراسه، شماره ۴ (Tiergartenstrasse 4) گرفته شده بود، اغلب کشتن بیماران بزرگسالی بود که در مؤسسات خصوصی، دولتی یا تحت نظارت کلیسا نگهداری می‌شدند. افرادی که بی‌فایده تشخیص داده می‌شدند، بسیار آسیب پذیرتر بودند. از ژانویه ۱۹۴۰ تا اوت ۱۹۴۱، بیش از ۷۰،۰۰۰ زن و مرد، به یکی از شش تسهیلات واقع در آلمان و اتریش که دارای کارکنان ویژه بود، منتقل شدند و در اتاق‌های گازی که به صورت دوش حمام ساخته شده بود، از طریق مسمومیت با گاز مونوکسید کربن به قتل رسیدند. با افزایش آگاهی مردم از این کشتار و آشوب آنان، هیتلر مجبور شد که این برنامه را متوقف کند. اما آتانازی (مرگیاری) به اشکال دیگر، از نو آغاز شد و این بار در بیمارستان‌ها و آسایشگاه‌های روانی سراسر کشور، بیماران را از طریق گرسنگی و مصرف بیش از حد دارو  به قتل رساندند. از سال ۱۹۳۹ تا ۱۹۴۵، تقریباً ۲۵۰،۰۰۰ نفر، از طریق برنامه‌های متفاوت آتانازی، به قتل رسیدند.

بهداشت نژادی در لهستان اشغالی

درحالیکه انواع برنامه‌های آتانازی، در رایش آلمان به طور مخفیانه اجرا می‌شد، در لهستان اشغالی، اعضای اس‌اس، به رهبری هاینریش هیملر، افرادی را که از نظر بیولوژیکی خطرناک تشخیص داده می‌شدند، مرعوب یا نابود می‌کردند. هیملر که از سوی هیتلر مسئول نظارت بر بازسازی اساسی لهستان به لحاظ نژادی شده بود، تلاش می‌کرد که ملت لهستان را به کارگران یدی آماده به خدمت "اربابان" آلمانی تنزل دهد. نقشه‌های نازی‌ها از این قرار بود:

  • حذف رهبران سیاسی و فکری لهستان از طریق اعدام گروهی و یا زندانی کردن آنان؛
  • تبعید لهستانی‌ها، یهودیان و کولی‌ها به خارج از نواحی ضمیمه شده به رایش؛مستعمره سازی توسط آلمانی‌های تازه اسکان یافته؛
  •  و "آلمانی کردن" لهستانی‌هایی که به لحاظ نژادی "با ارزش" به شمار می‌رفتند. صدها متخصص تعلیم یافته در زمینه‌ی بهداشت نژادی، بررسی "سلامت" ژنتیکی و نژادی دهها هزار نفر را به عهده گرفتند.

آلمانی‌ها، لهستانی‌ها و سایر یهودیان کشورهای شرقی را خوار و "مادون انسان" قلمداد می‌کردند. از پاییز سال ۱۹۳۹ تا تابستان ۱۹۴۱، نازی‌ها حدود دو میلیون یهودی را در شهرها جمع کردند و سپس آنها را در بخش‌های مجزا یا محله‌های یهودی نشین از سایرین جدا نمودند. بخشی از فشارهایی که برای ایجاد محله‌های یهودی‌نشین در ورشو و سایر شهرها اعمال می‌شد، از سوی مقامات بهداشت عمومی آلمان ابلاغ می‌گشت که به دروغ گسترش تیفوس و سایر بیماری‌ها را به یهودیان نسبت می‌دادند.

کشتار گروهی یهودیان با استفاده از گاز

ایستگاه قطار در نزدیکی کشتارگاه تربلینکا

بهداشت نژادی نازی‌ها، تقریباً به نابودی یهودیان اروپا منجر شد. "راه‌حل نهایی معضل یهودیان" زمانی آغاز شد که جوخه‌های ویژه‌ی اس‌اس و پلیس، به دنبال نیروهای آلمان وارد اتحاد جماهیر شوروی شدند و بیش از یک میلیون یهودی را در فضای باز تیرباران کردند. اما فشار روانی حاصل از تیرباران مردان، زنان و کودکان؛ فرمانده‌ی نیروهای اس‌اس- هاینریش هیملر- را وادار به اتخاذ روشی "تمیزتر" و "مؤثرتر" برای قتل عام نمود. او نمونه‌هایی چون برنامه‌ی آتانازی (کشتن از سر ترحم) و کشتار با استفاده از گاز را در بعدی وسیع تر شروع کرد.

حدود دو میلیون نفر که اکثر آنان یهودیان لهستانی بودند برای کشته شدن به خلمنو، سوبیبور، تربلینکا و بلزک (اردوگاه های مجزای نیروهای اس‌اس در مناطق ضمیمه شده و اشغالی لهستان) منتقل شدند. در آنجا کارکنان ستاد تی-۴ مجدداً به کار گرفته شدند تا اتاق‌های گاز و کوره‌های آدم‌سوزی را به راه اندازند. در آشویتس- برکناو، بیش از یک میلیون یهودی تبعید شده از کشورهای تحت سلطه‌ی آلمان، جان سپردند. پزشکان نازی، بزرگسالان "سالم تر" را برای کار اجباری- که در واقع به منزله‌ی تعویق موقت حکم مرگ آنان بود- انتخاب می‌کردند و از کودکان و بزرگسالان مانند موش آزمایشگاهی، در آزمایش‌های عقیم سازی برای بهسازی نژادی و تحقیقات ژنتیکی در اردوگاه استفاده می‌نمودند.

پس از جنگ، تنها تعداد اندکی از متخصصان زیست پزشکی که به میزان متفاوت در اجرا و مشروعیت بخشیدن به سیاست‌های بهداشت نژادی نازی‌ها نقش داشتند، به دلیل عملکردشان محاکمه شدند یا مورد بازخواست اخلاقی قرار گرفتند. بسیاری از آنان همچنان به مشاغل تخصصی خود ادامه دادند.