آزار و اذیت و قتل عام یهودیان توسط نازی ها موجب تشدید مقاومت آنها در برابر آلمانی ها در حکومت رایش سوم و سراسر اروپای اشغالی شد. هرچند که یهودیان قربانیان اصلی نازی ها بودند، اما به شیوه های گوناگون- هم به صورت جمعی و هم فردی- در برابر ظلم و ستم نازی ها مقاومت می کردند.

مقاومت مسلحانه سازمان یافته، مؤثرترین شکل مخالفت یهودیان با سیاست های نازی ها در اروپای تحت اشغال آلمان بود. شهروندان یهودی در بیش از 100 محله یهودی نشین در لهستان اشغالی و اتحاد جماهیر شوروی مقاومت مسلحانه کردند. یهودیان در محله یهودی نشین ورشو پس از پیچیدن شایعه تبعید ساکنان باقیمانده در آن محله به مرکز کشتار تربلینکا توسط آلمانی ها، از آوریل تا مه 1943 به شورش مسلحانه برخاستند. با ورود نیروهای اس اس و واحدهای پلیس به محله یهودی نشین، اعضای "سازمان یهودیان مبارز" و سایر گروه های یهودی با کوکتل مولوتف، نارنجک های دستی و چند سلاح کوچک به تانک های آلمانی حمله کردند. اگرچه آلمانی ها- که از خشونت این مقاومت شگفت زده شده بودند- توانستند طی چند روز به جنگ اصلی پایان دهند، اما حدود یک ماه طول کشید تا نیروهای ارشد آلمانی ها موفق شدند بطور کامل آرامش را در محله یهودی نشین برقرار و عملاً تمام ساکنان باقیمانده را تبعید کنند. ماه ها پس از پایان شورش محله یهودی نشین ورشو، مقاومت کنندگان یهودی به صورت فردی همچنان در ویرانه های محله یهودی نشین مخفی بودند و مأموران اس اس و واحدهای پلیس به منظور جلوگیری از حمله به پرسنل آلمانی در آنجا گشت می زدند.

در همان سال، ساکنان محله یهودی نشین در ویلنا (ویلنیوس)، بیالیستوک و چند محله یهودی نشین دیگر علیه آلمانی ها به شورش برخاستند. تعداد زیادی از مبارزان محله یهودی نشین دست به مبارزه مسلحانه زدند، با وجود اینکه می دانستند اکثریت ساکنان آن محله به مراکز کشتار تبعید شده اند و مقاومت آنها در آن زمان نمی تواند یهودیان باقیمانده را که قادر به مبارزه نیستند از نابودی نجات دهد. اما آنها به خاطر عزت و شرف یهودیان و انتقام کشتار بسیاری از یهودیان جنگیدند.

هزاران یهودی جوان از محله های یهودی نشین به جنگل ها فرار کردند و به مقاومت پرداختند. در آنجا، آنها به واحدهای پارتیزانی روس پیوستند یا برای به ستوه آوردن اشغالگران آلمانی، واحدهای پارتیزانی مجزا تشکیل دادند. هر چند که بسیاری از اعضای شوراهای یهود از سر ناچاری با آلمانی ها همکاری کردند تا اینکه خود نیز تبعید شدند، برخی از آنها نیز- مانند موشه یافه، رئیس شورای یهودیان در مینسک- با امتناع از سرنهادن به دستور آلمانی ها در ژوئیه 1942 مبنی بر تحویل یهودیان به آنها برای تبعید، ایستادگی خود را نشان دادند.

زندانیان یهودی در سه مرکز کشتار علیه نگهبانان خود به مبارزه پرداختند. در اوت 1943 در تربلینکا و در اکتبر 1943 در سوبیبور، زندانیان مسلح به سلاح های مسروقه به اعضای اس اس و گارد کمکی تعلیم یافته در تراونیکی [اردوگاه آموزشی اس اس در لهستان] حمله کردند. آلمانی ها و نیروهای کمکی آنها بسیاری از شورشیان را در طول قیام یا پس از تعقیب فراریان کشتند. با وجود این، ده ها تن از زندانیان از چنگ تعقیب کنندگان خود گریختند و از جنگ جان سالم به در بردند. در اکتبر 1944، اعضای واحد ویژه یهودیان در آشویتس- برکناو علیه گارد اس اس شورش کردند. حدود 250 نفر در طول این جنگ جان خود را از دست دادند؛ گارد اس اس 200 نفر دیگر را پس از سرکوب شورش تیرباران کردند. چند روز بعد، نیروهای اس اس پنج زن- که چهار نفرشان یهودی بودند- را شناسایی کردند که به منظور منفجر کردن یک کوره جسدسوزی مواد منفجره برای اعضای واحد ویژه یهودیان تهیه کرده بودند. هر پنج زن کشته شدند.

در بسیاری از کشورهای تحت اشغال یا متحد با آلمان، مقاومت یهودیان اغلب به شکل کمک رسانی و نجات بود. مقامات یهودی در فلسطین چتربازان مخفی چون هانا شنز را در سال 1944 به مجارستان و اسلوواک فرستادند تا هر گونه کمکی به یهودیانِ در اختفا بکنند. در فرانسه، عوامل گوناگون نهضت زیرزمینی یهودیان دست به دست یکدیگر دادند تا گروه های مقاومت تشکیل دهند، از جمله "ارتش یهود" که در جنوب فرانسه فعال بود. بسیاری از یهودیان به عنوان اعضای جنبش مقاومت در بلژیک، فرانسه، ایتالیا، لهستان، یوگسلاوی، یونان و اسلوواک جنگیدند.

یهودیان در محله های یهودی نشین و اردوگاه ها با انواع شیوه های مقاومت روحی به ظلم و ستم نازی ها واکنش نشان دادند. به رغم اینکه نازی ها می كوشیدند تا یاد یهودیان را از حافظه بشریت محو كنند، آنها آگاهانه تلاش کردند تا تاریخ و حیات اجتماعی یهودیان را حفظ کنند. ایجاد نهادهای فرهنگی یهودی، تداوم برگزاری مراسم و تعطیلات مذهبی، آموزش مخفیانه، انتشار روزنامه در خفا و جمع آوری و پنهان کردن مدارک- برای مثال در آرشیو "بزرگداشت سَبَت" در محله یهودی نشین ورشو که با وجود نابودی آن محله در سال 1943، حاوی روایت هایی است از آنچه که بر یهودیان در آنجا گذشت- از جمله این تلاش ها بود.