Entre 1939 et 1942, le système des camps de concentration se développa considérablement. En 1938, les autorités SS avaient déjà commencé à exploiter économiquement le travail des prisonniers des camps. En septembre 1939, la guerre leur fournit un prétexte facile pour refuser toute libération, donnant à la SS un réservoir de main d'œuvre disponible.

Les autorités SS établirent de nouveaux camps à proximité d'usines (par exemple la fabrique de briques de Neuengamme en 1940) ou de lieux d'extraction de matières premières (comme la carrière de Mauthausen dès 1938). Les biens extraits ou produits par les travailleurs forcés étaient vendus à l'industrie de guerre allemande par l'intermédiaire d'entreprises (comme par exemple l'Entreprise allemande de construction et de terrassement) qui appartenaient à la SS.

Entre 1939 et 1941, au fur et à mesure des conquêtes allemandes en Europe, les SS créèrent de nouveaux camps de concentration afin d'y incarcérer un nombre croissant de détenus politiques, de résistants et de personnes considérées comme “racialement inférieures” (notamment les Juifs et les Tsiganes). Parmi ces nouveaux camps, citons Gusen (1939), Neuengamme (1940), Gross-Rosen (1940), Auschwitz (1940), Stutthof (1942), et Majdanek (février 1943). Entre 1939 et 1942, Stutthof fut, sous l'autorité de la Gestapo, “un camp d'éducation au travail”.

Après le début de la guerre, les camps de concentration devinrent des centres de meurtre de masse pour des petits groupes considérés comme dangereux par les autorités nazies pour des raisons politiques ou raciales. Ainsi plusieurs centaines de Juifs hollandais furent raflés en représailles à la grève des transports des Pays-Bas de l'hiver 1941, qui fut organisée en signe de protestation contre la persécution des Juifs. Ils furent envoyés à Mauthausen en février 1941 et exécutés en quelques jours par des unités SS. Dans le cadre du programme appelé “extermination par le travail” (Vernichtung durch Arbeit), des milliers de personnes “soupçonnées de menacer la sécurité”, libérées des prisons allemandes à l'automne 1942, furent envoyées dans des camps de concentration où elles moururent d'épuisement. Enfin, des membres des mouvements nationaux de résistance furent envoyés dans des camps de concentration pour y être assassinés dès leur arrivée.

Pendant cette période et dans plusieurs camps de concentration, les autorités allemandes construisirent des chambres à gaz dont le seul but était de tuer. Elles furent construites à Mauthausen, à Sachsenhausen, à Auschwitz I et dans d'autres camps. Une chambre à gaz fut construite plus tard à Dachau mais ne fut jamais utilisée.