Après l'invasion des Pays-Bas par l'Allemagne en mai 1940, une administration civile sous l'égide de la SS fut mise en place. Arthur Seyss-Inquart fut nommé commissaire du Reich et placé à la tête d'une administration allemande, comprenant de nombreux nazis d'origine autrichienne, chargée de superviser l'administration publique néerlandaise. Ce dispositif allait se révéler fatal pour les Juifs des Pays-Bas.

Au cours de l'année 1940, les autorités d'occupation allemandes exclurent les Juifs de la fonction publique et leur imposèrent d'enregistrer les biens de leurs activités commerciales. En janvier 1941, tous les Juifs durent se faire enregistrer. Au total, 159 806 personnes se déclarèrent, dont 19 561 personnes nées de mariages mixtes et 25 000 Juifs qui avaient fui l'Allemagne nazie. En février 1941, un conseil juif fut mis en place.

L'arrestation de plusieurs centaines de jeunes Juifs (qui furent envoyés vers les camps de concentration de Buchenwald et de Mauthausen) provoqua une grève générale des travailleurs néerlandais le 25 février 1941 et un durcissement de la politique nazie. Les Juifs furent séparés du reste de la population par les autorités allemandes et leurs collaborateurs néerlandais et 15 000 furent incarcérés dans des camps de travail forcés administrés par les Allemands. Puis, les Allemands ordonnèrent la concentration des Juifs à Amsterdam et envoyèrent les Juifs étrangers et apatrides au camp de transit de Westerbork, dans le nord-est du pays. Certains Juifs de province furent envoyés au camp de Vught. Le 29 avril 1942, le port de l'étoile jaune fut rendu obligatoire.

La déportation des Juifs des Pays-Bas commença à l'été 1942. Le dernier train quitta Westerbork pour Auschwitz le 3 septembre 1944. Au cours de ces deux années, les Allemands et leurs collaborateurs néerlandais déportèrent 107 000 Juifs, principalement à Auschwitz et à Sobibor, où ils furent exterminés. Seuls 5 200 survécurent. En outre, 25 000 à 30 000 Juifs réussirent à se cacher avec l'aide de la résistance néerlandaise et les deux tiers d'entre eux survécurent.

La géographie des Pays-Bas rendait la fuite difficile. L'efficacité impitoyable de l'administration allemande et la collaboration zélée des fonctionnaires et des policiers néerlandais scellèrent le destin des Juifs de ce pays. Moins de 25% des Juifs néerlandais survécurent à la Shoah.