Entre 1920 et 1939, Kovno (ou Kaunas), au centre de la Lituanie, était la capitale et la plus grande ville du pays. On y dénombrait de 35 000 à 40 000 Juifs, soit environ un quart de la population totale. Ils travaillaient principalement dans les secteurs du commerce, de l’artisanat et des professions libérales.

Kovno était également un centre d’études juives. La Yeshiva (école talmudique) de Slobodka, quartier pauvre de la ville, était l’une des institutions d'études juives les plus prestigieuses d’Europe. La ville comptait près de 100 organisations communautaires, 40 synagogues, de nombreuses écoles yiddish, 4 lycées enseignant en hébreu, un hôpital juif et des dizaines de commerces juifs. Elle était aussi un centre important du mouvement sioniste.

La vie des Juifs de Kovno fut bouleversée par l'occupation soviétique de juin 1940, suivie d'arrestations, de confiscations et de l'élimination de toutes les institutions libres. Quasiment du jour au lendemain, les organisations municipales juives disparurent. Les autorités soviétiques confisquèrent les propriétés de nombreux Juifs. Parallèlement, le Front activiste lituanien, fondé par des nationalistes émigrés à Berlin, diffusait clandestinement des documents de propagande antisémite en Lituanie qui, entre autres, faisait porter aux Juifs la responsabilité de l’occupation soviétique. Des centaines d'entre eux furent exilés en Sibérie.

Après l'invasion de l'Union soviétique par l’Allemagne le 22 juin 1941, les troupes soviétiques durent fuir Kovno. Immédiatement avant et après l’occupation de la ville par les Allemands le 24 juin, des agitateurs lituaniens pro-allemands et anti-communistes s'en prirent aux Juifs (auxquels ils attribuaient injustement la responsabilité de la répression soviétique), notamment dans les rues Jurbarko et Krisciukaicio. Ces groupes d’extrême-droite assassinèrent des centaines de Juifs et emmenèrent de force des dizaines d’autres au garage Lietukis, dans le centre-ville, où ils les massacrèrent.

Début juillet 1941, des unités des Einsatzgruppen (unités mobiles d'extermination) et leurs auxiliaires lituaniens commencèrent à tuer systématiquement les Juifs dans des forts construits à l'extérieur de la ville par les tsars au 19e siècle pour en assurer la défense. Des milliers d’hommes, de femmes et d’enfants juifs furent abattus, principalement dans le fort 9, mais aussi dans le fort 4 et le fort 7. Six mois après l’occupation de la ville, les Allemands et leurs collaborateurs lituaniens avaient massacré la moitié de la population juive de Kovno.

Les Nazis mirent en place une administration civile sous le commandement du major général Hans Kramer. Entre juillet et la mi-août 1941, les Allemands regroupèrent les Juifs survivants, environ 29 000 personnes, dans un ghetto situé à Slobodka, une zone constituée de petites maisons rudimentaires et sans eau courante. Le ghetto était divisé en deux, le « petit » et le « grand » ghetto, séparés l’un de l’autre par la rue Paneriu. Chaque partie était entourée de fil barbelé et gardé de près. Les deux ghettos étaient surpeuplés, chaque personne ayant droit à moins d'un mètre carré d’espace. Les Allemands réduisaient en permanence la taille du ghetto, obligeant les habitants à déménager à plusieurs reprises. Le 4 octobre 1941, le petit ghetto fut détruit ; presque tous les habitants furent exécutés au fort 9. Le 29, les Allemands organisèrent ce qui fut nommé par la suite « la Grande Action ». En un seul jour, 9 200 Juifs furent exécutés au fort 9.

Les Juifs fournissaient de la main-d’œuvre forcée pour l’armée allemande. Ils étaient utilisés sur différents sites en dehors du ghetto, notamment à la construction d’une base aérienne militaire à Aleksotas. Le Conseil juif (Aeltestenrat ou Conseil des anciens), dirigé par le docteur Elchanan Elkes, créa également des ateliers au sein du ghetto pour les femmes, les enfants et les vieillards qui ne pouvaient pas participer aux brigades de travail. Au total, près de 6 500 personnes furent employées dans ces ateliers. Le Conseil espérait que les Allemands ne tueraient pas les Juifs au service de l’armée.

À l’automne 1943, les SS prirent le contrôle du ghetto et le transformèrent en camp de concentration, qui reçut le nom de Kauen. Le rôle du Conseil juif se vit drastiquement réduit. Les Nazis dispersèrent plus de 3 500 Juifs dans des sous-camps où tous les aspects de la vie quotidienne étaient régis par une stricte discipline. Le 26 octobre 1943, les SS déportèrent plus de 2 700 personnes internées dans le camp principal. Les personnes jugées aptes au travail furent envoyées dans des camps en Estonie ; les enfants et les personnes âgées furent déportées à Auschwitz. Peu survécurent.

Le 8 juillet 1944, les Allemands évacuèrent le camp et déportèrent la plupart des survivants au camp de concentration de Dachau, en Allemagne, ou au camp de Stutthof, près de Danzig, sur la mer baltique. Trois semaines avant l’arrivée de l’armée soviétique à Kovno, les Allemands rasèrent le ghetto à coup de grenades et de dynamite. Pas moins de 2 000 personnes brûlèrent dans les flammes ou périrent sous les balles en essayant de fuir.

Durant ces années de souffrance et d’horreur, la communauté juive de Kovno consigna en secret son histoire sous forme d'archives, de journaux, de dessins et de photographies. Nombre de ces documents disparurent sous les décombres à la destruction du ghetto. Découvertes après la guerre, ces quelques traces écrites d'une communauté autrefois florissante sont autant de témoignages de son oppression, sa résistance et sa mort. Par exemple, George Kadish (Hirsh Kadushin) photographia clandestinement les épreuves quotidiennes du ghetto au moyen d’un appareil photo caché derrière la boutonnière de son manteau.

Le ghetto de Kovno comptait plusieurs groupes de résistance juifs. Ils parvinrent à se procurer des armes, à mettre en place des lieux d’entraînement secrets dans le ghetto et à établir des contacts avec les résistants soviétiques actifs dans les forêts des alentours. En 1943, l’Organisation juive de combat (Yidishe Algemeyne Kamfs Organizatsye) unifia les principaux groupes de résistance du ghetto. Trois cents combattants purent s’en évader pour aller rejoindre les partisans. Environ 70 d’entre eux moururent au combat. Le Conseil juif de Kovno soutint activement les organisations clandestines du ghetto. De plus, un certain nombre de membres de la police juive participèrent aussi à la résistance. Les Allemands en exécutèrent 34 à ce titre.

L’armée soviétique libéra Kovno le 1er août 1944. Des quelques survivants, 500 avaient pu se cacher dans les forêts ou dans des bunkers. Les Allemands évacuèrent 2 500 autres Juifs vers des camps de concentration en Allemagne.