كان الأطفال على وجه التحديد عرضة للخطر في فترة الهولوكوست. فقد قتل الألمان وعملاؤهم ما يقرب من 1.5 مليون طفل، بما في ذلك أكثر من مليون طفل يهودي وعشرات الآلاف من أطفال الرومانيين (الغجر)، والأطفال الألمان المعاقين بدنيًا وذهنيًا من نزلاء المصحات والأطفال البولنديين والأطفال الذين كانوا يقيمون في الاتحاد السوفيتي المحتل. وفي الأحياء اليهودية، مات الأطفال اليهود بسبب الجوع والتعرض للعوامل الجوية وأيضا سبب نقص الملابس الكافية والمأوى. ولأن الأطفال كانوا أصغر بشكل عام من أن يوزعوا على العمل القسري، فقد قامت السلطات الألمانية عادةً باختيارهم، جنبًا إلى جنب مع كبار السن والمرضى والمعاقين، لإرسالهم في عمليات الترحيل الأولى إلى مراكز القتل، أو ليصبحوا أول الضحايا الذين يتم اقتيادهم إلى المقابر الجماعية من أجل إطلاق النار عليهم. وفور وصولهم إلى مركز أوشفيتز-بيركناو وغيره من مراكز القتل، أرسلت سلطات المحتشد غالبية الأطفال مباشرةً إلى غرف الغاز. وفي محتشدات الاعتقال، قام الأطباء والباحثون الطبيون التابعون للقوات الخاصة الألمانية (SS) باستخدام العديد من الأطفال، ومن بينهم التوائم، لإجراء تجارب طبية عليهم والتي غالبًا ما أدت إلى وفاة الأطفال.

خلال الفترة ما بين 1938 و1940، كان مصطلح Kindertransport (برنامج نقل الأطفال) هو الاسم غير الرسمي الذي يطلق على جهود الإنقاذ التي جلبت آلافًا من الأطفال اليهود اللاجئين (من دون آبائهم) إلى ملاذ آمن في بريطانيا العظمى وتخليصهم من قبضة ألمانيا النازية والأراضي المحتلة من قِبل ألمانيا. وفي جميع أنحاء أوروبا، قام البعض من غير اليهود بإخفاء الأطفال اليهود، وفي بعض الأحيان، كما في حالة آن فرانك، بإخفاء أعضاء آخرين من العائلة أيضًا. وعقب استسلام ألمانيا النازية في مايو عام 1945، منهيةً بذلك الحرب العالمية الثانية، قام اللاجئون والمشردون بالبحث في جميع أنحاء أوروبا عن الأطفال المفقودين. وكان هناك الآلاف من الأطفال اليتامى في مخيمات إيواء المشردين.