在大屠杀时代，儿童是一个尤为脆弱的群体。纳粹德国及其帮凶杀害了 150 多万名儿童，其中包括一百万多犹太儿童、数万罗姆（吉普赛）儿童、因生理残疾或精神疾病在医疗机构救治的德国儿童、波兰儿童以及在苏联德占区内居住的儿童。隔都内的犹太儿童常因缺衣少食和恶劣的居住环境而死亡。一般而言，儿童年幼体弱，无法充当强制劳工，因此他们（连同老人、病患和残疾人）通常最先被纳粹德国当局送往屠杀中心，或者成为大规模射杀的首批受害者。受害者一抵达奥斯威辛-比克瑙 (Auschwitz-Birkenau) 或其他屠杀中心，集中营的负责人就会将大部分儿童直接送入毒气室。在集中营里，党卫军的医生和医学专家常常利用儿童（包括双胞胎）来进行医学实验，此类实验通常会导致儿童丧生。

1938 年至 1940 年间，在一项俗称为 Kindertransport（儿童转移）的拯救行动中，数千名犹太难民儿童获救（不包括他们的父母），从纳粹德国以及德国占领区来到了安全的英国。在欧洲各地，一些非犹太人士为犹太儿童提供了庇护，有时还会帮助其他的家庭成员，安妮•弗兰克一家就是在这种庇护之下躲藏了很久。1945 年 5 月纳粹德国投降，第二次世界大战结束后，难民和流亡者开始遍访欧洲，寻找走失的儿童。数千名孤儿生活在难民营中。