Los niños eran especialmente vulnerables en la época del Holocausto. Los alemanes y sus colaboradores mataron nada más y nada menos que a 1,5 millones de niños, incluidos más de un millón de niños judíos y decenas de miles de niños romaníes (gitanos), niños alemanes con discapacidades físicas y mentales que vivían en instituciones, niños polacos y niños que residían en la Unión Soviética bajo ocupación. En los ghettos, los niños judíos murieron de hambre y exposición al frío, y también por falta de ropa y refugios adecuados. Como los niños eran generalmente muy jóvenes para realizar trabajos forzados, las autoridades alemanas a menudo los elegían, y también a los ancianos, los enfermos y los discapacitados, para las primeras deportaciones a los centros de exterminio o para que fueran las primeras víctimas que llevaban a las fosas comunes con el fin de fusilarlos. Cuando llegaban a Auschwitz-Birkenau y a otros centros de exterminio, las autoridades del campo llevaban a la mayoría de los niños directamente a las cámaras de gas. En los campos de concentración, los médicos de las SS y los investigadores médicos usaron muchos niños, incluidos los gemelos, para experimentos médicos que a menudo causaban la muerte de los niños.

Entre 1938 y 1940, Kindertransport (transporte de niños) fue el nombre informal de una campaña de rescate que llevó miles de niños judíos refugiados (sin sus padres) a la seguridad de Gran Bretaña desde la Alemania nazi y los territorios ocupados por los alemanes. En toda Europa, algunas personas no judías escondieron niños judíos y a veces, como en el caso de Ana Frank, también escondieron a otros integrantes de la familia. Después de que la Alemania nazi se rindiera en mayo de 1945 y finalizara la Segunda Guerra Mundial, los refugiados y desplazados buscaron por toda Europa a los niños perdidos. Miles de niños huérfanos se encontraban en campos de desplazados.