Τα παιδιά ήταν ιδιαίτερα ευάλωτα την περίοδο του Ολοκαυτώματος. Οι Γερμανοί και οι συνεργάτες τους σκότωσαν τουλάχιστον 1,5 εκατομμύρια παιδιά, μεταξύ των οποίων πάνω από ένα εκατομμύριο εβραιόπουλα και δεκάδες χιλιάδες παιδιά Ρομά (Τσιγγάνοι), γερμανόπουλα που υπέφεραν από σωματικές και πνευματικές αναπηρίες και ζούσαν σε άσυλα, παιδιά από την Πολωνία και παιδιά που ζούσαν στις κατεχόμενες περιοχές της Σοβιετικής Ένωσης. Στα γκέτο, τα εβραιόπουλα πέθαιναν από την πείνα και την έκθεση στις αντίξοες καιρικές συνθήκες καθώς και λόγω έλλειψης κατάλληλου ρουχισμού και στέγης. Επειδή γενικά δεν μπορούσαν να εκμεταλλευτούν τα παιδιά λόγω του νεαρού της ηλικίας ως εργατικό δυναμικό, οι γερμανικές αρχές κατά κανόνα τα επέλεγαν, μαζί με τους ηλικιωμένους, για τις πρώτες μεταγωγές προς τα στρατόπεδα εξόντωσης ή αποτελούσαν τα πρώτα θύματα που οδηγούνταν και εκτελούνταν σε ομαδικούς τάφους. Με την άφιξή τους στο Άουσβιτς-Μπίρκεναου και σε άλλα κέντρα εξόντωσης, οι αρχές του στρατοπέδου έστελναν τα περισσότερα παιδιά απευθείας στους θαλάμους αερίων. Στα στρατόπεδα συγκέντρωσης οι γιατροί των SS και ιατρικοί ερευνητές χρησιμοποίησαν πολλά παιδιά, συμπεριλαμβανομένων των διδύμων, για ιατρικά πειράματα, που συχνά είχαν ως αποτέλεσμα το θάνατο των παιδιών.

Από το 1938 έως το 1940, μια προσπάθεια διάσωσης με το ανεπίσημο όνομα Kindertransport (Το Μεταφορικό των Παιδιών) απομάκρυνε χιλιάδες εβραιόπουλα-πρόσφυγες (χωρίς τους γονείς τους) από τη ναζιστική Γερμανία και τις κατεχόμενες περιοχές, μεταφέροντάς τα στην ασφαλή Μεγάλη Βρετανία. Σε όλη την Ευρώπη, ορισμένοι μη-Εβραίοι έκρυβαν εβραιόπουλα και σε ορισμένες περιπτώσεις, όπως σε αυτή της Άννα Φρανκ, και μέλη της οικογένειάς τους. Μετά τη συνθηκολόγηση της ναζιστικής Γερμανίας το Μάιο του 1945 που σημάδεψε το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, πρόσφυγες και εκτοπισμένα άτομα σε όλη την Ευρώπη άρχισαν να αναζητούν τα αγνοούμενα παιδιά. Χιλιάδες ορφανά παιδιά βρίσκονταν σε στρατόπεδα για εκτοπισμένους.