در دوران هولوکاست کودکان بسیار آسیب پذیر بودند. آلمانی ها و همدستانشان 1.5 میلیون کودک - شامل بیش از یک میلیون کودک یهودی و ده ها هزار کودک کولی، کودکان آلمانی با معلولیت های جسمی و ذهنی که در آسایشگاه ها زندگی می کردند، کودکان لهستانی و کودکان ساکن در اتحاد جماهیر شوروی اشغالی- را به قتل رساندند. در محله های یهودی نشین، کودکان یهودی از گرسنگی، سرما یا گرما و کمبود پوشاک و پناهگاه جان خود را از دست می دادند. از آنجا که کودکان به طور کلی کوچکتر از آن بودند که به بیگاری گماشته شوند، مقامات آلمانی آنها را همان ابتدا در گروه افراد مسن، بیمار و از کار افتاده قرار می دادند تا به مراکز کشتار بفرستند یا به عنوان اولین قربانیان گورهای دسته جمعی آنان را تیرباران می کردند. مقامات اردوگاه اکثر کودکان را به محض ورود به آشویتس- برکناو یا دیگر مراکز کشتار مستقیماً به اتاق های گاز می فرستادند. در اردوگاه های کار اجباری، پزشکان اس اس و محققان در رشته های پزشکی بسیاری از کودکان، از جمله دوقلوها را در آزمایش های پزشکی- که معمولاً به مرگ کودکان منجر می شد- مورد استفاده قرار می دادند.

بین سال های 1938 و 1940، "انتقال کودکان" عنوانی غیر رسمی برای عملیات نجات بود که از طریق آن هزاران کودک پناهنده یهودی (بدون والدین خود) از آلمان نازی و سرزمین های تحت اشغال آلمانی ها به مکان های امن در بریتانیای کبیر منتقل شدند. در سرتاسر اروپا، برخی از غیریهودیان کودکان یهودی را مخفی می کردند و گاه دیگر اعضای خانواده کودک- مانند خانواده آن فرانک- را نیز پنهان می کردند. پس از تسلیم آلمان نازی در ماه مه 1945 که به پایان جنگ جهانی دوم انجامید، پناهندگان و آوارگان سراسر اروپا را به دنبال کودکان گمشده گشتند. هزاران کودک یتیم در اردوگاه های آوارگان بودند.