جنگ جهانی دوم دستاویز و پوششی برای اجرای برنامه های جدید کشتن "عناصر نامطلوب"- که باری سنگین بر دوش منابع ملی محسوب می شدند- ایجاد کرد. نازی ها با استفاده از استدلال های بعضی از پزشکان و حقوقدانان در دهه 1920، کشتن افراد را تحت عنوان "قتل ترحمی" [کشتن بیمار برای نجات او از درد و رنج] توجیه کردند و از این طریق به جلب حمایت صدها مدیر تیمارستان، پزشک اطفال، روانپزشک، پزشک خانواده و پرستار پرداختند. بسیاری از کسانی که پیش از این "کشتن از سر ترحم" را به عنوان یک اقدام بهسازی نژادی رد کرده بودند، از کشتار "برای مصلحت سرزمین پدری" پشتیبانی کردند.

نخستین قربانیان، نوزادان و کودکان آلمانی بودند. وزارت کشور حکومت رایش به پزشکان و ماماها دستور داد تا نام تمام کودکانی را که با نقص عضو شدید به دنیا می آمدند، ثبت کنند. سه پزشک متخصص این موارد را بررسی می کردند و معمولاً بدون دیدن قربانیان احتمالی، افرادی را که باید کشته می شدند، انتخاب می کردند. مقامات با ارائه دلایل جعلی و نادرست برای مرگ کودکان، خانواده های آنان را فریب می دادند. از سال 1939 تا 1945، بیش از 5000 دختر و پسر در 30 بخش ویژه کودکان در کلینیک ها و بیمارستان های دولتی کشته شدند.

کشتار دسته جمعی با استفاده از گاز: عملیات T-4
در اکتبر 1939، پس از اینکه هیتلر کشتن از سر ترحم را برای بیمارانی که "علاج ناپذیر" بودند مجاز دانست، این برنامه بزرگسالان را نیز شامل شد. هدف از عملیات T-4، که نام آن از نشانی ستاد این برنامه مخفی در برلین، خیابان تیرگارتن اشتراسه، شماره 4 (Tiergartenstrasse 4) گرفته شده بود، اغلب کشتن بیماران بزرگسال در مؤسسات خصوصی، دولتی یا تحت نظارت کلیسا بود. افرادی که بی فایده تشخیص داده می شدند، بسیار آسیب پذیرتر بودند. از ژانویه 1940 تا اوت 1941، بیش از 70000 زن و مرد به یکی از شش تأسیسات واقع در آلمان و اتریش که دارای کارکنان ویژه بود، منتقل شدند و در اتاق های گاز که به صورت حمام ساخته شده بود، از طریق مسمومیت با گاز مونوکسید کربن به قتل رسیدند. با افزایش آگاهی مردم از این کشتار و ناآرامی آنان، هیتلر مجبور شد که این برنامه را متوقف کند. اما کشتن از سر ترحم به شکل هایی دیگر از نو آغاز شد و این بار بیماران را با گرسنگی و مصرف بیش از حد دارو در بیمارستان ها و آسایشگاه های روانی سراسر کشور به قتل رساندند. از سال 1939 تا 1945، تقریباً 200000 نفر از طریق برنامه های متعدد کشتن از سر ترحم به قتل رسیدند.

بهداشت نژادی در لهستان اشغالی

در زمانی که انواع برنامه های کشتن از سر ترحم در رایش آلمان به طور مخفیانه اجرا می شد، اعضای اس اس، به رهبری هاینریش هیملر در لهستان اشغالی، افرادی را که از نظر بیولوژیکی خطرناک تشخیص داده می شدند، مرعوب یا نابود می کردند. هیملر که از سوی هیتلر مسئول نظارت بر بازسازی اساسی لهستان به لحاظ نژادی شده بود، تلاش می کرد که ملت لهستان را به کارگران یدی آماده به خدمت "اربابان" آلمانی تنزل دهد. نقشه های نازی ها از این قرار بود: حذف رهبران اندیشه و سیاست لهستان از طریق اعدام جمعی و یا زندانی کردن آنان؛ تبعید لهستانی ها، یهودیان و کولیان به خارج از نواحی ضمیمه شده به رایش؛ مستعمره سازی توسط آلمانی های تازه اسکان یافته؛ و "آلمانی کردن" لهستانی هایی که به لحاظ نژادی "با ارزش" به شمار می رفتند. صدها متخصص تعلیم یافته در زمینه بهداشت نژادی، بررسی "سلامت" ژنتیکی و نژادی دهها هزار نفر را به عهده گرفتند.

آلمانی ها، لهستانی ها و سایر یهودیان کشورهای شرقی را خوار و "مادون انسان" قلمداد می کردند. از پاییز 1939 تا تابستان 1941، نازی ها حدود دو میلیون یهودی را در شهرها جمع کردند و سپس آنها را در بخش های مجزا یا محله های یهودی نشین از سایرین جدا کردند. بخشی از فشارهای موجود برای ایجاد محله های یهودی نشین محصور در ورشو و سایر شهرها، از سوی مقامات بهداشت عمومی آلمان اعمال می شد که به دروغ گسترش تیفوس و سایر بیماری ها را به یهودیان نسبت می دادند.

کشتار دسته جمعی یهودیان با استفاده از گاز
بهداشت نژادی نازی ها، تقریباً به نابودی کامل یهودیان اروپا منجر شد. "راه حل نهایی معضل یهودیان" زمانی آغاز شد که جوخه های ویژه اس اس و پلیس به دنبال نیروهای آلمان وارد اتحاد جماهیر شوروی شدند و بیش از یک میلیون یهودی را در فضای باز تیرباران کردند. اما فشار روانی حاصل از تیرباران مردان، زنان و کودکان؛ فرمانده نیروهای اس اس- هاینریش هیملر- را وادار به اتخاذ روشی "تمیزتر" و "مؤثرتر" برای قتل عام کرد. او همان برنامه کشتن از سر ترحم را از سر گرفت و کشتار با استفاده از گاز این بار در بعدی وسیع تر شروع شد.

حدود دو میلیون نفر که اکثر آنان یهودیان لهستانی بودند برای کشته شدن به خلمنو، سوبیبور، تربلینکا و بلزک (اردوگاه های مجزای نیروهای اس اس در مناطق ضمیمه شده و اشغالی لهستان) منتقل شدند. در آنجا کارکنان ستاد T-4 مجدداً به کار گرفته شدند تا اتاق های گاز و کوره های جسدسوزی را به راه اندازند. در آشویتس- برکناو، بیش از یک میلیون یهودی تبعید شده از کشورهای تحت سلطه آلمان جان سپردند. پزشکان نازی، بزرگسالان "سالم تر" را برای کار اجباری- که در واقع به منزله تعویق موقت حکم مرگ آنان بود- انتخاب می کردند و از کودکان و بزرگسالان مانند موش آزمایشگاهی در آزمایش های عقیم سازی برای بهسازی نژادی و تحقیقات ژنتیکی در اردوگاه استفاده می کردند.

پس از جنگ، تنها تعداد اندکی از متخصصان زیست پزشکی که به میزان متفاوت در اجرا و مشروعیت بخشیدن به سیاست های بهداشت نژادی نازی ها نقش داشتند، به دلیل اعمال شان به محاکمه کشیده شدند یا مورد بازخواست اخلاقی قرار گرفتند. بسیاری از آنان همچنان مشاغل تخصصی خود را ادامه دادند.