Selon le recensement du 16 juin 1933, la population juive de Berlin comptait 160 000 personnes. La communauté juive de la capitale était alors la plus importante d'Allemagne avec 32% de l'ensemble des Juifs du pays. Mais entre 1933 et 1939, de nombreux Juifs, fuyant les persécutions nazies, émigrèrent de Berlin et la communauté juive perdit la moitié de sa population, malgré l'arrivée à Berlin d'autres juifs allemands pendant cette période.

Comme tous les Juifs d'Allemagne, les Juifs de Berlin subirent des persécutions et des discriminations à partir de 1933. Le 1er avril 1933, les nazis organisèrent une opération officielle de boycott des entreprises et des magasins juifs, engendrant par la suite de nombreux boycotts non officiels. La plupart des fonctionnaires juifs furent sommairement renvoyés ou mis à la retraite en avril 1933. En mai, des livres "non-allemands" (écrits entre autres par des Juifs, des libéraux et des militants de gauche) furent brûlés en public devant l'opéra.

Lors de la Nuit de cristal (Kristallnacht), le pogrom du 9 et 10 novembre 1938, la plupart des synagogues de Berlin furent incendiées, les magasins et les maisons des Juifs vandalisés et pillés. Ce furent les vitrines brisées, en particulier sur la rue de Leipzig, qui donnèrent son nom au pogrom. Des dizaines de Juifs furent tués à Berlin. Des milliers furent arrêtés et emmenés dans les camps de concentration, notamment à Sachsenhausen.

LES DEPORTATIONS A PARTIR DE BERLIN

Les déportations de Juifs de Berlin dans les ghettos et les camps de mise à mort d'Europe de l'Est eurent lieu entre octobre 1941 et avril 1943. Les synagogues de la rue Levetzow et de l'allée Heidereuter ainsi que les cimetières juifs de la grande rue de Hambourg et de la Rosenstrasse servirent de lieux de rassemblement pour les déportations. Plus tard, la maison de retraite juive, l'immeuble de bureaux de la communauté et l'hôpital juif furent également utilisés. Lorsque que les Juifs rassemblés étaient en nombre suffisant pour remplir un convoi (environ 1000 personnes), ils étaient conduits à la gare — généralement à la gare de marchandises de Grunewald, quelquefois à la gare d'Anhalt ou à celle de la rue Putlitz — où ils étaient placés dans des wagons de passagers ou parfois dans des wagons de marchandises.

La première déportation de Juifs de Berlin eut lieu en octobre 1941, lorsque 1 000 Juifs furent envoyés au ghetto de Lodz en Pologne. En janvier 1942, environ 10 000 Juifs avaient été déportés dans des ghettos d'Europe de l'Est, principalement à Lodz, à Riga, à Minsk et à Kovno. Les Juifs âgés furent déportés à Terezin (Theresienstadt) en 1942 et 1943. A partir de 1942, des Juifs furent directement déportés de Berlin vers les camps de mise à mort, essentiellement Auschwitz-Birkenau. En 1943, la plupart des membres du personnel de la Fédération des Juifs d'Allemagne — l'organisation représentative des Juifs du Reich- furent déportés à Theresienstadt. Toutes les organisations juives furent démantelées. La majorité des Juifs restant à Berlin fut déportée à la fin avril 1943.

Au total, plus de 60 000 Juifs furent déportés de Berlin : plus de 10 000 vers les ghettos d'Europe de l'Est, environ 15 000 vers Terezin (Theresienstadt), et plus de 35 000 vers les camps de mise à mort de Pologne. Des centaines de Juifs se suicidèrent plutôt que d'être déportés. Des milliers de Juifs restèrent à Berlin : pour la plupart des Juifs qui étaient cachés, mais également ceux qui n'étaient qu'en partie juifs ou qui avaient un conjoint non Juif et qui étaient à l'origine exclus des déportations. Presque tous les déportés furent tués.

Si Berlin était le centre de la vie juive en Allemagne, elle était aussi comme capitale du Reich le centre de la planification de la "solution finale" (le plan nazi pour l'extermination des Juifs en Europe). La Conférence de Wannsee fut nommée ainsi d'après le quartier du sud-ouest de Berlin où elle se tint le 20 janvier 1942. Des officiels du parti nazi, de la SS et de l'Etat allemand s'y rencontrèrent pour coordonner et finaliser "la solution au problème juif". Lors de cette conférence, ces officiels apprirent que les SS seraient responsables de la mise en oeuvre de la "solution finale" et que les Juifs d'Europe seraient déportés en Pologne occupée et exterminés.

La ville de Berlin se rendit à l'armée soviétique au début du mois de mai 1945. L'Allemagne se rendit sans condition aux forces alliées le 7 mai, ce qui signifia après 12 années sanglantes la fin du "Reich de mille ans".