L'attaque allemande contre la Pologne en septembre 1939 prit au piège près de 3,5 millions de Juifs qui vivaient dans les territoires occupés par les Allemands et les Soviétiques.

À la fin de l'année 1940 et au début de l'année 1941, quelques mois seulement avant que les Allemands commencent le meurtre en masse des Juifs en Union soviétique, 2 100 Juifs polonais trouvèrent un refuge temporaire en Lituanie. Peu d'entre eux auraient atteint un lieu sûr définitif sans les efforts inlassables de nombreuses personnes. Plusieurs organisations et communautés juives leur apportèrent une aide matérielle et financière continue.

Mais l'aide la plus décisive fut la plus inattendue : celle des représentants du gouvernement néerlandais en exil et d'un allié de l'Allemagne au sein de l'Axe, le Japon. Leur action humanitaire en 1940 constitua un acte de secours essentiel pour le sauvetage des réfugiés juifs polonais en Lituanie.

La pression exercée sur ces réfugiés pour qu'ils quittent la Lituanie s'intensifia à la fin de l'année 1940, lorsque — après la prise de contrôle par les Soviétiques — le gouvernement leur ordonna d'adopter la nationalité soviétique sous peine d'être exilés en Sibérie en tant qu'« éléments non fiables ». Sachant que d'autres avaient pu voyager sans encombre par le Transsibérien jusqu'au port de Vladivostok, à l'est du pays, des centaines de Juifs n'hésitèrent pas à demander des visas de sortie. On ne sait toujours pas pourquoi les Soviétiques autorisèrent le départ des réfugiés porteurs de documents de voyage polonais dont, pour beaucoup, la validité était douteuse.

Le consul des Pays-Bas par intérim, Jan Zwartendijk, et Chiune Sugihara, consul du Japon par intérim à Kaunas (Kovno) ne purent pas aider tous les réfugiés à quitter la Lituanie pour le Japon. Certains n'avaient pas les dollars américains qu'exigeaient les Soviétiques pour payer le coûteux billet de train. Ceux-ci finirent par distribuer les autorisations de manière arbitraire. Ils allaient jusqu'à satisfaire les demandes des réfugiés détenteurs d'un visa japonais pour quitter le territoire soviétique. Cependant, la plupart des Lituaniens ne présentaient même pas de demande d'immigration — le régime communiste les considérait comme citoyens soviétiques, et donc leur refusait systématiquement cette liberté.

Entre juillet 1940 et juin 1941, environ 2 200 réfugiés juifs quittèrent la Lituanie pour Moscou, d'où ils prirent le Transsibérien. Pendant leur bref séjour dans la capitale, la plupart d'entre eux logèrent à l'hôtel Novo Moskovskaia (Nouveau Moscou). Il y avait un départ deux fois par semaine. L'American Jewish Joint Distribution Committee (JDC) avait la tâche ardue de choisir un nombre limité de réfugiés qui pourraient recevoir tout ou partie des 200 dollars que coûtait le billet de l'Intourist, l'agence de voyages officielle, pour le trajet en train jusqu'à Vladivostok.

Malgré l'angoisse, la plupart des réfugiés avaient l'impression d'être des touristes. Lorsque le train s'arrêta dans la région autonome juive du Birobidjan, presque déserte, près de la frontière avec la Mandchourie, ils furent nombreux à discuter brièvement avec les Juifs qui vendaient des marchandises dans la gare.

Dans le port de Vladivostok, les Soviétiques confisquèrent argent et objets de valeur avant de laisser les réfugiés monter à bord des bateaux japonais. Lorsqu'ils atteignirent le Japon, bon nombre d'entre eux étaient donc sans ressources. Ils n'avaient pas non plus les documents nécessaires pour poursuivre le voyage. Avec l'accord des autorités, un représentant de la communauté juive rencontra les réfugiés à Tsuruga et les accompagna dans le train jusqu'à Kobe. Avec des fonds provenant en grande partie du JDC, la communauté juive du Japon — dirigée par Anatole Ponevejsky — mit en place des maisons d'accueil communes, s'occupa du logement et de la nourriture, et intercéda en faveur des réfugiés auprès des représentants locaux.

Les faux visas délivrés pour la colonie néerlandaise de Curaçao, dans les Caraïbes, qui avaient permis aux réfugiés de quitter l'Union soviétique, s'avérèrent inutiles pour poursuivre le voyage au-delà du Japon. Ayant besoin de papiers en règle, les réfugiés firent le tour des consulats à Kobe, Yokohama et Tokyo. Plus de 500 Juifs polonais réussirent alors à obtenir des visas américains avant décembre 1941. Cependant, à cause de nouvelles restrictions apportées à l'immigration en raison de la guerre, plusieurs centaines d'entre eux, pourtant dûment parrainés, se virent refuser l'entrée. Le département d'État, par exemple, n'accorda aucun visa aux réfugiés ayant des parents dans les territoires occupés par l'Axe. Les certificats permettant d'aller en Palestine étaient encore plus rares, et les dispositions nécessaires pour ce voyage encore plus complexes et onéreuses.

Une minorité de réfugiés put se rendre rapidement aux États-Unis et dans d'autres pays. Pour les centaines d'autres qui restèrent au Japon, le séjour se prolongea de semaine en semaine. Ils étaient nombreux à désespérer de ne pouvoir jamais obtenir un visa de destination finale auprès des consulats, américain ou autres, auxquels ils s'adressaient. La plupart des réfugiés juifs polonais résidaient toujours au Japon bien après la date d'expiration de leur visa de transit. Beaucoup craignaient le jour où les autorités ne leur accorderaient plus les papiers leur permettant de prolonger légalement la période de séjour.

Les réfugiés étaient également inquiets pour les membres de leurs familles qui étaient restés en Pologne et dont ils avaient été séparés. Les cartes postales qu'ils recevaient de chez eux apportaient un certain réconfort, mais presque toutes les communications par courrier ou télégramme cessèrent après le 22 juin 1941, lorsque l'armée allemande envahit l'Union soviétique. Dès lors et jusqu'à la défaite de l'Allemagne en 1945, les Allemands assassinèrent plus de trois millions de Juifs polonais. Quant aux réfugiés au Japon, ils savaient peu sur la situation en Europe et devaient se contenter de vagues rumeurs.

La population japonaise se montra accueillante envers les réfugiés juifs, et tout aussi intriguée. Les étudiants de la Yeshiva (école talmudique) leur paraissaient particulièrement étrangers. À Kobe, les réfugiés attirèrent l'attention du Club de photographie avant-garde Tanpei, qui les prit en photo à la fin du mois d'avril 1941. Après la guerre, de nombreux réfugiés se remémorèrent la curiosité des habitants et remarquèrent que l'attitude et les comportements antisémites qu'ils avaient subis dans la Pologne d'avant-guerre n'existaient pas au Japon.

À l'automne 1941, plus de 1 000 réfugiés juifs polonais avaient quitté le Japon. Près de 500 avaient rejoint les États-Unis. Un nombre restreint d'entre eux put se rendre au Canada et dans d'autres dominions britanniques. Près de 1 000 autres ne purent se procurer de visa et restèrent bloqués.

En juillet 1941, les États-Unis imposèrent un embargo sur toutes les exportations de pétrole vers le Japon. Peu après, ils occupèrent l'Indochine française. Devant les exercices militaires à Kobe, importante base navale, la tension se fit plus forte chez les réfugiés. La guerre dans le Pacifique s'annonçait. Alors que, pendant les semaines qui précédèrent son attaque contre Pearl Harbor, le Japon se préparait au combat, la police évacua le port militaire de Kobe. Entre la mi-août et la fin octobre 1941, elle déporta le reste des réfugiés juifs à Shanghai, ville chinoise sous occupation japonaise.